More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3280 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3280  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 241 aa  483  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3232  two component transcriptional regulator  57.64 
 
 		 244 aa  266  2e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4191  two component transcriptional regulator  43.22 
 
 		 244 aa  191  8e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2354  two component transcriptional regulator  44.35 
 
 		 235 aa  177  2e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.402981 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6059  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.28 
 
 		 246 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5813  two component transcriptional regulator  42.42 
 
 		 253 aa  176  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00548874 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.79 
 
 		 236 aa  174  8e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  44.35 
 
 		 240 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.52 
 
 		 275 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.93 
 
 		 240 aa  171  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  40.85 
 
 		 261 aa  171  9e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2235  two component transcriptional regulator  41.1 
 
 		 236 aa  171  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0474  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  40.53 
 
 		 238 aa  170  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  44.21 
 
 		 257 aa  170  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  39.3 
 
 		 245 aa  169  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  39.22 
 
 		 246 aa  169  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  39.74 
 
 		 243 aa  168  6e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0413  putative transcriptional regulatory protein OmpR  40.53 
 
 		 238 aa  168  7e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.16231  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  44.4 
 
 		 240 aa  168  8e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  42.61 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0207  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.25 
 
 		 262 aa  167  1e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00814931  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.7 
 
 		 256 aa  167  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04277  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ArcB or CpxA  37.23 
 
 		 238 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.896117  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3596  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.23 
 
 		 238 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.895542  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4956  two-component response regulator  37.23 
 
 		 238 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.211871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4637  two-component response regulator  37.23 
 
 		 238 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0297029  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5012  two-component response regulator  37.23 
 
 		 238 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0537303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4952  two-component response regulator  37.23 
 
 		 238 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.198521  normal  0.89803 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5008  two-component response regulator  37.23 
 
 		 238 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.80206 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4849  two-component response regulator  37.23 
 
 		 238 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0271183  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04242  hypothetical protein  37.23 
 
 		 238 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.889846  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5916  two-component response regulator  37.23 
 
 		 238 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.284367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4922  two-component response regulator  37.23 
 
 		 238 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000490343  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  40.52 
 
 		 239 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5000  two-component response regulator  37.23 
 
 		 238 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.22 
 
 		 239 aa  166  2.9999999999999998e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3655  two-component response regulator  37.23 
 
 		 238 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0107  DNA-binding response regulator  40.93 
 
 		 236 aa  166  4e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  44.16 
 
 		 241 aa  166  4e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  41.05 
 
 		 241 aa  166  4e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0108  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.93 
 
 		 234 aa  166  4e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1763  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.53 
 
 		 246 aa  165  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.809645  normal  0.127578 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  43.53 
 
 		 244 aa  165  5e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 240 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 246 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3382  two component transcriptional regulator  43.16 
 
 		 241 aa  165  5.9999999999999996e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98781 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3909  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  40.26 
 
 		 247 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1282  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 		 249 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0655  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 		 242 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379452 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  41.99 
 
 		 236 aa  164  8e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  43.04 
 
 		 241 aa  164  9e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  43.04 
 
 		 241 aa  164  9e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  43.04 
 
 		 241 aa  164  9e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1947  two-component response regulator  36.8 
 
 		 238 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000743409  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  39.48 
 
 		 246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4949  two-component response regulator  36.8 
 
 		 238 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2121  osmolarity response regulator  41.05 
 
 		 248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.201602  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  42.61 
 
 		 240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4347  two component transcriptional regulator  42.31 
 
 		 244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.215798  normal  0.0155623 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  43.53 
 
 		 241 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  38.2 
 
 		 238 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  43.53 
 
 		 241 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1190  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 		 248 aa  162  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  43.72 
 
 		 241 aa  162  3e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3730  winged helix family two component transcriptional regulator  38.2 
 
 		 238 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.59 
 
 		 248 aa  162  4.0000000000000004e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  37.77 
 
 		 238 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  40.17 
 
 		 245 aa  162  4.0000000000000004e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 251 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65880  putative two-component response regulator  39.33 
 
 		 244 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0780512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  41.05 
 
 		 239 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  42.61 
 
 		 241 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5717  putative two-component response regulator  39.33 
 
 		 245 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  39.06 
 
 		 246 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  43.29 
 
 		 241 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  43.1 
 
 		 241 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  43.1 
 
 		 241 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 246 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  43.1 
 
 		 241 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  41.05 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.05 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  41.05 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  41.05 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  41.05 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  41.05 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  41.05 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  41.05 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  41.05 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  41.05 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  41.05 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  41.05 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  41.05 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  41.05 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  41.05 
 
 		 239 aa  162  6e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  41.05 
 
 		 239 aa  161  7e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3326  two component transcriptional regulator  38.16 
 
 		 243 aa  161  7e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236846  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  41.05 
 
 		 239 aa  161  7e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  41.05 
 
 		 239 aa  161  7e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>