67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1875 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1875  rhomboid family protein  100 
 
 		 209 aa  420  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2016  rhomboid-like protein  56.6 
 
 		 218 aa  235  3e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2160  rhomboid family protein  61.11 
 
 		 198 aa  234  6e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0175034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2270  Rhomboid family protein  61.11 
 
 		 198 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00653341  normal  0.491355 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4542  hypothetical protein  61.11 
 
 		 198 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2256  rhomboid family protein  62.5 
 
 		 187 aa  231  8.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.18089  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2114  rhomboid family protein  63.59 
 
 		 198 aa  229  2e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00343017  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1853  rhomboid family protein  61.26 
 
 		 188 aa  227  9e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.124866  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2165  rhomboid family protein  61.7 
 
 		 201 aa  226  1e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0257176  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2504  hypothetical protein  61.7 
 
 		 204 aa  226  2e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2060  rhomboid family protein  61.17 
 
 		 204 aa  226  2e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00283359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1915  rhomboid family protein  61.17 
 
 		 205 aa  226  2e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2350  rhomboid family protein  58.33 
 
 		 200 aa  208  5e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0538538  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2553  rhomboid family protein  55.37 
 
 		 202 aa  192  4e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0621154  normal  0.0170558 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2047  rhomboid family protein  60.51 
 
 		 171 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.285623  normal  0.248889 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2063  rhomboid family protein  54.77 
 
 		 194 aa  176  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1827  hypothetical protein  62.58 
 
 		 205 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.545159  normal  0.567455 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02194  membrane protein, Rhomboid family  46.5 
 
 		 194 aa  142  5e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.411202  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2148  rhomboid family membrane protein  43.12 
 
 		 206 aa  127  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1088  integral membrane protein  42.51 
 
 		 186 aa  126  3e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004038  membrane protein  37.11 
 
 		 183 aa  122  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.03896  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2522  rhomboid family membrane protein  40 
 
 		 195 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1567  hypothetical protein  44.52 
 
 		 183 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.018833  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01423  hypothetical protein  41.88 
 
 		 162 aa  116  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0888  rhomboid family protein  43.14 
 
 		 186 aa  114  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.86404 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0230  membrane protein, rhomboid family  39.58 
 
 		 193 aa  79.7  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0169  Rhomboid family protein  33.55 
 
 		 187 aa  68.9  0.00000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.406273  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3112  rhomboid family protein  37.27 
 
 		 199 aa  60.8  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2655  hypothetical protein  33.08 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2892  putative transmembrane protein  29.11 
 
 		 204 aa  52.8  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2486  hypothetical protein  30.77 
 
 		 204 aa  50.4  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  31.5 
 
 		 554 aa  50.1  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  28.16 
 
 		 287 aa  49.7  0.00003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3904  rhomboid family protein  28.31 
 
 		 281 aa  49.3  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00422303  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0800  rhomboid family protein  32.65 
 
 		 181 aa  49.3  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1033  rhomboid-like protein  29.03 
 
 		 198 aa  48.1  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4990  peptidase S54-type, rhomboid-like protein  32.61 
 
 		 220 aa  47.4  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.25145  normal  0.208438 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00275  peptidase  30.46 
 
 		 280 aa  47  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4483  rhomboid family protein  27.89 
 
 		 281 aa  46.6  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141048  hitchhiker  0.00806857 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4343  rhomboid family protein  27.89 
 
 		 281 aa  46.2  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000172668  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0055  rhomboid family protein  27.89 
 
 		 281 aa  46.6  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000850289  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0162  rhomboid family GlpG protein  29.17 
 
 		 289 aa  46.6  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.562352  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0020  Rhomboid family protein  29.71 
 
 		 242 aa  46.2  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.430888  normal  0.257082 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2898  integral membrane protein  29.55 
 
 		 279 aa  46.2  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.345638  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4288  Rhomboid family protein  27.89 
 
 		 281 aa  45.8  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0527453  hitchhiker  0.00000054615 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1088  Rhomboid family protein  29.41 
 
 		 205 aa  45.8  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3995  rhomboid family protein  27.78 
 
 		 280 aa  45.8  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.0215487 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1467  hypothetical protein  28.12 
 
 		 211 aa  45.4  0.0006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1735  GntR family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 340 aa  45.4  0.0006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4107  rhomboid family protein  27.16 
 
 		 280 aa  45.4  0.0006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000304779  normal  0.532773 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3903  rhomboid family protein  27.16 
 
 		 280 aa  45.4  0.0006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000174103  normal  0.392188 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1574  rhomboid family protein  29.3 
 
 		 292 aa  45.1  0.0007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.227659 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  28.66 
 
 		 291 aa  45.1  0.0009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002143  protein GlpG  28.05 
 
 		 280 aa  44.7  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00412305  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3467  membrane serine peptidase  28.09 
 
 		 280 aa  44.3  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.97939 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2190  rhomboid-like protein  26.83 
 
 		 256 aa  44.7  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0158  intramembrane serine protease GlpG  23.86 
 
 		 278 aa  43.5  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3941  rhomboid family protein  25.48 
 
 		 283 aa  43.5  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000502611  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3996  intramembrane serine protease GlpG  23.86 
 
 		 278 aa  43.5  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3756  intramembrane serine protease GlpG  23.86 
 
 		 259 aa  43.5  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  31.25 
 
 		 303 aa  43.1  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4671  glpG protein  27.16 
 
 		 280 aa  42.7  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2417  glpG protein  28.86 
 
 		 277 aa  42  0.007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140187  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2070  rhomboid family protein  25.52 
 
 		 224 aa  42  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0122974  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0098  rhomboid family protein  27.22 
 
 		 278 aa  42  0.007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.351068  hitchhiker  0.00489186 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0207  Rhomboid family protein  27.38 
 
 		 205 aa  41.6  0.009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0269044  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3618  rhomboid-like protein  26.97 
 
 		 280 aa  41.6  0.01  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000228786  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>