57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_0888 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_0888  rhomboid family protein  100 
 
 		 186 aa  368  1e-101  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.86404 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02194  membrane protein, Rhomboid family  43.2 
 
 		 194 aa  137  7.999999999999999e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.411202  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1915  rhomboid family protein  39.11 
 
 		 205 aa  124  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2165  rhomboid family protein  38.55 
 
 		 201 aa  122  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0257176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2060  rhomboid family protein  38.89 
 
 		 204 aa  123  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00283359  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2504  hypothetical protein  40.24 
 
 		 204 aa  122  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1853  rhomboid family protein  43.31 
 
 		 188 aa  121  7e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.124866  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2160  rhomboid family protein  42.68 
 
 		 198 aa  121  7e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0175034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2016  rhomboid-like protein  43.14 
 
 		 218 aa  118  4.9999999999999996e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4542  hypothetical protein  42.04 
 
 		 198 aa  117  7e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2256  rhomboid family protein  42.04 
 
 		 187 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.18089  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2114  rhomboid family protein  42.04 
 
 		 198 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00343017  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2270  Rhomboid family protein  42.04 
 
 		 198 aa  117  9e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00653341  normal  0.491355 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1088  integral membrane protein  45.32 
 
 		 186 aa  116  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2148  rhomboid family membrane protein  40.83 
 
 		 206 aa  117  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2553  rhomboid family protein  41.06 
 
 		 202 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0621154  normal  0.0170558 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2047  rhomboid family protein  43.59 
 
 		 171 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.285623  normal  0.248889 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1875  rhomboid family protein  41.83 
 
 		 209 aa  107  7.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2350  rhomboid family protein  42.51 
 
 		 200 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0538538  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2522  rhomboid family membrane protein  36.53 
 
 		 195 aa  107  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004038  membrane protein  37.78 
 
 		 183 aa  105  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.03896  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2063  rhomboid family protein  38.64 
 
 		 194 aa  103  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01423  hypothetical protein  37.75 
 
 		 162 aa  97.8  8e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0230  membrane protein, rhomboid family  35.37 
 
 		 193 aa  93.6  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0169  Rhomboid family protein  38 
 
 		 187 aa  90.5  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.406273  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1827  hypothetical protein  38.41 
 
 		 205 aa  87.8  8e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.545159  normal  0.567455 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1567  hypothetical protein  35.17 
 
 		 183 aa  85.5  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.018833  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2892  putative transmembrane protein  25.48 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2655  hypothetical protein  24.68 
 
 		 206 aa  54.3  0.0000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2486  hypothetical protein  24.84 
 
 		 204 aa  53.9  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4990  peptidase S54-type, rhomboid-like protein  34.83 
 
 		 220 aa  53.9  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.25145  normal  0.208438 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00614  hypothetical protein  30.77 
 
 		 625 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2989  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.77 
 
 		 625 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00624  conserved hypothetical protein  30.77 
 
 		 625 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3112  rhomboid family protein  29.69 
 
 		 199 aa  51.6  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1033  rhomboid-like protein  25.14 
 
 		 198 aa  51.6  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0685  S54 family peptidase  27.47 
 
 		 625 aa  48.5  0.00005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.085166  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  29.8 
 
 		 342 aa  47.8  0.00008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  27.46 
 
 		 327 aa  47.8  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1145  rhomboid-like protein  31.25 
 
 		 209 aa  47.8  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.062247  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1467  hypothetical protein  27.62 
 
 		 211 aa  47.4  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  29.59 
 
 		 486 aa  47  0.0002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0800  rhomboid family protein  25.89 
 
 		 181 aa  46.6  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  29.8 
 
 		 342 aa  45.4  0.0005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0591  peptidase, S54 (rhomboid) family  25.27 
 
 		 625 aa  43.1  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2190  rhomboid-like protein  25.95 
 
 		 256 aa  43.1  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  31.82 
 
 		 291 aa  42  0.005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  26.67 
 
 		 224 aa  42  0.005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0020  Rhomboid family protein  28.47 
 
 		 242 aa  41.6  0.006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.430888  normal  0.257082 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0207  Rhomboid family protein  24.02 
 
 		 205 aa  41.6  0.007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0269044  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  32.91 
 
 		 554 aa  41.2  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0241  hypothetical protein  25.56 
 
 		 190 aa  41.2  0.009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13471  hypothetical protein  25.68 
 
 		 200 aa  41.2  0.009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  28.41 
 
 		 287 aa  41.2  0.009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1085  Rhomboid family protein  26.52 
 
 		 204 aa  41.2  0.01  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0235  rhomboid family protein  32.95 
 
 		 186 aa  41.2  0.01  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2898  integral membrane protein  28.93 
 
 		 279 aa  41.2  0.01  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.345638  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>