More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2723 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_2723  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  627  1e-179  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0106  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 294 aa  265  5.999999999999999e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 295 aa  259  3e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0304  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 294 aa  245  9e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4496  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 309 aa  241  7.999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.592927  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2866  transcriptional regulator, LysR family  44.41 
 
 		 298 aa  239  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.490862  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3138  transcriptional regulator, LysR family  43.71 
 
 		 298 aa  236  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3324  transcriptional regulator LysR family  40.97 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1466  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0095  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 316 aa  196  5.000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.937519 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.19 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.46 
 
 		 300 aa  185  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 317 aa  183  3e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.88 
 
 		 306 aa  182  6e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 285 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  39.16 
 
 		 287 aa  174  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.9 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 		 307 aa  172  6.999999999999999e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.16 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.9 
 
 		 322 aa  169  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.24 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 288 aa  167  1e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 318 aa  167  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.1 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 		 310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.41 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1528  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 288 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.41 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.41 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.22 
 
 		 308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.78 
 
 		 305 aa  165  8e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.76 
 
 		 308 aa  165  9e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.1 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.1 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.1 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.1 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.1 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.1 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  35.1 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.1 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.78 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.78 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.78 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.78 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.78 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 		 348 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.81 
 
 		 297 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.9 
 
 		 313 aa  162  8.000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 308 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 		 328 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 309 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 		 329 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 		 329 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 		 329 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.93 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 305 aa  160  4e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3722  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 291 aa  159  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.78702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 303 aa  159  7e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 303 aa  159  7e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 303 aa  159  7e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 303 aa  159  7e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 295 aa  159  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 303 aa  159  8e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 303 aa  158  9e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 312 aa  158  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 323 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  35.43 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.03 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 328 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 290 aa  158  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.37 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  36.43 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 291 aa  157  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 311 aa  156  5.0000000000000005e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3637  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 299 aa  155  6e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.360851 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 320 aa  155  9e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.27 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1453  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 292 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>