176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_4015 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_3939  periplasmic sugar-binding protein, putative  98.25 
 
 
342 aa  694    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4037  periplasmic sugar-binding protein, putative  98.83 
 
 
342 aa  698    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4015  periplasmic sugar-binding protein, putative  100 
 
 
342 aa  705    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4134  periplasmic sugar-binding protein, putative  97.37 
 
 
342 aa  689    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0349  periplasmic sugar-binding protein, putative  70.5 
 
 
348 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.748308  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0355  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  68.44 
 
 
341 aa  486  1e-136  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3671  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  68.14 
 
 
341 aa  484  1e-136  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.669909  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3287  periplasmic sugar-binding protein  50.33 
 
 
337 aa  322  5e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4172  periplasmic sugar-binding protein, putative  48.25 
 
 
348 aa  320  3e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2149  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.48 
 
 
366 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00186046  normal  0.396691 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3323  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.58 
 
 
358 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.796587 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3110  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.44 
 
 
357 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2372  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.21 
 
 
358 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1885  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.94 
 
 
358 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4053  periplasmic sugar-binding protein, putative  30.77 
 
 
387 aa  141  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.299221  normal  0.087362 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1979  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.18 
 
 
358 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.744859  normal  0.0549278 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2881  periplasmic sugar-binding protein, putative  29 
 
 
367 aa  140  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.333959  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2731  periplasmic sugar-binding domain protein  27.79 
 
 
357 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.223231  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2463  sugar-binding domain-containing protein  26.54 
 
 
366 aa  119  6e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.155285  hitchhiker  0.00853045 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3835  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.22 
 
 
388 aa  92  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0841  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.57 
 
 
399 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  23.15 
 
 
311 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  23.15 
 
 
311 aa  60.1  0.00000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  23.15 
 
 
311 aa  60.1  0.00000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  23.15 
 
 
311 aa  60.1  0.00000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  23.15 
 
 
313 aa  60.1  0.00000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1581  ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  24.4 
 
 
310 aa  58.2  0.0000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0249545  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2758  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein, putative  28.73 
 
 
342 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.904203  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2995  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  28.73 
 
 
342 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.700398  normal  0.882124 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4908  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.55 
 
 
320 aa  55.8  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  36.47 
 
 
338 aa  54.3  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43620  ribose ABC transporter  27.43 
 
 
335 aa  54.3  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0182793  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1812  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.62 
 
 
297 aa  53.5  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1793  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  26.62 
 
 
342 aa  53.5  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.155472  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0810  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  26.62 
 
 
297 aa  53.5  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1101  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  26.62 
 
 
297 aa  53.5  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0362  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  26.62 
 
 
342 aa  53.5  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2074  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  26.62 
 
 
297 aa  53.5  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22080  periplasmic sugar-binding protein  27.74 
 
 
333 aa  53.5  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.93 
 
 
328 aa  53.1  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.79 
 
 
320 aa  52.8  0.000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3783  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.32 
 
 
318 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04096  predicted sugar transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  21.32 
 
 
318 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.639926  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3766  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.99 
 
 
318 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4705  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  21.32 
 
 
318 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4856  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  21.32 
 
 
318 aa  52.4  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0457  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.62 
 
 
342 aa  52.8  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0412  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.28 
 
 
318 aa  52  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1857  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.38 
 
 
322 aa  52.4  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.566225  hitchhiker  0.00271003 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7364  ABC transporter substrate binding protein  32.97 
 
 
316 aa  52  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.180283  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4481  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  21.32 
 
 
318 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4797  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  21.32 
 
 
318 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5745  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  21.99 
 
 
318 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04060  hypothetical protein  21.32 
 
 
318 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.617644  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2473  periplasmic substrate-binding protein  26.36 
 
 
306 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.265832  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1604  two component transcriptional regulator, AraC family  24.87 
 
 
904 aa  51.2  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2238  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.36 
 
 
306 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0442154  normal  0.544286 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  25.11 
 
 
310 aa  51.2  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1110  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  31.82 
 
 
334 aa  51.6  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.963711  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4364  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.64 
 
 
371 aa  51.6  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0398536  normal  0.0596861 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4068  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.9 
 
 
318 aa  51.6  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0147  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  22.9 
 
 
318 aa  51.6  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00228478  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0475  putative sugar ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  22.9 
 
 
318 aa  51.6  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0362189  normal  0.0527662 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3158  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.9 
 
 
337 aa  51.2  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2147  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.19 
 
 
313 aa  50.8  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0159332  normal  0.228113 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.36 
 
 
330 aa  51.2  0.00003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0970  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.92 
 
 
318 aa  51.2  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  32.58 
 
 
339 aa  50.4  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2160  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.78 
 
 
301 aa  50.4  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5046  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  24.46 
 
 
320 aa  50.1  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.611947  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1582  ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.36 
 
 
311 aa  50.1  0.00005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000317911  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1986  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.21 
 
 
313 aa  50.4  0.00005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.277686  normal  0.0546729 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1988  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.21 
 
 
313 aa  50.4  0.00005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.188386  hitchhiker  0.000242477 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3327  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.17 
 
 
321 aa  50.4  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.888575  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2073  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.21 
 
 
313 aa  50.1  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.269264  hitchhiker  0.00000246592 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.89 
 
 
317 aa  49.7  0.00007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3294  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.12 
 
 
318 aa  49.7  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2059  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.63 
 
 
313 aa  49.7  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0766  putative LACI-type transcriptional regulator  24.64 
 
 
315 aa  49.3  0.00009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0284557  normal  0.148225 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0266  putative sugar ABC transporter periplasmic sugar-binding protein ABC transporter  30.77 
 
 
341 aa  49.3  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3307  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  19.84 
 
 
337 aa  48.9  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2239  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.06 
 
 
343 aa  48.9  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.957083  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1418  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.17 
 
 
319 aa  48.9  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3490  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.87 
 
 
309 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.70516  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6472  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.91 
 
 
315 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.555546  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6707  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.91 
 
 
315 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2634  normal  0.288503 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6313  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.91 
 
 
315 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.330305 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  44.44 
 
 
333 aa  48.1  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5265  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  29.46 
 
 
322 aa  48.5  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.108745  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2475  monosaccharide-transporting ATPase  26.19 
 
 
321 aa  48.1  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.498676  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 
328 aa  47.8  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3269  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.6 
 
 
330 aa  47.8  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.605596  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2127  ABC transporter periplasmic-binding protein ytfQ precursor  21.99 
 
 
307 aa  47.4  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0871  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.01 
 
 
314 aa  47.8  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0134  LacI family transcription regulator  30 
 
 
343 aa  47  0.0004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1561  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.61 
 
 
348 aa  47  0.0004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4112  putative sugar ABC transporter periplasmic sugar-binding protein ABC transporter  31.73 
 
 
340 aa  47.4  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4011  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.45 
 
 
319 aa  47.4  0.0004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4229  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.17 
 
 
318 aa  47  0.0005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  24.85 
 
 
289 aa  47  0.0005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>