More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A0298 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0530  type VI secretion ATPase, ClpV1 family  52.73 
 
 		 909 aa  926    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0732  type VI secretion ATPase  43.54 
 
 		 882 aa  669    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.759249  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3147  ClpA/B type protease  48.17 
 
 		 889 aa  719    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0433  clpB protein, putative  47.4 
 
 		 875 aa  658    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2924  type VI secretion ATPase  47.37 
 
 		 889 aa  719    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0459  putative ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  54.23 
 
 		 884 aa  869    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3095  chaperone-associated ATPase, putative  47.81 
 
 		 878 aa  742    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.829668 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4084  type VI secretion ATPase  53.89 
 
 		 916 aa  896    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000202411 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1789  ATPase  44.27 
 
 		 884 aa  689    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01959  putative CLPA/B-type chaperone protein  45.82 
 
 		 905 aa  707    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3069  ATPase  48.92 
 
 		 882 aa  753    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2366  type VI secretion ATPase, ClpV1 family  50.06 
 
 		 904 aa  788    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.266382 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5425  clpB protein, putative  42.48 
 
 		 882 aa  642    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2954  putative ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  54.34 
 
 		 888 aa  875    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.400792  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2830  ClpA/B type protease  47.96 
 
 		 897 aa  713    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0409  putative ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  54.11 
 
 		 884 aa  869    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.834401  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00259  ClpB  51.38 
 
 		 901 aa  823    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.388989  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3629  ClpA/B type protease  48.17 
 
 		 889 aa  719    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2331  ATPase  53.54 
 
 		 900 aa  885    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0518917  normal  0.0250901 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4958  AAA ATPase, central region:Clp, N terminal:Clp, N terminal  47.19 
 
 		 867 aa  736    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3864  type VI secretion ATPase  53.99 
 
 		 928 aa  886    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00372415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2171  AAA ATPase, central region:Clp, N terminal  47.39 
 
 		 899 aa  740    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.203695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2890  type VI secretion ATPase  47.92 
 
 		 849 aa  654    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0408  type VI secretion ATPase  48.1 
 
 		 889 aa  700    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1727  AAA ATPase, central region:Clp, N terminal  46.44 
 
 		 898 aa  690    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.141687  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2449  type VI secretion ATPase, ClpV1 family  56.09 
 
 		 869 aa  905    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.258414  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5260  AAA ATPase, central region:Clp, N terminal:phosphopantetheine attachment site  44.84 
 
 		 913 aa  684    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2829  putative ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  54.45 
 
 		 888 aa  879    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1789  putative ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  54.11 
 
 		 884 aa  867    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0160275  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3906  type VI secretion ATPase  61.84 
 
 		 893 aa  1030    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.356382 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50860  AAA ATPase  48.55 
 
 		 842 aa  662    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3638  protease associated ATPase ClpB  48.17 
 
 		 889 aa  721    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1194  SciG protein  54.34 
 
 		 888 aa  878    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.445857  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1625  SciG protein  63.01 
 
 		 918 aa  1071    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.398172  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0310  type VI secretion ATPase, ClpV1 family  99.43 
 
 		 879 aa  1777    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0942  type VI secretion ATPase, ClpV1 family  62.98 
 
 		 906 aa  1068    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3013  ATPase  55.11 
 
 		 887 aa  888    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3412  ClpA/B-type protease  46.93 
 
 		 846 aa  654    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.219119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0303  type VI secretion ATPase, ClpV1 family  99.2 
 
 		 887 aa  1769    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.649065  normal  0.656234 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5584  ClpB protein, putative  41.52 
 
 		 885 aa  642    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3474  hypothetical protein  48.98 
 
 		 889 aa  749    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2820  heat shock protein ClpB-like  45.7 
 
 		 899 aa  686    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3565  chaperonin clpA/B/, ATPase  48.03 
 
 		 889 aa  719    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0979  AAA ATPase, Clp  60.94 
 
 		 893 aa  1039    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1582  AAA ATPase, Clp  54.26 
 
 		 887 aa  875    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.385377 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05872  ClpA/B type protease  43.43 
 
 		 894 aa  661    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3315  AAA ATPase  46.78 
 
 		 878 aa  648    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3129  ClpA/ClpB family protein  44.24 
 
 		 881 aa  672    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0170  AAA family ATPase  43.44 
 
 		 882 aa  666    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000964396 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0140  ClpA/B type protease  63.09 
 
 		 918 aa  1073    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0264  ClpA/B type protease  54.45 
 
 		 885 aa  865    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02051  type VI secretion ATPase, ClpV1 family  45.64 
 
 		 910 aa  699    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0200  type VI secretion ATPase, ClpV1 family  51.88 
 
 		 908 aa  823    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2958  ClpA/B type protease  47.68 
 
 		 887 aa  712    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1362  Clp protease-associated protein ClpB  60.12 
 
 		 885 aa  991    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3008  type VI secretion ATPase  63.43 
 
 		 887 aa  1057    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.694327 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0295  ATPase  99.54 
 
 		 879 aa  1781    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.621453  normal  0.878276 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5984  type VI secretion ATPase  46.13 
 
 		 909 aa  704    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1536  fibronectin, type III  43.78 
 
 		 897 aa  703    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2505  AAA family ATPase  43.76 
 
 		 880 aa  670    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0298  ClpV1 family type VI secretion ATPase  100 
 
 		 879 aa  1787    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.140659 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3430  AAA family ATPase  44.83 
 
 		 867 aa  681    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2096  putative ClpA/B-type chaperone, ATPase subunit ClpB, heat shock protein  62.26 
 
 		 916 aa  1059    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1684  type VI secretion ATPase, ClpV1 family  65.21 
 
 		 898 aa  1103    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0244969 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0178  chaperone clpB  63.01 
 
 		 895 aa  1072    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2696  Clp ATPase  59.88 
 
 		 891 aa  985    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.310032  hitchhiker  0.00716242 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2273  ATPase AAA-2  46.95 
 
 		 889 aa  734    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2982  AAA family ATPase  43.53 
 
 		 880 aa  669    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00017738 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0618  ATPase AAA-2  45.6 
 
 		 893 aa  689    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0224161 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26610  ClpA/B-type protease  53.75 
 
 		 886 aa  835    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.526897  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3644  type VI secretion ATPase  45.43 
 
 		 902 aa  677    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.9184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0451  type VI secretion ATPase  48.56 
 
 		 889 aa  712    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3255  type VI secretion ATPase  43.79 
 
 		 884 aa  653    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0804  type VI secretion ATPase  43.3 
 
 		 880 aa  664    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.493869  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000027  ClpB protein  45.36 
 
 		 855 aa  684    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3118  ATPase  49.43 
 
 		 889 aa  770    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0362166 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3654  ClpA/B type protease  48.17 
 
 		 889 aa  719    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0162  type VI secretion ATPase  52.74 
 
 		 902 aa  897    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.475088  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2362  ATPase  45.64 
 
 		 868 aa  722    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.488644  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0387  ATPase  48.22 
 
 		 889 aa  715    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315602  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3473  ATPase  63.99 
 
 		 897 aa  1078    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.150348  normal  0.618015 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01100  putative ClpA/B-type chaperone  52.85 
 
 		 902 aa  899    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33990  putative ClpA/B-type protease  47.53 
 
 		 849 aa  654    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000016123  normal  0.0826946 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1474  type VI secretion ATPase  60.12 
 
 		 885 aa  991    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0473  ATPase  48.68 
 
 		 889 aa  714    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1713  ClpA/B type protease  48.17 
 
 		 889 aa  719    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2440  ATPase  49.61 
 
 		 915 aa  759    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.217736  normal  0.396011 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3559  type VI secretion ATPase  44.92 
 
 		 862 aa  679    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3724  ATPase  42.82 
 
 		 895 aa  662    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.154192  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1177  chaperone ClpB-1  40.98 
 
 		 872 aa  649    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.1943  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4919  type VI secretion ATPase, ClpV1 family  48.62 
 
 		 891 aa  701    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.989717  hitchhiker  0.00768481 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2505  type VI secretion ATPase  47.86 
 
 		 865 aa  750    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.58674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6115  type VI secretion ATPase  63.13 
 
 		 906 aa  1087    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.24944 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2627  ATPase  47.86 
 
 		 865 aa  738    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6693  type VI secretion ATPase  62.5 
 
 		 889 aa  1066    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.348234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1606  putative ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  54.11 
 
 		 884 aa  869    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0054  ClpA/B type protease  47.96 
 
 		 897 aa  713    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.622723  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0156  chaperone clpB  63.04 
 
 		 895 aa  1071    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.102124  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3036  type VI secretion ATPase, ClpV1 family  50.23 
 
 		 903 aa  804    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.125208  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2769  type VI secretion ATPase  48.44 
 
 		 865 aa  751    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186875  normal  0.804579 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>