67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2060 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2060  rhomboid family protein  100 
 
 		 204 aa  403  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00283359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2165  rhomboid family protein  94.53 
 
 		 201 aa  380  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0257176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1915  rhomboid family protein  92.57 
 
 		 205 aa  379  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2504  hypothetical protein  90.2 
 
 		 204 aa  372  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2114  rhomboid family protein  81.44 
 
 		 198 aa  325  3e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00343017  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2270  Rhomboid family protein  81.44 
 
 		 198 aa  324  5e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00653341  normal  0.491355 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4542  hypothetical protein  85.25 
 
 		 198 aa  324  7e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2160  rhomboid family protein  80.41 
 
 		 198 aa  319  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0175034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2256  rhomboid family protein  84.66 
 
 		 187 aa  308  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.18089  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1853  rhomboid family protein  84.18 
 
 		 188 aa  306  1.0000000000000001e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.124866  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2350  rhomboid family protein  60 
 
 		 200 aa  225  3e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0538538  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2553  rhomboid family protein  57.43 
 
 		 202 aa  223  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0621154  normal  0.0170558 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1875  rhomboid family protein  61.17 
 
 		 209 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2063  rhomboid family protein  60.53 
 
 		 194 aa  206  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2016  rhomboid-like protein  56.28 
 
 		 218 aa  201  4e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2047  rhomboid family protein  65.64 
 
 		 171 aa  198  3.9999999999999996e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.285623  normal  0.248889 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1827  hypothetical protein  60.12 
 
 		 205 aa  181  6e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.545159  normal  0.567455 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02194  membrane protein, Rhomboid family  44.94 
 
 		 194 aa  154  6e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.411202  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2148  rhomboid family membrane protein  40.11 
 
 		 206 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01423  hypothetical protein  47.4 
 
 		 162 aa  128  5.0000000000000004e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004038  membrane protein  41.9 
 
 		 183 aa  126  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.03896  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2522  rhomboid family membrane protein  40.32 
 
 		 195 aa  124  7e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0888  rhomboid family protein  39.29 
 
 		 186 aa  121  9e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.86404 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1567  hypothetical protein  45.52 
 
 		 183 aa  119  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.018833  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1088  integral membrane protein  41.42 
 
 		 186 aa  117  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0230  membrane protein, rhomboid family  39.6 
 
 		 193 aa  78.2  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0169  Rhomboid family protein  38.67 
 
 		 187 aa  76.6  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.406273  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3112  rhomboid family protein  34.59 
 
 		 199 aa  65.5  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2892  putative transmembrane protein  31.03 
 
 		 204 aa  61.6  0.000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2486  hypothetical protein  29.31 
 
 		 204 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1467  hypothetical protein  31.78 
 
 		 211 aa  58.2  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2655  hypothetical protein  31.61 
 
 		 206 aa  58.2  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0020  Rhomboid family protein  32 
 
 		 242 aa  52.4  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.430888  normal  0.257082 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0800  rhomboid family protein  31.33 
 
 		 181 aa  51.2  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0104  rhomboid family protein  29.27 
 
 		 279 aa  49.3  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.465909  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3904  rhomboid family protein  28.87 
 
 		 281 aa  48.5  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00422303  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4990  peptidase S54-type, rhomboid-like protein  32.97 
 
 		 220 aa  46.2  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.25145  normal  0.208438 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3712  rhomboid family protein  28.22 
 
 		 278 aa  45.4  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00085785  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  33.64 
 
 		 579 aa  45.1  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  25.12 
 
 		 267 aa  45.1  0.0007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  30.85 
 
 		 286 aa  44.3  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  26.95 
 
 		 286 aa  44.3  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  52.5 
 
 		 515 aa  43.9  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4343  rhomboid family protein  28.35 
 
 		 281 aa  43.1  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000172668  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  36.08 
 
 		 289 aa  43.1  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4483  rhomboid family protein  28.35 
 
 		 281 aa  42.7  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141048  hitchhiker  0.00806857 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  36.08 
 
 		 289 aa  43.1  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0055  rhomboid family protein  28.35 
 
 		 281 aa  43.1  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000850289  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1085  Rhomboid family protein  44.19 
 
 		 204 aa  43.1  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3467  membrane serine peptidase  28.89 
 
 		 280 aa  43.1  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.97939 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  36.08 
 
 		 289 aa  43.1  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  28.9 
 
 		 282 aa  42.4  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2070  rhomboid family protein  31.51 
 
 		 224 aa  42.4  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0122974  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34050  Rhomboid family membrane protease  32.48 
 
 		 281 aa  42.7  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1033  rhomboid-like protein  30.11 
 
 		 198 aa  42.4  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4288  Rhomboid family protein  28.35 
 
 		 281 aa  42.4  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0527453  hitchhiker  0.00000054615 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4671  glpG protein  28.8 
 
 		 280 aa  42.4  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  29.63 
 
 		 554 aa  42.4  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  32.77 
 
 		 284 aa  42  0.006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3995  rhomboid family protein  29.17 
 
 		 280 aa  42  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.0215487 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2197  rhomboid-like protein  30.94 
 
 		 289 aa  42  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  28.47 
 
 		 342 aa  42  0.007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3903  rhomboid family protein  28.65 
 
 		 280 aa  41.6  0.007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000174103  normal  0.392188 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4107  rhomboid family protein  28.65 
 
 		 280 aa  41.6  0.008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000304779  normal  0.532773 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1574  rhomboid family protein  28.98 
 
 		 292 aa  41.6  0.009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.227659 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  27.78 
 
 		 291 aa  41.6  0.009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  31.71 
 
 		 303 aa  41.2  0.01  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>