More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2486 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
327 aa  659    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  81.85 
 
 
327 aa  548  1e-155  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.42 
 
 
329 aa  464  9.999999999999999e-131  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.89 
 
 
327 aa  459  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3557  putative UDP-glucose 4-epimerase  69.82 
 
 
327 aa  457  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.72 
 
 
327 aa  457  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.81 
 
 
325 aa  453  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2100  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.07 
 
 
328 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.415706  decreased coverage  0.000106106 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.89 
 
 
326 aa  444  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564749 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.56 
 
 
328 aa  441  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.423023  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.36 
 
 
328 aa  443  1e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3643  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.18 
 
 
328 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.611335  normal  0.301343 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.85 
 
 
325 aa  409  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652094  normal  0.317394 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.46 
 
 
328 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.459249  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.31 
 
 
328 aa  385  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.506221  normal  0.0682728 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.92 
 
 
330 aa  384  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.272869 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  48.32 
 
 
323 aa  292  7e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.281448  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0572  hypothetical protein  48.32 
 
 
323 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0444  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  48.32 
 
 
323 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2018  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  48.32 
 
 
323 aa  290  2e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381925  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1862  hypothetical protein  48.01 
 
 
323 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0895  hypothetical protein  48.01 
 
 
323 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.39 
 
 
329 aa  288  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.552547  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0972  hypothetical protein  47.27 
 
 
323 aa  286  4e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.09 
 
 
323 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67812  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.4 
 
 
323 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.321153  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1637  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.36 
 
 
326 aa  283  4.0000000000000003e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.115399  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2168  hypothetical protein  47.26 
 
 
326 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.243354 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1422  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.92 
 
 
324 aa  281  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144827  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.18 
 
 
323 aa  281  1e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.784653  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.48 
 
 
323 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.48 
 
 
323 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.48 
 
 
323 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173565  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.12 
 
 
323 aa  279  4e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58049  normal  0.22893 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.73 
 
 
326 aa  276  3e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.85 
 
 
323 aa  273  4.0000000000000004e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  normal  0.116781 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3730  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.2 
 
 
327 aa  271  8.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3407  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.16 
 
 
327 aa  270  2e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.81 
 
 
326 aa  263  4e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3223  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.16 
 
 
316 aa  260  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.16 
 
 
316 aa  260  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3035  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  42.86 
 
 
316 aa  259  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3064  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.86 
 
 
316 aa  259  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.516818 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3119  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.16 
 
 
316 aa  259  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0293341 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.81 
 
 
314 aa  251  1e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0016  hypothetical protein  40.49 
 
 
315 aa  251  1e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2014  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.38 
 
 
332 aa  249  4e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0242724  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1902  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  42.07 
 
 
332 aa  249  5e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000745281  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2246  hypothetical protein  42.38 
 
 
332 aa  249  5e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000358577  normal  0.308003 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.28 
 
 
319 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.89 
 
 
325 aa  238  1e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  37.5 
 
 
315 aa  227  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020426  hitchhiker  0.00495986 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00746  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14210)  40.92 
 
 
321 aa  225  9e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.761224  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.04 
 
 
342 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.765579  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0145  hypothetical protein  37.42 
 
 
321 aa  224  2e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.252079  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0130  hypothetical protein  37.42 
 
 
321 aa  224  2e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.39 
 
 
356 aa  221  1.9999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.49188  normal  0.231894 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.02 
 
 
351 aa  216  4e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.54 
 
 
348 aa  216  5e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.238348  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.67 
 
 
339 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.492677  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.16 
 
 
341 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.364905 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03119  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12770)  34.28 
 
 
316 aa  200  1.9999999999999998e-50  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.3 
 
 
339 aa  191  1e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000498566  decreased coverage  0.0000954183 
 
 
-
 
NC_006670  CNA08100  conserved hypothetical protein  35.22 
 
 
347 aa  189  5.999999999999999e-47  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0451749  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.75 
 
 
325 aa  178  9e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.51 
 
 
311 aa  166  5.9999999999999996e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.134819  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0904  hypothetical protein  35.71 
 
 
318 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.344615  normal  0.211687 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3206  hypothetical protein  32.91 
 
 
328 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  33.62 
 
 
635 aa  162  8.000000000000001e-39  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA00850  conserved expressed protein  32.21 
 
 
359 aa  160  3e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.37 
 
 
316 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1940  hypothetical protein  33.65 
 
 
308 aa  149  6e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2397  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.87 
 
 
306 aa  139  7e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.23 
 
 
305 aa  120  3e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5494  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.84 
 
 
306 aa  109  5e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.91 
 
 
320 aa  86.3  7e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.85 
 
 
328 aa  71.2  0.00000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2516  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.28 
 
 
357 aa  70.5  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.968442 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.17 
 
 
327 aa  69.7  0.00000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6101  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.65 
 
 
302 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0189492  normal  0.808784 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.11 
 
 
315 aa  67  0.0000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0673  UDP-galactose 4-epimerase  32.77 
 
 
337 aa  67  0.0000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000299597 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  31.34 
 
 
303 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4409  UDP-glucose 4-epimerase  29.44 
 
 
316 aa  66.2  0.0000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33900  UDP-glucose 4-epimerase  29.76 
 
 
313 aa  66.2  0.0000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.72 
 
 
317 aa  65.9  0.0000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.71 
 
 
310 aa  65.9  0.0000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.59 
 
 
309 aa  65.5  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.13 
 
 
313 aa  65.5  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
303 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.21 
 
 
322 aa  63.9  0.000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2958  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.72 
 
 
325 aa  63.9  0.000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0543  UDP-glucose 4-epimerase  31.14 
 
 
328 aa  63.2  0.000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1662  UDP-glucose 4-epimerase  24.76 
 
 
330 aa  62.8  0.000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.19 
 
 
308 aa  62.4  0.000000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0575797  normal  0.628375 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0474  UDP-glucose 4-epimerase  29.65 
 
 
328 aa  62.8  0.000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.814056  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1923  UDP-glucose 4-epimerase  24.62 
 
 
331 aa  62.4  0.00000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1125  UDP-glucose 4-epimerase  25.67 
 
 
329 aa  62  0.00000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.333219  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3672  UDP-glucose 4-epimerase  28.57 
 
 
328 aa  62  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0118315 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.48 
 
 
316 aa  62.4  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>