44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2522 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2522  rhomboid family membrane protein  100 
 
 		 195 aa  395  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02194  membrane protein, Rhomboid family  45.08 
 
 		 194 aa  182  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.411202  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2148  rhomboid family membrane protein  46.35 
 
 		 206 aa  155  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1915  rhomboid family protein  39.27 
 
 		 205 aa  138  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2504  hypothetical protein  41.81 
 
 		 204 aa  136  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2165  rhomboid family protein  38.74 
 
 		 201 aa  136  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0257176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2060  rhomboid family protein  40.32 
 
 		 204 aa  136  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00283359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1853  rhomboid family protein  40.72 
 
 		 188 aa  131  6e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.124866  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2270  Rhomboid family protein  39.69 
 
 		 198 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00653341  normal  0.491355 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1875  rhomboid family protein  40 
 
 		 209 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2256  rhomboid family protein  38.98 
 
 		 187 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.18089  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4542  hypothetical protein  39.69 
 
 		 198 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2350  rhomboid family protein  40 
 
 		 200 aa  128  6e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0538538  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2553  rhomboid family protein  43.04 
 
 		 202 aa  127  7.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0621154  normal  0.0170558 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2160  rhomboid family protein  40.53 
 
 		 198 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0175034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2114  rhomboid family protein  40.53 
 
 		 198 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00343017  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1088  integral membrane protein  42.59 
 
 		 186 aa  126  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2063  rhomboid family protein  40.91 
 
 		 194 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2047  rhomboid family protein  43.23 
 
 		 171 aa  124  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.285623  normal  0.248889 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2016  rhomboid-like protein  40.74 
 
 		 218 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0888  rhomboid family protein  38.06 
 
 		 186 aa  114  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.86404 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004038  membrane protein  43.11 
 
 		 183 aa  105  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.03896  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1567  hypothetical protein  47.76 
 
 		 183 aa  99  4e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.018833  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1827  hypothetical protein  40.96 
 
 		 205 aa  98.6  5e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.545159  normal  0.567455 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01423  hypothetical protein  41.94 
 
 		 162 aa  95.5  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0169  Rhomboid family protein  34.64 
 
 		 187 aa  90.1  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.406273  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0230  membrane protein, rhomboid family  34.59 
 
 		 193 aa  88.6  6e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2486  hypothetical protein  34.39 
 
 		 204 aa  59.7  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3112  rhomboid family protein  28.65 
 
 		 199 aa  57.8  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2892  putative transmembrane protein  33.76 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2655  hypothetical protein  30.18 
 
 		 206 aa  52.4  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1085  Rhomboid family protein  27.38 
 
 		 204 aa  50.4  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1033  rhomboid-like protein  26.26 
 
 		 198 aa  49.3  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  33.33 
 
 		 365 aa  47.4  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 298 aa  47.4  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0995  hypothetical protein  29.91 
 
 		 204 aa  47  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0244119  normal  0.470108 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  26.83 
 
 		 554 aa  46.6  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1093  Rhomboid family protein  26.85 
 
 		 198 aa  46.2  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4990  peptidase S54-type, rhomboid-like protein  29.07 
 
 		 220 aa  44.7  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.25145  normal  0.208438 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0800  rhomboid family protein  30.36 
 
 		 181 aa  43.5  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2486  Rhomboid family protein  32.95 
 
 		 240 aa  43.5  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.19288  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  30.59 
 
 		 303 aa  42.7  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  30.28 
 
 		 342 aa  42  0.006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1467  hypothetical protein  29 
 
 		 211 aa  41.6  0.007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>