More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1422 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_1422  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
317 aa  660    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.99 
 
 
302 aa  163  4.0000000000000004e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.41 
 
 
305 aa  159  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.41 
 
 
305 aa  159  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.41 
 
 
305 aa  159  4e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
305 aa  158  9e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.77 
 
 
305 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.77 
 
 
305 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.77 
 
 
305 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.77 
 
 
305 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 
303 aa  157  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.77 
 
 
305 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.6 
 
 
306 aa  156  5.0000000000000005e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.05 
 
 
305 aa  153  4e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.05 
 
 
305 aa  153  4e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.05 
 
 
305 aa  153  4e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.05 
 
 
305 aa  153  4e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.05 
 
 
305 aa  153  4e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.05 
 
 
305 aa  153  4e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.05 
 
 
305 aa  153  4e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.05 
 
 
305 aa  153  4e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.05 
 
 
305 aa  153  4e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 
306 aa  152  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.82 
 
 
304 aa  150  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 
311 aa  150  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.69 
 
 
308 aa  149  4e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2377  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
296 aa  149  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.69 
 
 
308 aa  149  6e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 
306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 
300 aa  147  3e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 
300 aa  143  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.03 
 
 
334 aa  142  7e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.97 
 
 
307 aa  142  8e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.62 
 
 
307 aa  142  9e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.02 
 
 
310 aa  141  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.16 
 
 
303 aa  140  3e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  32.34 
 
 
308 aa  139  6e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.32 
 
 
322 aa  139  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4987  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 
295 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.94 
 
 
348 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.57 
 
 
303 aa  138  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.69 
 
 
303 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.57 
 
 
303 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
303 aa  138  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.57 
 
 
303 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.57 
 
 
303 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.57 
 
 
303 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.57 
 
 
303 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.57 
 
 
303 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.07 
 
 
301 aa  137  2e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3208  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 
303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 
317 aa  137  3.0000000000000003e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1453  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 
303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4588  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.042937  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4952  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 
303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.1 
 
 
303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
295 aa  137  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.75 
 
 
307 aa  136  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
291 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 
312 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2386  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 
296 aa  135  8e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.455697  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4988  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 
399 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225998  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 
295 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  28.94 
 
 
327 aa  135  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 
297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 
302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 
308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.56 
 
 
329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.56 
 
 
329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.56 
 
 
329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  31.03 
 
 
312 aa  134  3e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.86 
 
 
303 aa  134  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.27 
 
 
303 aa  133  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.62 
 
 
303 aa  134  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.8 
 
 
322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  31.99 
 
 
302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 
299 aa  132  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.77 
 
 
323 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.77 
 
 
328 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4415  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 
299 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0267331 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.69 
 
 
305 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.79 
 
 
293 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.79 
 
 
293 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.79 
 
 
293 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  30.79 
 
 
302 aa  132  9e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.03 
 
 
303 aa  132  9e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 
302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4934  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 
299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.449295  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 
298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.18 
 
 
294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.46 
 
 
294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 
317 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.25 
 
 
293 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.32 
 
 
320 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.71 
 
 
294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 
298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.71 
 
 
294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>