173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1755 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1755  hydrogenase expression/synthesis, HypA  100 
 
 		 116 aa  229  1e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1832  hydrogenase nickel insertion protein HypA  64.6 
 
 		 115 aa  163  6.9999999999999995e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.524005  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1904  hydrogenase nickel insertion protein HypA  62.93 
 
 		 117 aa  160  6e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0320929  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1879  hydrogenase nickel insertion protein HypA  62.07 
 
 		 117 aa  159  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2089  hydrogenase expression/formation protein HypA  63.79 
 
 		 118 aa  158  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1812  hydrogenase nickel insertion protein HypA  62.93 
 
 		 118 aa  158  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2415  hydrogenase nickel insertion protein HypA  62.07 
 
 		 117 aa  159  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0774419  hitchhiker  0.0000872958 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  62.93 
 
 		 118 aa  157  3e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0939102  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1867  hydrogenase nickel insertion protein HypA  62.07 
 
 		 118 aa  157  6e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1911  hydrogenase nickel insertion protein HypA  61.21 
 
 		 117 aa  155  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0043415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1898  hydrogenase nickel insertion protein HypA  63.48 
 
 		 115 aa  153  6e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00030561 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2023  hydrogenase expression/synthesis HypA  62.5 
 
 		 115 aa  137  4.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.656549  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2113  hydrogenase expression/synthesis, HypA  53.51 
 
 		 114 aa  125  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00315228  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  53.98 
 
 		 113 aa  124  4.0000000000000003e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1669  hydrogenase expression/formation protein HypA  54.46 
 
 		 121 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  53.98 
 
 		 113 aa  121  3e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2039  hydrogenase nickel insertion protein HypA  46.9 
 
 		 114 aa  104  3e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.98 
 
 		 114 aa  92.8  1e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0787  hydrogenase expression/formation protein HypA  46.15 
 
 		 121 aa  92  2e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.482167  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0929  hydrogenase expression/synthesis, HypA  40.71 
 
 		 113 aa  91.7  3e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.11958  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.29 
 
 		 113 aa  89  2e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.82 
 
 		 113 aa  89  2e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.21 
 
 		 130 aa  87.4  5e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1199  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.86 
 
 		 115 aa  87.4  6e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.78169  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0656  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.23 
 
 		 114 aa  85.5  2e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0730  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.23 
 
 		 114 aa  84.7  3e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.525466  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0913  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.94 
 
 		 114 aa  84.3  5e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1042  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.23 
 
 		 114 aa  84  7e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0176  putative hydrogenase nickel incorporation protein hypA  35.34 
 
 		 145 aa  83.6  9e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1601  hydrogenase expression/formation protein HypA  36.61 
 
 		 117 aa  77.4  0.00000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  40.35 
 
 		 115 aa  71.2  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0472  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.27 
 
 		 114 aa  68.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 		 113 aa  68.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 		 113 aa  67.4  0.00000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.03 
 
 		 120 aa  67  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2132  hydrogenase expression/synthesis HypA  32.74 
 
 		 113 aa  66.6  0.0000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.509828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.09 
 
 		 113 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0500  hydrogenase expression/synthesis HypA  35.45 
 
 		 114 aa  66.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  34.31 
 
 		 121 aa  65.9  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0505  hydrogenase expression/synthesis HypA  34.55 
 
 		 114 aa  65.5  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  35.4 
 
 		 110 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.09 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.21 
 
 		 114 aa  63.9  0.0000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.28 
 
 		 110 aa  62  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.97 
 
 		 110 aa  61.6  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.09 
 
 		 113 aa  61.2  0.000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 		 113 aa  60.8  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.74 
 
 		 110 aa  60.8  0.000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 		 110 aa  60.1  0.000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.14 
 
 		 124 aa  60.1  0.000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40 
 
 		 110 aa  60.1  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2006  hydrogenase expression/formation  32.38 
 
 		 110 aa  60.1  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0514  hydrogenase expression/synthesis HypA  30.7 
 
 		 114 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0729285 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 		 117 aa  58.9  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.9 
 
 		 128 aa  58.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3461  hydrogenase expression/synthesis HypA  31.86 
 
 		 111 aa  59.3  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000576612  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00349  hydrogenase expression/formation protein HypA  33.33 
 
 		 107 aa  59.3  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.09 
 
 		 116 aa  58.5  0.00000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.43 
 
 		 113 aa  58.2  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.74 
 
 		 113 aa  57.8  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.4 
 
 		 113 aa  58.2  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.78 
 
 		 113 aa  57.8  0.00000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3882  hydrogenase expression/synthesis HypA  28.95 
 
 		 113 aa  57.4  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.897038 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3043  hydrogenase nickel incorporation protein  34.19 
 
 		 118 aa  57  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478304 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3164  hydrogenase nickel incorporation protein  34.19 
 
 		 118 aa  57  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.355005 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3059  hydrogenase nickel incorporation protein  34.19 
 
 		 118 aa  57  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606667  normal  0.0829124 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3199  hydrogenase nickel incorporation protein  32.46 
 
 		 116 aa  57  0.00000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2976  hydrogenase nickel incorporation protein  34.19 
 
 		 118 aa  57  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3007  hydrogenase nickel incorporation protein  34.19 
 
 		 118 aa  57  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.0101686 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1382  hydrogenase expression/formation protein HypA  31.07 
 
 		 138 aa  57  0.00000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00630275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.7 
 
 		 128 aa  57  0.00000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  30.97 
 
 		 113 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.53 
 
 		 136 aa  56.6  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1886  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.06 
 
 		 127 aa  55.5  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.552907  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3810  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.21 
 
 		 138 aa  54.7  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2851  hydrogenase nickel incorporation protein  31.58 
 
 		 120 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.440089 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  28.44 
 
 		 110 aa  54.3  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3978  hydrogenase nickel incorporation protein  31.58 
 
 		 120 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02576  HypA  31.58 
 
 		 116 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.58 
 
 		 116 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02541  hypothetical protein  31.58 
 
 		 116 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.96 
 
 		 119 aa  53.9  0.0000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2863  hydrogenase nickel incorporation protein  31.58 
 
 		 116 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3014  hydrogenase nickel incorporation protein  31.58 
 
 		 116 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0986  hydrogenase nickel incorporation protein  31.58 
 
 		 116 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.209126 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25 
 
 		 121 aa  53.5  0.0000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.32 
 
 		 117 aa  53.1  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.09 
 
 		 113 aa  53.1  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.09 
 
 		 113 aa  53.1  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.09 
 
 		 119 aa  52.8  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0967  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.62 
 
 		 123 aa  52.8  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.571187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.76 
 
 		 113 aa  52.8  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  27.43 
 
 		 113 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.43 
 
 		 113 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  27.43 
 
 		 113 aa  51.6  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  27.43 
 
 		 113 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  27.43 
 
 		 113 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  27.43 
 
 		 113 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  27.43 
 
 		 113 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  27.43 
 
 		 113 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>