More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP2474 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP2474  type I restriction-modification system, R subunit  100 
 
 
930 aa  1914    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.081777  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0180  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  59.08 
 
 
929 aa  1140    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.634319  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0897  HsdR-like, putative type I restriction deoxyribonuclease  42.16 
 
 
1294 aa  756    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1841  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  43.29 
 
 
953 aa  757    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5242  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  44.8 
 
 
974 aa  742    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3349  type I restriction-modification system R subunit  43.03 
 
 
963 aa  689    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.531995  normal  0.015033 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0185  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  59.08 
 
 
929 aa  1140    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  36.87 
 
 
1033 aa  548  1e-154  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1501  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  35.87 
 
 
1034 aa  543  1e-153  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.573056  normal  0.735582 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0082  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  38.29 
 
 
1014 aa  526  1e-148  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0348133  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1107  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.59 
 
 
1013 aa  523  1e-147  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  37.17 
 
 
1016 aa  525  1e-147  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831432  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0447  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  35.06 
 
 
989 aa  520  1e-146  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.926177  hitchhiker  0.0000000581329 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1215  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.57 
 
 
990 aa  513  1e-144  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0502  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  35.41 
 
 
1015 aa  511  1e-143  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.840857 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2398  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  37.25 
 
 
1015 aa  504  1e-141  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.632036  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3053  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.31 
 
 
1038 aa  506  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2179  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  34.8 
 
 
1007 aa  503  1e-141  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0929  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  35.54 
 
 
990 aa  504  1e-141  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.379173  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3719  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.96 
 
 
1023 aa  502  1e-140  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2381  type I restriction-modification system, R subunit  35.26 
 
 
1032 aa  496  9.999999999999999e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0134  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.33 
 
 
1015 aa  496  9.999999999999999e-139  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.363012 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2012  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  35.26 
 
 
1032 aa  496  9.999999999999999e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1410  type I restriction enzyme EcoR124II R protein (R.EcoR124II)  36.31 
 
 
1031 aa  496  9.999999999999999e-139  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.643236  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3553  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.61 
 
 
984 aa  493  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2271  type I restriction-modification system endonuclease  35.21 
 
 
1009 aa  491  1e-137  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3473  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  35.68 
 
 
1037 aa  491  1e-137  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1853  type I restriction enzyme EcoR124II R protein  34.08 
 
 
989 aa  492  1e-137  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0743  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  34.68 
 
 
999 aa  493  1e-137  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.575824  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0775  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.76 
 
 
1041 aa  488  1e-136  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1956  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family protein  35.58 
 
 
1037 aa  489  1e-136  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160894  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4396  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  34.36 
 
 
1038 aa  482  1e-134  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.806316  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0448  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  37.22 
 
 
872 aa  478  1e-133  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0363122  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1088  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.21 
 
 
1025 aa  473  1e-132  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0870888  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.56 
 
 
1075 aa  365  2e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0747  type I restriction-modification system restriction subunit  30.81 
 
 
996 aa  364  3e-99  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4384  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.43 
 
 
1061 aa  357  5e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4084  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.04 
 
 
1061 aa  357  5e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4164  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.26 
 
 
1076 aa  357  5e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160364 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1913  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.35 
 
 
1039 aa  355  2e-96  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0328667 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3538  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.75 
 
 
1082 aa  348  2e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0228194  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03160  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.38 
 
 
1077 aa  346  8.999999999999999e-94  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000937778 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01119  type I restriction enzyme, R subunit  33.1 
 
 
1174 aa  344  4e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1962  type I site-specific restriction-modification system R subunit  30.87 
 
 
1095 aa  338  2.9999999999999997e-91  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0559  type I site-specific deoxyribonuclease, restriction subunit  30.77 
 
 
1066 aa  330  1.0000000000000001e-88  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.193671  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2726  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.73 
 
 
1041 aa  302  2e-80  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3666  Type I site-specific deoxyribonuclease  33.51 
 
 
881 aa  286  2.0000000000000002e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.616224  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3955  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.3 
 
 
1042 aa  276  9e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.9 
 
 
1023 aa  206  1e-51  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.36 
 
 
1030 aa  202  1.9999999999999998e-50  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.93 
 
 
1024 aa  196  2e-48  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0402  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.57 
 
 
1055 aa  182  2e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0861  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.83 
 
 
1031 aa  181  4.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0841  type I restriction-modification system, R subunit  27.32 
 
 
973 aa  181  5.999999999999999e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0969  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.32 
 
 
973 aa  181  5.999999999999999e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.301095 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0366  type I restriction-modification system, R subunit  26.23 
 
 
1039 aa  178  4e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3081  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.61 
 
 
1027 aa  178  4e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.85 
 
 
1041 aa  178  4e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  26.27 
 
 
967 aa  176  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  26.27 
 
 
967 aa  176  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1775  type I restriction-modification system restriction subunit  25.25 
 
 
1041 aa  176  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0948  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.52 
 
 
1054 aa  173  1e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000568458 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4621  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.8 
 
 
1028 aa  174  1e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.250071 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.69 
 
 
1027 aa  172  3e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0245  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.94 
 
 
1038 aa  171  4e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2218  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.3 
 
 
975 aa  171  9e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2281  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.46 
 
 
986 aa  170  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000865916 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.46 
 
 
1012 aa  169  2.9999999999999998e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.27 
 
 
1052 aa  167  6.9999999999999995e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  25.07 
 
 
1051 aa  167  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0430  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.34 
 
 
1030 aa  167  1.0000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1670  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.64 
 
 
965 aa  166  3e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000414451 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.36 
 
 
1046 aa  166  3e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1156  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.16 
 
 
974 aa  165  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159677  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1893  type I restriction-modification system, R subunit  25.57 
 
 
1069 aa  164  5.0000000000000005e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.87 
 
 
1044 aa  164  6e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0157  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.67 
 
 
1096 aa  163  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  24.22 
 
 
1031 aa  162  3e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.72 
 
 
1032 aa  162  3e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.04 
 
 
1032 aa  162  3e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  23.73 
 
 
1059 aa  162  4e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.23 
 
 
1053 aa  160  8e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1898  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.07 
 
 
981 aa  160  1e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  25.16 
 
 
1044 aa  160  1e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.79 
 
 
1084 aa  160  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.35 
 
 
1070 aa  160  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1089  type I restriction-modification enzyme, R subunit, putative  24.83 
 
 
1040 aa  159  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25 
 
 
1029 aa  160  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1115  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.83 
 
 
1107 aa  158  4e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2197  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.11 
 
 
1063 aa  156  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.511328  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.12 
 
 
1035 aa  156  1e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  26.39 
 
 
1068 aa  155  2e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0222  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.03 
 
 
1028 aa  156  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1092  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.5 
 
 
965 aa  156  2e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.20335  normal  0.270177 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.05 
 
 
1029 aa  155  4e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0101  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25 
 
 
986 aa  154  5.9999999999999996e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  25.16 
 
 
1042 aa  153  2e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0567  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.9 
 
 
1087 aa  152  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0552282  hitchhiker  0.00000000000212216 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.21 
 
 
1034 aa  151  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.04 
 
 
1061 aa  151  6e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>