43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4944 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4944  O-antigen polymerase  100 
 
 		 434 aa  868    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.367217  normal  0.330229 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5938  exopolysaccharide production protein  64.44 
 
 		 425 aa  500  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1973  O-antigen polymerase  35.29 
 
 		 433 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.15228 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2549  putative polysaccharide polymerase  34.08 
 
 		 429 aa  126  7e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1208  O-antigen polymerase  34.08 
 
 		 429 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0923682 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0651  O-antigen polymerase  29 
 
 		 428 aa  109  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4530  O-antigen polymerase  30.7 
 
 		 444 aa  106  7e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4801  O-antigen polymerase  27.81 
 
 		 440 aa  100  5e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.141517 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3343  O-antigen polymerase  34.07 
 
 		 401 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3696  O-antigen polymerase  30.27 
 
 		 417 aa  87.4  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0487808  normal  0.621123 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1077  O-antigen polymerase  27.6 
 
 		 440 aa  84.3  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.7973  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3184  O-antigen polymerase  26.76 
 
 		 442 aa  84.3  0.000000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0963  O-antigen polymerase  27.36 
 
 		 460 aa  77  0.0000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.18005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1688  O-antigen polymerase  27.7 
 
 		 421 aa  73.9  0.000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0910283  normal  0.076767 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6232  O-antigen polymerase  30.32 
 
 		 441 aa  73.2  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.394036  normal  0.503415 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1130  O-antigen polymerase  25.09 
 
 		 438 aa  72.8  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1176  O-antigen polymerase  24.76 
 
 		 433 aa  72  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1531  O-antigen polymerase  34.01 
 
 		 419 aa  70.1  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543111  normal  0.517094 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4842  O-antigen polymerase  26.6 
 
 		 433 aa  68.2  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000342709  normal  0.0564871 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6427  O-antigen polymerase  30.18 
 
 		 439 aa  63.2  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.445902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2587  O-antigen polymerase  25.54 
 
 		 409 aa  61.2  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0274  O-antigen polymerase  28.29 
 
 		 444 aa  58.5  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0108  exopolysaccharide production protein, putative  25.99 
 
 		 441 aa  56.6  0.0000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1595  O-antigen polymerase  29.41 
 
 		 467 aa  56.2  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0304  O-antigen polymerase  25.08 
 
 		 451 aa  55.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1380  O-antigen polymerase  26.92 
 
 		 313 aa  54.3  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.563149  normal  0.0271558 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0257  O-antigen polymerase  27.44 
 
 		 453 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4237  O-antigen polymerase  26.98 
 
 		 429 aa  53.9  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.201172  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4579  O-antigen polymerase  30.43 
 
 		 448 aa  53.5  0.000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.17078 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0388  O-antigen polymerase  28.7 
 
 		 358 aa  51.6  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0665  O-antigen polymerase  28.95 
 
 		 436 aa  49.7  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.658587 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1691  O-antigen polymerase  34.78 
 
 		 512 aa  48.5  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.121195  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2875  O-antigen polymerase  23.39 
 
 		 440 aa  47  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.184555  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0810  O-antigen polymerase  27.62 
 
 		 441 aa  46.6  0.0008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2813  O-antigen polymerase  25 
 
 		 773 aa  46.6  0.0008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.192356  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0069  O-antigen polymerase  29.13 
 
 		 443 aa  46.2  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0083  membrane protein  29.13 
 
 		 443 aa  46.6  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.735968  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1091  exopolysaccharide production protein  23.81 
 
 		 429 aa  46.2  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.802391  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4354  O-antigen polymerase  25.5 
 
 		 443 aa  45.4  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.201605  normal  0.814699 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4227  O-antigen polymerase  29.08 
 
 		 457 aa  45.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4286  inorganic carbon transporter  29.08 
 
 		 457 aa  45.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.816665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1378  O-antigen polymerase  26.79 
 
 		 416 aa  44.3  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.486003  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3113  O-antigen polymerase  31.88 
 
 		 467 aa  43.5  0.007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000265772  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>