89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3466 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3466  DoxX family protein  100 
 
 		 150 aa  296  6e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3850  DoxX family protein  49.32 
 
 		 149 aa  116  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3120  hypothetical protein  49.32 
 
 		 149 aa  110  5e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3598  hypothetical protein  44.76 
 
 		 196 aa  94.4  5e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02099  putative membrane DoxD-like family protein  30.56 
 
 		 151 aa  67.4  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0678079  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1174  DoxX family protein  31.5 
 
 		 149 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3790  DoxX family protein  35.54 
 
 		 181 aa  63.9  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.459957 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0907  DoxX family protein  31.21 
 
 		 147 aa  63.9  0.0000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27070  hypothetical protein  33.59 
 
 		 144 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.814369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2441  DoxX family protein  34.65 
 
 		 144 aa  62  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.630068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2290  hypothetical protein  33.59 
 
 		 144 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2401  hypothetical protein  34.96 
 
 		 156 aa  58.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.717688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1790  DoxX  38.64 
 
 		 134 aa  58.5  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.146919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3679  DoxX  31.21 
 
 		 162 aa  56.2  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.244445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4019  DoxX  33.6 
 
 		 144 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.394883  normal  0.482629 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2411  DoxX-like  31.21 
 
 		 154 aa  52.4  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1677  DoxX  32.8 
 
 		 149 aa  52.8  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.14324  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1770  DoxD-like family protein  28.57 
 
 		 148 aa  51.6  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2086  DoxX family protein  29.6 
 
 		 149 aa  51.6  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3021  DoxX family protein  36.43 
 
 		 133 aa  50.4  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.867125  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1273  DoxX  31.25 
 
 		 150 aa  48.9  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.346263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1133  hypothetical protein  31.69 
 
 		 150 aa  48.9  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0161516 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1774  DoxD-like family protein  34.57 
 
 		 148 aa  48.5  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2820  hypothetical protein  34.13 
 
 		 130 aa  48.1  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.161166  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3420  putative inner membrane protein YqjF  38.83 
 
 		 161 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3589  putative inner membrane protein YqjF  38.83 
 
 		 161 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.24023 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3493  hypothetical protein  38.83 
 
 		 161 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3527  hypothetical protein  38.83 
 
 		 161 aa  47.8  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0510711 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1172  DoxX family protein  37.8 
 
 		 155 aa  47.4  0.00006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3783  DoxX family protein  34.4 
 
 		 152 aa  47.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3834  DoxX family protein  34.4 
 
 		 152 aa  47.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.395262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03431  hypothetical protein  31.82 
 
 		 177 aa  47.4  0.00007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1631  hypothetical protein  31.82 
 
 		 177 aa  47.4  0.00007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3399  putative inner membrane protein YqjF  31.39 
 
 		 160 aa  47  0.00008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4416  putative inner membrane protein YqjF  31.39 
 
 		 160 aa  47  0.00009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.260448 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02921  hypothetical protein  28.48 
 
 		 190 aa  46.2  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1539  DoxD family protein  30 
 
 		 281 aa  46.6  0.0001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.636212  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0467  DoxX family protein  34.09 
 
 		 148 aa  46.6  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0022  hypothetical protein  30 
 
 		 146 aa  46.6  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.1744499999999998e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1755  DoxX family protein  35.61 
 
 		 144 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000356426 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2062  DoxX  37.01 
 
 		 125 aa  46.6  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.495511 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3423  hypothetical protein  36.19 
 
 		 161 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.318649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0684  DoxX  34.43 
 
 		 137 aa  45.8  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.000000000773987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1426  hypothetical protein  31.11 
 
 		 149 aa  45.8  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.165574 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0138  DoxX family protein  33.59 
 
 		 147 aa  45.8  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1915  DoxX family protein  33.33 
 
 		 145 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0302074  hitchhiker  0.0000000000182197 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1491  DoxX family protein  31.97 
 
 		 177 aa  45.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.301803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0559  DoxX family protein  40 
 
 		 159 aa  45.4  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.212401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0099  DoxX family protein  35.06 
 
 		 145 aa  45.1  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00508391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0462  DoxX family protein  28.93 
 
 		 133 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0742916 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0428  DoxX family protein  28.93 
 
 		 133 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0401173  normal  0.859055 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2313  DoxX family protein  34.11 
 
 		 145 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.332195  hitchhiker  0.000213237 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1342  DoxX family protein  34.13 
 
 		 145 aa  43.9  0.0007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02921  hypothetical protein  33.33 
 
 		 130 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0595  DoxX family protein  33.33 
 
 		 130 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0600  DoxX family protein  33.33 
 
 		 130 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3574  putative inner membrane protein YqjF  33.33 
 
 		 130 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02970  predicted quinol oxidase subunit  33.33 
 
 		 130 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3289  putative inner membrane protein YqjF  33.33 
 
 		 130 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2112  DoxX family protein  32.82 
 
 		 171 aa  43.9  0.0007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.733626 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3260  putative inner membrane protein YqjF  33.33 
 
 		 130 aa  43.9  0.0008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3456  DoxX family protein  34.11 
 
 		 145 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000181472 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1515  DoxX family protein  31.15 
 
 		 177 aa  43.5  0.0009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1493  DoxX  31.15 
 
 		 177 aa  43.5  0.0009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3555  DoxX family protein  34.17 
 
 		 130 aa  43.5  0.0009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.453371 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0614  DoxD-like family  29.23 
 
 		 281 aa  43.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4592  DoxX family protein  35.37 
 
 		 174 aa  42.4  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0136  hypothetical protein  32.58 
 
 		 145 aa  42  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.636829  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0499  DoxX family protein  28.35 
 
 		 134 aa  42  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0660687 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2955  Surfeit locus 4-related  32.52 
 
 		 133 aa  41.6  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0287316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1922  DoxX  28.26 
 
 		 149 aa  42  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.439341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0173  hypothetical protein  30.33 
 
 		 133 aa  41.6  0.004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00275718  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0412  DoxX family protein  43.33 
 
 		 166 aa  41.2  0.004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.59754 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3022  DoxX family protein  30.37 
 
 		 153 aa  41.6  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.43506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4083  DoxX  36.14 
 
 		 173 aa  41.6  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3509  DoxX family protein  28.36 
 
 		 130 aa  41.6  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1389  hypothetical protein  33.33 
 
 		 146 aa  41.6  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0236091 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4159  DoxX family protein  36.14 
 
 		 173 aa  41.6  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.273208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4313  DoxX family protein  36.14 
 
 		 173 aa  41.2  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.514901 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0526  DoxX family protein  30.47 
 
 		 154 aa  41.6  0.004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2151  transporter  30 
 
 		 132 aa  40.8  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.447191  normal  0.895246 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0540  DoxX family protein  27.27 
 
 		 154 aa  40.8  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0667  DoxX family protein  25.93 
 
 		 180 aa  40.8  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1048  DoxX  29.1 
 
 		 178 aa  40.8  0.007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.083791  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1292  DoxX family protein  32.79 
 
 		 147 aa  40.4  0.008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0246117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1221  DoxX family protein  32.79 
 
 		 147 aa  40.4  0.008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.806219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4623  DoxX family protein  28 
 
 		 139 aa  40.4  0.008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000208807  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3319  hypothetical protein  32.81 
 
 		 147 aa  40.4  0.009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4189  DoxX family protein  31.33 
 
 		 164 aa  40  0.01  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>