37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02194 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02194  membrane protein, Rhomboid family  100 
 
 		 194 aa  389  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.411202  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2522  rhomboid family membrane protein  45.08 
 
 		 195 aa  167  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2553  rhomboid family protein  48.31 
 
 		 202 aa  158  4e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0621154  normal  0.0170558 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1915  rhomboid family protein  46.02 
 
 		 205 aa  157  8e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2165  rhomboid family protein  45.45 
 
 		 201 aa  155  3e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0257176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2060  rhomboid family protein  44.94 
 
 		 204 aa  154  6e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00283359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2160  rhomboid family protein  47.65 
 
 		 198 aa  151  5e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0175034  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2504  hypothetical protein  45.81 
 
 		 204 aa  150  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2114  rhomboid family protein  47.65 
 
 		 198 aa  149  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00343017  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1853  rhomboid family protein  47.65 
 
 		 188 aa  150  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.124866  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2270  Rhomboid family protein  47.06 
 
 		 198 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00653341  normal  0.491355 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2256  rhomboid family protein  47.06 
 
 		 187 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.18089  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4542  hypothetical protein  47.06 
 
 		 198 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2148  rhomboid family membrane protein  47.78 
 
 		 206 aa  146  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2063  rhomboid family protein  51.19 
 
 		 194 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2350  rhomboid family protein  46.25 
 
 		 200 aa  144  6e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0538538  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2047  rhomboid family protein  48.77 
 
 		 171 aa  143  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.285623  normal  0.248889 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1875  rhomboid family protein  46.5 
 
 		 209 aa  132  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0888  rhomboid family protein  43.04 
 
 		 186 aa  130  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.86404 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2016  rhomboid-like protein  45.27 
 
 		 218 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1088  integral membrane protein  39.34 
 
 		 186 aa  118  6e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1827  hypothetical protein  47.5 
 
 		 205 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.545159  normal  0.567455 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004038  membrane protein  41.04 
 
 		 183 aa  103  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.03896  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01423  hypothetical protein  39.87 
 
 		 162 aa  97.1  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0230  membrane protein, rhomboid family  40.74 
 
 		 193 aa  92.8  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0169  Rhomboid family protein  41.29 
 
 		 187 aa  79.3  0.00000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.406273  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1567  hypothetical protein  36.84 
 
 		 183 aa  76.6  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.018833  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2892  putative transmembrane protein  31.4 
 
 		 204 aa  61.6  0.000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2486  hypothetical protein  29.74 
 
 		 204 aa  57  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2655  hypothetical protein  33.12 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4990  peptidase S54-type, rhomboid-like protein  39.78 
 
 		 220 aa  50.1  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.25145  normal  0.208438 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1033  rhomboid-like protein  27.16 
 
 		 198 aa  49.7  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0995  hypothetical protein  34.92 
 
 		 204 aa  47.8  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0244119  normal  0.470108 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3112  rhomboid family protein  30.18 
 
 		 199 aa  47  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0207  Rhomboid family protein  25.52 
 
 		 205 aa  44.3  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0269044  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1467  hypothetical protein  28.57 
 
 		 211 aa  42.7  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0800  rhomboid family protein  30 
 
 		 181 aa  42  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>