More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1014 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_1014  NADH dehydrogenase subunit I  100 
 
 
180 aa  375  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1461  NADH dehydrogenase subunit I  82.78 
 
 
180 aa  318  3e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1567  NADH dehydrogenase subunit I  82.78 
 
 
180 aa  318  3e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.997394  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1809  NADH dehydrogenase subunit I  82.78 
 
 
180 aa  318  3e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.693845 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2419  NADH dehydrogenase subunit I  84.27 
 
 
182 aa  317  9e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.193406 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1866  NADH dehydrogenase subunit I  84 
 
 
182 aa  316  1e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4126  NADH dehydrogenase subunit I  84 
 
 
182 aa  316  1e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1739  NADH dehydrogenase subunit I  84 
 
 
182 aa  316  1e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235938  normal  0.220023 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3698  NADH dehydrogenase subunit I  84 
 
 
182 aa  316  1e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.380267  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02206  NADH dehydrogenase subunit I  82.78 
 
 
180 aa  313  9e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1376  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  82.78 
 
 
180 aa  313  9e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00237006  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2574  NADH dehydrogenase subunit I  82.78 
 
 
180 aa  313  9e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1371  NADH dehydrogenase subunit I  82.78 
 
 
180 aa  313  9e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal  0.392913 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2657  NADH dehydrogenase subunit I  82.78 
 
 
180 aa  313  9e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2430  NADH dehydrogenase subunit I  82.78 
 
 
180 aa  313  9e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3420  NADH dehydrogenase subunit I  82.78 
 
 
180 aa  313  9e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02166  hypothetical protein  82.78 
 
 
180 aa  313  9e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2435  NADH dehydrogenase subunit I  82.78 
 
 
180 aa  313  9e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2825  NADH dehydrogenase subunit I  82.22 
 
 
180 aa  313  9.999999999999999e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339444  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2549  NADH dehydrogenase subunit I  82.22 
 
 
180 aa  311  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28510  NADH dehydrogenase subunit I  82.02 
 
 
182 aa  312  1.9999999999999998e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.559317  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2505  NADH dehydrogenase subunit I  82.22 
 
 
180 aa  311  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2560  NADH dehydrogenase subunit I  82.22 
 
 
180 aa  311  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0213368  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3301  NADH dehydrogenase subunit I  81.67 
 
 
180 aa  311  1.9999999999999998e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.9572 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2460  NADH dehydrogenase subunit I  82.22 
 
 
180 aa  311  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3204  NADH dehydrogenase subunit I  82.29 
 
 
182 aa  311  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0843328  normal  0.169624 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2562  NADH dehydrogenase subunit I  80.45 
 
 
182 aa  311  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29920  NADH dehydrogenase subunit I  80.45 
 
 
182 aa  311  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.546828  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3610  NADH dehydrogenase subunit I  82.29 
 
 
182 aa  311  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.487333  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2667  NADH dehydrogenase subunit I  81.67 
 
 
180 aa  310  9e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3372  NADH dehydrogenase I, I subunit  81.71 
 
 
182 aa  309  1e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.675448  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1499  NADH dehydrogenase subunit I  80.56 
 
 
180 aa  306  6.999999999999999e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1401  NADH dehydrogenase subunit I  80 
 
 
180 aa  306  1.0000000000000001e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.590324  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2765  NADH dehydrogenase subunit I  80.56 
 
 
180 aa  306  1.0000000000000001e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2543  NADH dehydrogenase subunit I  80 
 
 
180 aa  305  3e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.879169  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3125  NADH dehydrogenase subunit I  78.65 
 
 
179 aa  301  5.000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1692  NADH dehydrogenase subunit I  78.16 
 
 
182 aa  293  7e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0580  NADH dehydrogenase subunit I  76.97 
 
 
182 aa  285  2.9999999999999996e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0627884  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0591  NADH dehydrogenase subunit I  76.4 
 
 
182 aa  282  1.0000000000000001e-75  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0623179  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1120  NADH dehydrogenase subunit I  73.26 
 
 
180 aa  276  1e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.311189  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0374  NADH dehydrogenase subunit I  71.11 
 
 
180 aa  271  4.0000000000000004e-72  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1113  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  72.78 
 
 
170 aa  254  4e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.182151  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3818  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  69.82 
 
 
171 aa  253  8e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.121238  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1352  NADH dehydrogenase subunit I  71.6 
 
 
171 aa  252  2.0000000000000002e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2867  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  68.05 
 
 
171 aa  252  3e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.708253  normal  0.0292468 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0711  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  71.26 
 
 
170 aa  248  4e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0425782  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1020  NADH dehydrogenase subunit I  68.05 
 
 
171 aa  241  3e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.755319  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1333  NADH dehydrogenase subunit I  64.57 
 
 
171 aa  228  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1354  NADH dehydrogenase subunit I  64.57 
 
 
171 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.253044  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4064  NADH dehydrogenase subunit I  68.87 
 
 
171 aa  220  8e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0149353  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4736  NADH dehydrogenase subunit I  67.11 
 
 
173 aa  217  7.999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1696  NADH dehydrogenase subunit I  62.28 
 
 
164 aa  206  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00251501  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0107  NADH dehydrogenase subunit I  62.28 
 
 
164 aa  206  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.807538  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1743  NADH dehydrogenase subunit I  61.68 
 
 
164 aa  204  5e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00386762  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0323  NADH dehydrogenase subunit I  55.37 
 
 
176 aa  199  9.999999999999999e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3434  NADH dehydrogenase subunit I  55 
 
 
176 aa  196  2.0000000000000003e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.460482  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0163  NADH dehydrogenase subunit I  53.89 
 
 
184 aa  196  2.0000000000000003e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0172  NADH dehydrogenase subunit I  53.14 
 
 
176 aa  193  1e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0154  NADH dehydrogenase subunit I  53.14 
 
 
176 aa  192  1e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.947551 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0211  NADH dehydrogenase subunit I  58.94 
 
 
176 aa  187  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1940  NADH dehydrogenase subunit I  52.02 
 
 
178 aa  181  6e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.509162 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0917  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  43.03 
 
 
179 aa  131  5e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.5865  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1869  NADH-quinone oxidoreductase chain I  43.79 
 
 
177 aa  127  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1275  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  44.37 
 
 
199 aa  125  3e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7011  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  42.75 
 
 
169 aa  125  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4455  NADH dehydrogenase subunit I  39.13 
 
 
211 aa  118  3.9999999999999996e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.829117  normal  0.833546 
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_18502  predicted protein  41.41 
 
 
167 aa  118  3.9999999999999996e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0613487 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4057  NADH dehydrogenase subunit I  41.22 
 
 
211 aa  118  4.9999999999999996e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.819652  normal  0.545712 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0394  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  43.7 
 
 
175 aa  116  9.999999999999999e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_14260  predicted protein  46.09 
 
 
163 aa  117  9.999999999999999e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1282  NADH-quinone oxidoreductase chain I  42.31 
 
 
185 aa  116  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.425102 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3336  NADH dehydrogenase subunit I  38.13 
 
 
162 aa  115  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.463064  normal  0.437664 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0592  Formate hydrogenlyase subunit 6/NADH:ubiquinone oxidoreductase 23 kD subunit (chain I)-like protein  43.07 
 
 
171 aa  114  6e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0980  NADH dehydrogenase subunit I  41.41 
 
 
169 aa  114  7.999999999999999e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0929  NADH dehydrogenase subunit I  41.41 
 
 
163 aa  114  8.999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1563  NADH dehydrogenase subunit I  39.69 
 
 
162 aa  114  8.999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.339949  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1301  NADH dehydrogenase subunit I  39.06 
 
 
162 aa  114  8.999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00320411  normal  0.488956 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0547  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  41.1 
 
 
226 aa  113  1.0000000000000001e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.481769 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1997  NADH dehydrogenase subunit I  39.57 
 
 
167 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0446418  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2292  NADH dehydrogenase subunit I  39.06 
 
 
161 aa  112  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0691  NADH dehydrogenase subunit I  37.41 
 
 
169 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.438917  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1187  NADH dehydrogenase subunit I  39.06 
 
 
164 aa  112  4.0000000000000004e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.438944  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0546  NADH dehydrogenase subunit I  40.44 
 
 
217 aa  111  5e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.175795  normal  0.434998 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2238  NADH dehydrogenase subunit I  39.71 
 
 
163 aa  111  5e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.180184 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0361  NADH dehydrogenase subunit I  35.97 
 
 
167 aa  111  6e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.326031  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2523  NADH dehydrogenase subunit I  38.13 
 
 
167 aa  111  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.208294  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1185  NADH dehydrogenase subunit I  38.13 
 
 
167 aa  111  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0684834  normal  0.389473 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2993  NADH dehydrogenase subunit I  39.06 
 
 
161 aa  111  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6086  NADH dehydrogenase subunit I  40.44 
 
 
211 aa  111  6e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00224994  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4550  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  41.54 
 
 
211 aa  110  7.000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1322  NADH dehydrogenase subunit I  40.8 
 
 
164 aa  110  8.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.323962  normal  0.0547108 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0754  NADH dehydrogenase subunit I  38.58 
 
 
164 aa  110  8.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.180315  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5106  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  42.34 
 
 
188 aa  110  8.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0275  NADH dehydrogenase subunit I  40.71 
 
 
199 aa  110  8.000000000000001e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7683  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  41.22 
 
 
203 aa  110  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07460  NADH dehydrogenase subunit I  42.54 
 
 
252 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0206751 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1157  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  43.48 
 
 
177 aa  110  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4080  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  37.89 
 
 
197 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0562629 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4398  NADH dehydrogenase subunit I  38.89 
 
 
162 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1374  NADH dehydrogenase I chain I  41.09 
 
 
175 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00228535  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>