47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5929 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5929  endo-1,3-1,4-beta-glycanase  100 
 
 
268 aa  564  1e-160  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4955  glycoside hydrolase family protein  66.93 
 
 
269 aa  364  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.126867 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0648  glycoside hydrolase family protein  54.17 
 
 
253 aa  241  7.999999999999999e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1209  licheninase  48.7 
 
 
260 aa  241  1e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0812437 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1972  glycoside hydrolase family protein  48.26 
 
 
260 aa  238  5e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.138476 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2550  endo-beta-1,3-1,4-glycanase protein  48.91 
 
 
260 aa  239  5e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.616769  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4600  glycoside hydrolase family protein  43.38 
 
 
277 aa  211  7e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52494  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0211  glycoside hydrolase family protein  35.78 
 
 
334 aa  137  1e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00263756  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2751  glycoside hydrolase family protein  28.14 
 
 
272 aa  94.4  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2802  b-glucosidase  36.36 
 
 
345 aa  87  3e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.790099  normal  0.396341 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0061  exported glycosyl hydrolase, family 16  25.74 
 
 
264 aa  85.1  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.558429  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4988  glycoside hydrolase family protein  31.03 
 
 
372 aa  75.1  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3662  glycoside hydrolase family protein  25.78 
 
 
593 aa  70.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2825  glycoside hydrolase family protein  25.71 
 
 
492 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4931  glycoside hydrolase family 16  25.66 
 
 
286 aa  60.8  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.454153  normal  0.64066 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2434  glycoside hydrolase family protein  28.57 
 
 
556 aa  59.3  0.00000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.971085  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3100  glycoside hydrolase family 16  27.42 
 
 
291 aa  59.3  0.00000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.194858 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04515  putative transglycosidase, GH16 family (Eurofung)  24.58 
 
 
435 aa  57.8  0.0000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.0000384453  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1939  glycoside hydrolase family 16  26.15 
 
 
566 aa  53.5  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000600804  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06948  putative transglycosidase, GH16 family (Eurofung)  26.04 
 
 
367 aa  53.1  0.000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_4167  predicted protein  25.16 
 
 
248 aa  49.3  0.00007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.512731 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03053  putative transglycosidase, GH16 family (Eurofung)  23.33 
 
 
364 aa  48.9  0.00008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.736555  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA05790  cell wall organization and biogenesis-related protein, putative  25 
 
 
376 aa  48.5  0.0001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2605  glycoside hydrolase family protein  26.61 
 
 
191 aa  48.5  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.838168  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4802  glycoside hydrolase family protein  30.16 
 
 
907 aa  48.5  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.609138 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4552  glycoside hydrolase family protein  25.11 
 
 
686 aa  47  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.4064 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_54973  endo-1,3-beta-glucosidase  32.23 
 
 
467 aa  47  0.0003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6224  endo-1,3-1,4-beta-glycanase, C-terminal secretion signal protein  23.76 
 
 
475 aa  47  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.380521  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5116  Licheninase  31.58 
 
 
1059 aa  47.4  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0998931 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_40512  predicted protein  27.01 
 
 
346 aa  47.4  0.0003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2435  glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  27.69 
 
 
252 aa  46.6  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.744797  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04240  Glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  29.19 
 
 
1290 aa  46.2  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4545  glycoside hydrolase family 16  24.84 
 
 
383 aa  46.2  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5321  glycoside hydrolase family 16  28.32 
 
 
426 aa  45.8  0.0007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.349726  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04210  glycoside hydrolase family 16  23.89 
 
 
281 aa  45.4  0.0009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2607  laminarinase  25.56 
 
 
883 aa  45.4  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00933  extracellular cell wall glucanase Crf1/allergen Asp F9 (AFU_orthologue; AFUA_1G16190)  22.08 
 
 
405 aa  44.7  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0489883  normal  0.840082 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_54681  endo-1,3-beta-glucosidase  26.74 
 
 
1028 aa  45.1  0.001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_25832  cell wall protein in family of putative glycosidases Probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase  22.35 
 
 
413 aa  44.7  0.001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.623887  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1396  glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  27.54 
 
 
884 aa  44.3  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000905888  normal  0.0353451 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5109  glycoside hydrolase family 16  25 
 
 
409 aa  44.3  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0369397  normal  0.380992 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6754  glycoside hydrolase family protein  23.01 
 
 
284 aa  43.9  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2187  Carbohydrate binding family 6  23.49 
 
 
389 aa  43.9  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00108018  hitchhiker  0.000808611 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1017  glycoside hydrolase family 16  24.83 
 
 
261 aa  43.1  0.004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9095  hypothetical protein  29.35 
 
 
467 aa  43.5  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0209  glycoside hydrolase family protein  25.14 
 
 
246 aa  42.4  0.007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0805  glycoside hydrolase family protein  23.96 
 
 
295 aa  42  0.01  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.841126  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>