102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1286 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4886  integrase catalytic region  100 
 
 		 457 aa  937    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6422  integrase catalytic region  98.25 
 
 		 469 aa  923    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.902721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1286  integrase catalytic region  100 
 
 		 457 aa  937    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.654292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6234  Integrase catalytic region  86.77 
 
 		 457 aa  802    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.416646 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6382  Integrase catalytic region  86.77 
 
 		 457 aa  802    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.583373 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5282  Integrase catalytic region  89.5 
 
 		 457 aa  845    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1967  Integrase catalytic region  89.28 
 
 		 457 aa  843    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.227669  normal  0.536368 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3937  transposase protein, Y4bF  67.44 
 
 		 458 aa  598  1e-170  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2865  putative transposase  67.29 
 
 		 459 aa  593  1e-168  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5238  integrase catalytic region  54.72 
 
 		 432 aa  448  1e-125  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2654  integrase catalytic region  53.41 
 
 		 432 aa  446  1.0000000000000001e-124  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.268588 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5284  Integrase catalytic region  47.64 
 
 		 474 aa  431  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1969  Integrase catalytic region  47.64 
 
 		 474 aa  431  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.233913  normal  0.387035 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6205  Integrase catalytic region  47.64 
 
 		 474 aa  431  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.480184 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1789  Integrase catalytic region  47.36 
 
 		 475 aa  429  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.239535 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6235  Integrase catalytic region  47.15 
 
 		 475 aa  430  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782279  normal  0.38936 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4409  Integrase catalytic region  47.15 
 
 		 475 aa  428  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4696  Integrase catalytic region  53.9 
 
 		 432 aa  424  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.019819  normal  0.12529 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_7360  integrase catalytic subunit  65.24 
 
 		 339 aa  409  1e-113  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0181906  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4092  integrase catalytic subunit  50.86 
 
 		 431 aa  405  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_31  putative phage intergrase  47.79 
 
 		 445 aa  404  1e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2121  Integrase catalytic region  47.51 
 
 		 468 aa  404  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.224793  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2648  Integrase catalytic region  47.51 
 
 		 468 aa  404  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.325661  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3832  integrase catalytic subunit  45.81 
 
 		 496 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.322894  normal  0.205763 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6516  integrase catalytic subunit  45.81 
 
 		 496 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.983833  normal  0.529285 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4735  integrase catalytic subunit  48.17 
 
 		 464 aa  386  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1989  integrase catalytic subunit  48.17 
 
 		 464 aa  386  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0157211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5175  Integrase catalytic region  48.62 
 
 		 477 aa  387  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1084  integrase catalytic region  47.75 
 
 		 494 aa  385  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.310886 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1677  integrase catalytic region  45.47 
 
 		 496 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.257705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6204  integrase catalytic region  45.25 
 
 		 496 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.18431  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1843  transposase  46.67 
 
 		 491 aa  378  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0142418 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4300  integrase catalytic region  46.42 
 
 		 468 aa  375  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0670  putative transposase  48.01 
 
 		 462 aa  366  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0369159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7317  integrase catalytic region  50.96 
 
 		 374 aa  355  1e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.0472875 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3280  integrase catalytic subunit  61.07 
 
 		 317 aa  348  1e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.583833  normal  0.0175865 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3038  integrase catalytic subunit  48.16 
 
 		 417 aa  322  9.000000000000001e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.158166  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2069  integrase catalytic region  42.02 
 
 		 437 aa  302  6.000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1576  transposase  54.04 
 
 		 311 aa  296  4e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.230399  normal  0.02765 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7305  integrase, catalytic region  55.47 
 
 		 264 aa  278  1e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00306385 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0039  ISTde1, transposase  35.31 
 
 		 394 aa  221  1.9999999999999999e-56  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00960988  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2033  ISTde1, transposase  35.31 
 
 		 394 aa  221  1.9999999999999999e-56  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.691544  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2472  ISTde1, transposase  35.31 
 
 		 394 aa  221  1.9999999999999999e-56  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00195439  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0169  Integrase catalytic region  38.4 
 
 		 434 aa  213  5.999999999999999e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.287637  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0499  Integrase catalytic region  38.4 
 
 		 434 aa  213  5.999999999999999e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.620267  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0321  integrase catalytic subunit  35.25 
 
 		 462 aa  209  9e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.862943  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0950  integrase catalytic subunit  36.27 
 
 		 442 aa  209  9e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1501  integrase catalytic subunit  36.27 
 
 		 442 aa  209  9e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1862  integrase catalytic subunit  36.27 
 
 		 442 aa  209  9e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6181  integrase, catalytic region  50.24 
 
 		 207 aa  203  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00218221 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0028  Integrase catalytic region  35.99 
 
 		 454 aa  202  8e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.98603 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0185  Integrase catalytic region  35.99 
 
 		 454 aa  202  8e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000066025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0387  Integrase catalytic region  35.99 
 
 		 454 aa  202  8e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00879221 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0527  Integrase catalytic region  35.99 
 
 		 454 aa  202  8e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000271735  normal  0.0259964 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0737  Integrase catalytic region  35.99 
 
 		 454 aa  202  8e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00611369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2269  Integrase catalytic region  35.99 
 
 		 454 aa  202  8e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2459  Integrase catalytic region  35.99 
 
 		 454 aa  202  8e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.319869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2704  Integrase catalytic region  35.99 
 
 		 454 aa  202  8e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2830  Integrase catalytic region  35.99 
 
 		 464 aa  202  8e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5944  integrase, catalytic region  50.53 
 
 		 204 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.656636  normal  0.0902484 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1558  hypothetical protein  37.01 
 
 		 401 aa  195  1e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6517  transposase and inactivated derivatives  49.73 
 
 		 200 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.423171  normal  0.717268 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0534  putative transposase protein  33.71 
 
 		 450 aa  160  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1289  putative transposase protein  33.71 
 
 		 450 aa  160  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1524  putative transposase protein  33.71 
 
 		 450 aa  160  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.57049  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1648  putative transposase protein  33.71 
 
 		 450 aa  160  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.581275  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1944  putative transposase protein  33.71 
 
 		 450 aa  160  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2032  putative transposase protein  33.71 
 
 		 450 aa  160  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.107643  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2513  putative transposase protein  33.71 
 
 		 450 aa  160  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000581707  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2859  putative transposase protein  33.71 
 
 		 450 aa  160  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00168356  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3592  putative transposase protein  33.71 
 
 		 450 aa  160  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0741  putative transposase protein  33.81 
 
 		 442 aa  159  7e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0745  putative transposase protein  33.81 
 
 		 442 aa  159  7e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01931  probable transposase protein, Y4bF  30.64 
 
 		 494 aa  152  1e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02324  hypothetical protein  41.61 
 
 		 153 aa  127  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3833  hypothetical protein  44.7 
 
 		 164 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.445064 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2352  Sea27  44.63 
 
 		 192 aa  105  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0980283  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1565  hypothetical protein  54.22 
 
 		 93 aa  92.8  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.109766  normal  0.0927482 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1842  transposase  40.35 
 
 		 130 aa  90.5  6e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0113266 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3835  hypothetical protein  40.57 
 
 		 148 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.400621 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6209  hypothetical protein  79.41 
 
 		 42 aa  59.7  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.329319 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1761  Integrase catalytic region  26.05 
 
 		 407 aa  58.2  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4098  Integrase catalytic region  26.05 
 
 		 399 aa  57.4  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1682  Integrase catalytic region  25.1 
 
 		 417 aa  53.9  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2820  Integrase catalytic region  25.1 
 
 		 417 aa  53.9  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3191  Integrase catalytic region  25.1 
 
 		 417 aa  53.9  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000157181  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1712  helix-turn-helix, Fis-type  38.27 
 
 		 93 aa  53.5  0.000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05419  transposase  42.86 
 
 		 71 aa  50.8  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6522  transposase and inactivated derivatives  38.1 
 
 		 90 aa  50.8  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.658143 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0312  Integrase catalytic region  24.69 
 
 		 416 aa  50.4  0.00007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5281  hypothetical protein  56.76 
 
 		 83 aa  48.9  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0622  integrase catalytic subunit  23.61 
 
 		 426 aa  47  0.0007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1731  integrase catalytic subunit  23.61 
 
 		 426 aa  47  0.0007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.742948  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0635  integrase catalytic subunit  23.61 
 
 		 426 aa  47  0.0007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1778  integrase catalytic subunit  23.61 
 
 		 426 aa  47  0.0007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.12662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1710  integrase catalytic subunit  23.61 
 
 		 426 aa  47  0.0007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0381  integrase catalytic subunit  22.88 
 
 		 441 aa  47  0.0007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0544  integrase catalytic subunit  22.88 
 
 		 441 aa  47  0.0007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.265235  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1107  integrase catalytic subunit  22.88 
 
 		 441 aa  47  0.0007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.515553  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1874  integrase catalytic subunit  22.88 
 
 		 441 aa  47  0.0007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>