More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4064 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4064  NADH dehydrogenase subunit I  100 
 
 
171 aa  349  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0149353  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1333  NADH dehydrogenase subunit I  85.96 
 
 
171 aa  307  4e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1354  NADH dehydrogenase subunit I  87.13 
 
 
171 aa  305  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.253044  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4736  NADH dehydrogenase subunit I  84.71 
 
 
173 aa  300  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1696  NADH dehydrogenase subunit I  70.18 
 
 
164 aa  238  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00251501  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0107  NADH dehydrogenase subunit I  70.18 
 
 
164 aa  235  2e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.807538  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28510  NADH dehydrogenase subunit I  67.66 
 
 
182 aa  235  3e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.559317  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1743  NADH dehydrogenase subunit I  69.59 
 
 
164 aa  234  6e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00386762  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2543  NADH dehydrogenase subunit I  64.94 
 
 
180 aa  234  6e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.879169  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0711  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  64.33 
 
 
170 aa  232  2.0000000000000002e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0425782  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2560  NADH dehydrogenase subunit I  66.47 
 
 
180 aa  231  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0213368  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1461  NADH dehydrogenase subunit I  65.87 
 
 
180 aa  231  4.0000000000000004e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2460  NADH dehydrogenase subunit I  66.47 
 
 
180 aa  231  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1809  NADH dehydrogenase subunit I  65.87 
 
 
180 aa  231  4.0000000000000004e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.693845 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1567  NADH dehydrogenase subunit I  65.87 
 
 
180 aa  231  4.0000000000000004e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.997394  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2549  NADH dehydrogenase subunit I  66.47 
 
 
180 aa  231  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2505  NADH dehydrogenase subunit I  66.47 
 
 
180 aa  231  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02206  NADH dehydrogenase subunit I  65.87 
 
 
180 aa  231  5e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1376  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  65.87 
 
 
180 aa  231  5e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00237006  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2574  NADH dehydrogenase subunit I  65.87 
 
 
180 aa  231  5e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2657  NADH dehydrogenase subunit I  65.87 
 
 
180 aa  231  5e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1499  NADH dehydrogenase subunit I  64.67 
 
 
180 aa  231  5e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3420  NADH dehydrogenase subunit I  65.87 
 
 
180 aa  231  5e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02166  hypothetical protein  65.87 
 
 
180 aa  231  5e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1401  NADH dehydrogenase subunit I  63.79 
 
 
180 aa  231  5e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.590324  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2765  NADH dehydrogenase subunit I  64.67 
 
 
180 aa  231  5e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1371  NADH dehydrogenase subunit I  65.87 
 
 
180 aa  231  5e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal  0.392913 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2435  NADH dehydrogenase subunit I  65.87 
 
 
180 aa  231  5e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2430  NADH dehydrogenase subunit I  65.87 
 
 
180 aa  231  5e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2825  NADH dehydrogenase subunit I  65.27 
 
 
180 aa  230  7.000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339444  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3301  NADH dehydrogenase subunit I  65.87 
 
 
180 aa  229  1e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.9572 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2562  NADH dehydrogenase subunit I  66.47 
 
 
182 aa  229  1e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29920  NADH dehydrogenase subunit I  66.47 
 
 
182 aa  229  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.546828  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4126  NADH dehydrogenase subunit I  66.47 
 
 
182 aa  229  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1739  NADH dehydrogenase subunit I  66.47 
 
 
182 aa  229  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235938  normal  0.220023 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3698  NADH dehydrogenase subunit I  66.47 
 
 
182 aa  229  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.380267  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1866  NADH dehydrogenase subunit I  66.47 
 
 
182 aa  229  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2667  NADH dehydrogenase subunit I  65.87 
 
 
180 aa  229  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1352  NADH dehydrogenase subunit I  65.5 
 
 
171 aa  228  3e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3204  NADH dehydrogenase subunit I  65.27 
 
 
182 aa  228  4e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0843328  normal  0.169624 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3610  NADH dehydrogenase subunit I  65.27 
 
 
182 aa  227  5e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.487333  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2419  NADH dehydrogenase subunit I  65.87 
 
 
182 aa  227  8e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.193406 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3125  NADH dehydrogenase subunit I  68.83 
 
 
179 aa  226  1e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3372  NADH dehydrogenase I, I subunit  64.67 
 
 
182 aa  226  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.675448  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1120  NADH dehydrogenase subunit I  64.07 
 
 
180 aa  226  2e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.311189  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1014  NADH dehydrogenase subunit I  68.87 
 
 
180 aa  220  7e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1692  NADH dehydrogenase subunit I  69.54 
 
 
182 aa  218  3.9999999999999997e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1113  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  61.4 
 
 
170 aa  216  1e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.182151  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2867  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  56.73 
 
 
171 aa  215  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.708253  normal  0.0292468 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1020  NADH dehydrogenase subunit I  60.82 
 
 
171 aa  212  1.9999999999999998e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.755319  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3818  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  60.82 
 
 
171 aa  209  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.121238  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0591  NADH dehydrogenase subunit I  67.55 
 
 
182 aa  206  2e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0623179  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0580  NADH dehydrogenase subunit I  66.89 
 
 
182 aa  204  7e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0627884  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0374  NADH dehydrogenase subunit I  58.08 
 
 
180 aa  201  4e-51  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3434  NADH dehydrogenase subunit I  54.55 
 
 
176 aa  172  9.999999999999999e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.460482  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1940  NADH dehydrogenase subunit I  55.06 
 
 
178 aa  168  3e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.509162 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0163  NADH dehydrogenase subunit I  52.73 
 
 
184 aa  167  5e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0323  NADH dehydrogenase subunit I  53.46 
 
 
176 aa  165  2.9999999999999998e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0172  NADH dehydrogenase subunit I  51.95 
 
 
176 aa  157  9e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0154  NADH dehydrogenase subunit I  51.95 
 
 
176 aa  156  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.947551 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0211  NADH dehydrogenase subunit I  50.94 
 
 
176 aa  155  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0917  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  44.76 
 
 
179 aa  118  4.9999999999999996e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.5865  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1869  NADH-quinone oxidoreductase chain I  41.96 
 
 
177 aa  117  9.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1275  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  42.66 
 
 
199 aa  115  3e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7011  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  40.6 
 
 
169 aa  109  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1187  NADH dehydrogenase subunit I  42.86 
 
 
164 aa  108  4.0000000000000004e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.438944  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2235  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  45.21 
 
 
165 aa  108  5e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.272952  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0969  NADH dehydrogenase subunit I  43.9 
 
 
163 aa  107  7.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0765514  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3387  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  44.52 
 
 
165 aa  106  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.533197  normal 
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_18502  predicted protein  43.97 
 
 
167 aa  107  1e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0613487 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1150  NADH dehydrogenase subunit I  39.85 
 
 
162 aa  105  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4410  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  44.8 
 
 
194 aa  105  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0935  NADH dehydrogenase subunit I  43.09 
 
 
163 aa  106  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.13658  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0754  NADH dehydrogenase subunit I  42.06 
 
 
164 aa  105  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.180315  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1282  NADH-quinone oxidoreductase chain I  40 
 
 
185 aa  105  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.425102 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1099  NADH dehydrogenase subunit I  37.59 
 
 
162 aa  105  3e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3248  NADH dehydrogenase subunit I  38.35 
 
 
165 aa  105  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.779883  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2238  NADH dehydrogenase subunit I  42.15 
 
 
163 aa  105  4e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.180184 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1509  NADH dehydrogenase subunit I  42.28 
 
 
165 aa  104  5e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00304735 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3216  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  40.97 
 
 
168 aa  104  6e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1411  NADH dehydrogenase subunit I  38.35 
 
 
165 aa  104  6e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0328529 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2993  NADH dehydrogenase subunit I  44.25 
 
 
161 aa  104  8e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2687  NADH dehydrogenase subunit I  41.3 
 
 
183 aa  103  9e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0721276  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6674  NADH dehydrogenase subunit I  41.61 
 
 
188 aa  103  9e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0289  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  42.86 
 
 
171 aa  103  9e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.998746  normal 
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_14260  predicted protein  43.86 
 
 
163 aa  103  9e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4550  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  45.76 
 
 
211 aa  103  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0825  NADH dehydrogenase subunit I  38.35 
 
 
163 aa  103  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2292  NADH dehydrogenase subunit I  43.86 
 
 
161 aa  103  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6086  NADH dehydrogenase subunit I  44.63 
 
 
211 aa  103  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00224994  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2053  NADH dehydrogenase subunit I  37.59 
 
 
163 aa  103  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.330204  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0275  NADH dehydrogenase subunit I  37.11 
 
 
199 aa  103  1e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0980  NADH dehydrogenase subunit I  44.74 
 
 
169 aa  102  2e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2523  NADH dehydrogenase subunit I  44.64 
 
 
167 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.208294  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0965  NADH dehydrogenase subunit I  42.28 
 
 
170 aa  102  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.837483  normal  0.0693949 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1322  NADH dehydrogenase subunit I  41.41 
 
 
164 aa  102  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.323962  normal  0.0547108 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1185  NADH dehydrogenase subunit I  44.64 
 
 
167 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0684834  normal  0.389473 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3502  NADH dehydrogenase subunit I  38.35 
 
 
181 aa  102  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0592  Formate hydrogenlyase subunit 6/NADH:ubiquinone oxidoreductase 23 kD subunit (chain I)-like protein  41.3 
 
 
171 aa  102  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0547  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  44.44 
 
 
226 aa  103  2e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.481769 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>