More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1085 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP1085  transcription antitermination protein NusB  100 
 
 		 129 aa  259  1e-68  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.770091  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1583  transcription antitermination protein NusB  81.89 
 
 		 129 aa  219  9.999999999999999e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00456723  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1616  transcription antitermination protein NusB  81.89 
 
 		 129 aa  219  9.999999999999999e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000103725  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4086  transcription antitermination protein NusB  38.46 
 
 		 130 aa  95.5  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0398427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3924  transcription antitermination protein NusB  38.46 
 
 		 130 aa  95.5  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3935  transcription antitermination protein NusB  38.46 
 
 		 130 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0242683  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2875  transcription antitermination protein NusB  38.46 
 
 		 130 aa  95.1  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0967797  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4406  transcription antitermination protein NusB  38.46 
 
 		 130 aa  95.5  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4312  transcription antitermination protein NusB  38.46 
 
 		 130 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4202  transcription antitermination protein NusB  38.46 
 
 		 130 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000627912 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4255  transcription antitermination protein NusB  38.46 
 
 		 130 aa  95.1  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3751  transcription antitermination protein NusB  41.22 
 
 		 164 aa  94.4  4e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.110762 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0942  transcription antitermination protein NusB  37.69 
 
 		 130 aa  94  6e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0063504 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4292  transcription antitermination protein NusB  37.69 
 
 		 130 aa  94  6e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2325  transcription antitermination protein NusB  40 
 
 		 133 aa  94  7e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000736737  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1228  NusB antitermination factor  38.76 
 
 		 140 aa  91.7  3e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4034  transcription antitermination protein NusB  37.69 
 
 		 130 aa  90.1  8e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2652  transcription antitermination protein NusB  40.46 
 
 		 163 aa  90.1  9e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1713  transcription antitermination protein NusB  40 
 
 		 144 aa  89.7  1e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12553  transcription antitermination protein NusB  37.4 
 
 		 156 aa  89  2e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0342122 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  36.72 
 
 		 142 aa  89  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  36.72 
 
 		 142 aa  89  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  36.72 
 
 		 142 aa  89  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0246  transcription antitermination protein NusB  40.62 
 
 		 130 aa  89  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1905  NusB antitermination factor  38.76 
 
 		 145 aa  88.6  3e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1521  NusB antitermination factor  35.66 
 
 		 145 aa  88.6  3e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000719098  normal  0.286205 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1295  NusB antitermination factor  36.72 
 
 		 143 aa  88.2  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0457508  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2359  transcription antitermination protein NusB  39.85 
 
 		 162 aa  87.8  5e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.600142  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2406  transcription antitermination protein NusB  39.85 
 
 		 162 aa  87.8  5e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.798177  normal  0.0506261 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2400  transcription antitermination protein NusB  39.85 
 
 		 162 aa  87.8  5e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.199761 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1693  transcription antitermination protein NusB  40.29 
 
 		 144 aa  87  7e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3504  NusB antitermination factor  35.38 
 
 		 148 aa  87.4  7e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202631  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1185  transcription antitermination protein NusB  41.73 
 
 		 138 aa  87  9e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0066267  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1089  NusB antitermination factor  36.84 
 
 		 143 aa  86.7  1e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.441067  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2438  transcription antitermination factor NusB  38.17 
 
 		 154 aa  85.1  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.841246  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1616  NusB antitermination factor  41.27 
 
 		 137 aa  85.1  3e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.686883  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1061  transcription antitermination factor NusB  36.09 
 
 		 143 aa  84.7  4e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000379385  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1069  NusB antitermination factor  36.36 
 
 		 143 aa  84.3  4e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269454  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2179  NusB antitermination factor  36.03 
 
 		 145 aa  84.7  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000219887  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3147  NusB antitermination factor  40.15 
 
 		 135 aa  84.7  4e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.511001  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1278  N utilization substance protein B  36.09 
 
 		 143 aa  84.3  5e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.279513  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2539  NusB antitermination factor  39.39 
 
 		 195 aa  84.3  6e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4282  NusB antitermination factor  38.64 
 
 		 144 aa  82.8  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.683816 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4342  transcription antitermination protein NusB  43.62 
 
 		 209 aa  82.4  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  33.08 
 
 		 143 aa  82  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0283  NusB antitermination factor  36.92 
 
 		 150 aa  82.8  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.102265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1708  NusB antitermination factor  37.98 
 
 		 147 aa  82  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.12686 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1780  NusB antitermination factor  35.88 
 
 		 166 aa  81.6  0.000000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.97176  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0522  NusB antitermination factor  36.15 
 
 		 154 aa  81.6  0.000000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.518761  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2334  transcription antitermination factor NusB  39.39 
 
 		 163 aa  81.3  0.000000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.225002  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1424  NusB antitermination factor  36.36 
 
 		 147 aa  80.9  0.000000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.132746  normal  0.0757739 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1457  NusB antitermination factor  37.69 
 
 		 139 aa  80.9  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0617192  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1860  NusB antitermination factor  33.85 
 
 		 153 aa  80.9  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1215  NusB antitermination factor  33.59 
 
 		 142 aa  80.9  0.000000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05250  transcription antitermination factor NusB  38.76 
 
 		 162 aa  80.9  0.000000000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.615049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1747  transcription antitermination factor NusB  43.53 
 
 		 136 aa  80.5  0.000000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1452  transcription antitermination protein NusB  42.68 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  39.02 
 
 		 165 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2078  transcription antitermination protein NusB  37.8 
 
 		 135 aa  79.7  0.00000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00119189  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1792  transcription antitermination protein NusB  37.8 
 
 		 135 aa  79.7  0.00000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0152981  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0834  NusB antitermination factor  35.16 
 
 		 145 aa  79  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000205834  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3454  transcription antitermination protein NusB  37.01 
 
 		 150 aa  79.3  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262306 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1478  transcription antitermination protein NusB  42.68 
 
 		 235 aa  79.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.705133 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12640  transcription antitermination factor NusB  35.66 
 
 		 150 aa  79.3  0.00000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0196868  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2598  NusB antitermination factor  35.38 
 
 		 156 aa  78.6  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08000  transcription antitermination factor NusB  38.4 
 
 		 183 aa  78.6  0.00000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000357479 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2147  transcription antitermination protein NusB  37.98 
 
 		 145 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2589  NusB antitermination factor  37.4 
 
 		 165 aa  78.2  0.00000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1529  transcription antitermination protein NusB  37.98 
 
 		 145 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.34192  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2595  transcription antitermination protein NusB  37.98 
 
 		 145 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.694144  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2018  transcription antitermination protein NusB  37.98 
 
 		 145 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.415369  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3071  transcription antitermination protein NusB  37.98 
 
 		 145 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3018  transcription antitermination protein NusB  37.98 
 
 		 145 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0762  transcription antitermination protein NusB  37.98 
 
 		 145 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0403  transcription antitermination protein NusB  46.51 
 
 		 132 aa  77.8  0.00000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1444  NusB antitermination factor  40.8 
 
 		 145 aa  77.4  0.00000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1628  NusB antitermination factor  35.34 
 
 		 138 aa  77  0.00000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476321  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1279  NusB antitermination factor  31.06 
 
 		 155 aa  77  0.00000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0274165  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3020  NusB antitermination factor  34.81 
 
 		 145 aa  77  0.00000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.532849  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3601  transcription antitermination factor NusB  33.33 
 
 		 163 aa  77  0.00000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.397135  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1692  N utilization substance protein B  45.68 
 
 		 138 aa  76.6  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1563  NusB antitermination factor  39.1 
 
 		 149 aa  76.6  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  38.21 
 
 		 165 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1094  transcription antitermination protein NusB  33.86 
 
 		 142 aa  76.6  0.0000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5248  NusB antitermination factor  32.82 
 
 		 139 aa  76.6  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0564  hypothetical protein  31.54 
 
 		 134 aa  76.3  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000187667  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15520  transcription antitermination factor NusB  32.81 
 
 		 153 aa  76.3  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.332818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2937  NusB antitermination factor  33.87 
 
 		 171 aa  76.3  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2372  NusB antitermination factor  30.37 
 
 		 152 aa  76.3  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1230  NusB antitermination factor  34.81 
 
 		 145 aa  75.5  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000275849 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2269  NusB antitermination factor  32.28 
 
 		 136 aa  75.5  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.190221  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0164  NusB antitermination factor  33.85 
 
 		 165 aa  75.9  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1657  transcription antitermination protein NusB  33.33 
 
 		 136 aa  75.1  0.0000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0793  hypothetical protein  33.07 
 
 		 147 aa  75.1  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0764  hypothetical protein  33.07 
 
 		 147 aa  75.1  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  35.71 
 
 		 148 aa  75.1  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1679  NusB antitermination factor  35.88 
 
 		 163 aa  75.1  0.0000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2442  transcription antitermination protein NusB  37.98 
 
 		 145 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0502  NusB antitermination factor  35.94 
 
 		 165 aa  75.5  0.0000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2418  transcription antitermination factor NusB  32.28 
 
 		 135 aa  75.1  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.136308  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>