More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3987 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3987  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
307 aa  599  1e-170  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.13 
 
 
311 aa  366  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0483162  hitchhiker  0.00242915 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.24 
 
 
306 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.635306 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4027  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.52 
 
 
315 aa  354  1e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.640342  normal  0.816795 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5078  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.07 
 
 
305 aa  341  1e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.339365  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1022  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.3 
 
 
329 aa  299  3e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.366376 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.38 
 
 
305 aa  296  3e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.4 
 
 
334 aa  290  3e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0513762 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.16 
 
 
310 aa  235  9e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.18 
 
 
317 aa  229  4e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0612254  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.31 
 
 
312 aa  208  1e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.07 
 
 
322 aa  206  5e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.68 
 
 
359 aa  203  3e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.57 
 
 
310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.36 
 
 
313 aa  195  7e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.3 
 
 
293 aa  194  1e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
293 aa  193  4e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  35.82 
 
 
867 aa  192  7e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 
301 aa  191  1e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  37.72 
 
 
301 aa  191  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.36 
 
 
279 aa  189  5.999999999999999e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  39.07 
 
 
288 aa  187  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.68 
 
 
284 aa  188  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
296 aa  187  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
310 aa  187  2e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
280 aa  186  3e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.09 
 
 
280 aa  186  4e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.63 
 
 
300 aa  186  4e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
308 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58450  ABC transporter permease  37.07 
 
 
303 aa  186  6e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.982429  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  46.08 
 
 
282 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.7 
 
 
284 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5118  ABC transporter permease  36.73 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
284 aa  183  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.36 
 
 
295 aa  183  3e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  39.31 
 
 
300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.82 
 
 
308 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.95 
 
 
279 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.927066  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.08 
 
 
300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.08 
 
 
300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.09 
 
 
287 aa  181  1e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.53 
 
 
285 aa  181  1e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  32.98 
 
 
321 aa  181  2e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.43 
 
 
296 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  36.65 
 
 
300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  35.66 
 
 
303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.01 
 
 
325 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.65 
 
 
300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.78 
 
 
304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.94 
 
 
303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.51 
 
 
298 aa  179  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  35.51 
 
 
298 aa  179  4e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  35.51 
 
 
298 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.41 
 
 
290 aa  179  4.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.395378  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
300 aa  179  4.999999999999999e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  35.51 
 
 
298 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  35.51 
 
 
298 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  40.87 
 
 
303 aa  179  7e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  35.51 
 
 
298 aa  179  8e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.41 
 
 
301 aa  178  8e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.52 
 
 
309 aa  178  9e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.182989 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
303 aa  178  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  35.66 
 
 
303 aa  177  1e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  35.14 
 
 
298 aa  178  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  35.66 
 
 
303 aa  177  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.55 
 
 
309 aa  178  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  35.66 
 
 
303 aa  177  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  35.66 
 
 
303 aa  177  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.58 
 
 
279 aa  177  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal  0.0950252 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.29 
 
 
303 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
303 aa  177  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.3 
 
 
301 aa  177  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.16 
 
 
309 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
301 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  35.14 
 
 
298 aa  177  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.05 
 
 
302 aa  177  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  35.29 
 
 
303 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  34.43 
 
 
302 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  34.43 
 
 
302 aa  177  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  34.43 
 
 
302 aa  177  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  34.43 
 
 
302 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  34.43 
 
 
302 aa  177  3e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.67 
 
 
280 aa  177  3e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  41.82 
 
 
276 aa  177  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  34.43 
 
 
302 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  34.43 
 
 
302 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
278 aa  176  4e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
304 aa  176  4e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.08 
 
 
300 aa  176  5e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
308 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.706102  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.18 
 
 
300 aa  176  6e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0952  glutathione transport system permease GsiD  40.09 
 
 
303 aa  175  9e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.642486  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1002  glutathione transport system permease GsiD  40.09 
 
 
303 aa  175  9e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0981  glutathione transport system permease GsiD  40.09 
 
 
303 aa  175  9e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0892  glutathione transport system permease protein GsiD  40.09 
 
 
303 aa  175  9e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.25 
 
 
291 aa  175  9e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0919  glutathione transport system permease protein GsiD  40.09 
 
 
303 aa  175  9e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285756  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7616  nickel transporter permease NikC  37.27 
 
 
291 aa  175  9e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.92 
 
 
308 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.53 
 
 
274 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>