83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2260 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_0909  radical SAM domain-containing protein  93.6 
 
 		 406 aa  748    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.338541  normal  0.891076 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2260  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 406 aa  822    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.249916  normal  0.262865 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2234  DNA-binding protein  93.35 
 
 		 406 aa  749    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.62693  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2067  radical SAM family protein  70.9 
 
 		 411 aa  603  1.0000000000000001e-171  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.408571  normal  0.630296 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4606  radical SAM domain-containing protein  73.77 
 
 		 410 aa  592  1e-168  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7467  hypothetical protein  67.56 
 
 		 410 aa  571  1.0000000000000001e-162  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2714  Radical SAM domain protein  68.05 
 
 		 414 aa  567  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2975  Radical SAM domain protein  67.32 
 
 		 414 aa  560  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.0745419 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1759  radical SAM family protein  65.2 
 
 		 411 aa  527  1e-148  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2984  hypothetical protein  66.09 
 
 		 412 aa  521  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0923725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2580  radical SAM domain-containing protein  63.9 
 
 		 403 aa  513  1e-144  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.20747  normal  0.542097 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2305  radical SAM domain-containing protein  63.9 
 
 		 403 aa  512  1e-144  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.146682  hitchhiker  0.00602825 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1900  radical SAM family protein  65.11 
 
 		 412 aa  511  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.308107 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2003  Radical SAM domain protein  63.5 
 
 		 416 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2262  Radical SAM domain protein  63.41 
 
 		 403 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.625043  normal  0.275727 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2501  radical SAM family protein  62.2 
 
 		 409 aa  507  9.999999999999999e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.152187  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6622  radical SAM domain-containing protein  62.77 
 
 		 404 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03047  elongator protein 3/MiaB/NifB  63.73 
 
 		 414 aa  503  1e-141  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2258  Elongator protein 3/MiaB/NifB  64.91 
 
 		 414 aa  504  1e-141  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.231457  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2040  radical SAM family protein  61.56 
 
 		 421 aa  493  9.999999999999999e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3540  radical SAM domain-containing protein  61.99 
 
 		 403 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4849  radical SAM domain-containing protein  64.08 
 
 		 439 aa  491  1e-137  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0188693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2338  Radical SAM domain protein  59.26 
 
 		 402 aa  483  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.278935  normal  0.595723 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4146  radical SAM domain-containing protein  59.36 
 
 		 403 aa  479  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2852  radical SAM domain-containing protein  60.29 
 
 		 406 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0978513 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01933  Radical SAM  58.25 
 
 		 413 aa  478  1e-134  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1309  radical SAM domain-containing protein  58.87 
 
 		 423 aa  481  1e-134  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2123  radical SAM domain-containing protein  59.41 
 
 		 406 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0767294  normal  0.422246 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2768  radical SAM domain-containing protein  59.51 
 
 		 406 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.723195  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2924  radical SAM domain protein  59.51 
 
 		 416 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4594  radical SAM domain-containing protein  59.58 
 
 		 434 aa  471  1.0000000000000001e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3584  radical SAM family protein  58.01 
 
 		 413 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2365  radical SAM family protein  57.56 
 
 		 406 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0229751  normal  0.414721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3469  radical SAM family protein  57.99 
 
 		 406 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0826  radical SAM family protein  53.95 
 
 		 422 aa  420  1e-116  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.243039  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0194  Radical SAM domain protein  51.44 
 
 		 418 aa  413  1e-114  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.211109 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0668  Radical SAM domain protein  51.8 
 
 		 419 aa  414  1e-114  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.332892  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12078  hypothetical protein  53.02 
 
 		 420 aa  408  1e-113  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1787  radical SAM domain-containing protein  52.89 
 
 		 422 aa  411  1e-113  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1575  hypothetical protein  53.75 
 
 		 420 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00249963  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0306  hypothetical protein  53.04 
 
 		 418 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0825598  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4056  Radical SAM domain protein  54.95 
 
 		 418 aa  403  1e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.153991  normal  0.0464079 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0228  hypothetical protein  51.17 
 
 		 417 aa  403  1e-111  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.008996 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1202  Radical SAM domain protein  52.23 
 
 		 418 aa  400  9.999999999999999e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000160208  normal  0.825886 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2639  hypothetical protein  55.03 
 
 		 417 aa  397  1e-109  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1724  Radical SAM domain protein  47.96 
 
 		 461 aa  395  1e-109  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.408853  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0176  radical SAM domain-containing protein  53.48 
 
 		 413 aa  394  1e-108  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0407  radical SAM family protein  50.79 
 
 		 435 aa  388  1e-107  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00162852  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3382  radical SAM domain-containing protein  51.99 
 
 		 428 aa  387  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0246  hypothetical protein  54.31 
 
 		 420 aa  383  1e-105  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1282  radical SAM domain-containing protein  46.97 
 
 		 432 aa  380  1e-104  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0108  Radical SAM domain protein  52.16 
 
 		 429 aa  379  1e-104  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0393  Radical SAM domain protein  50.53 
 
 		 397 aa  379  1e-104  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00226682  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1926  Radical SAM domain protein  46.14 
 
 		 415 aa  377  1e-103  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000517647  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0320  hypothetical protein  51.04 
 
 		 419 aa  375  1e-103  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.354274 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0925  helix-hairpin-helix motif  49.17 
 
 		 425 aa  372  1e-102  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000510341 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3329  radical SAM domain-containing protein  51 
 
 		 431 aa  368  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05010  Radical SAM domain protein  51.32 
 
 		 415 aa  368  1e-100  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3695  Radical SAM domain protein  46.06 
 
 		 435 aa  364  1e-99  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000234809  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0124  radical SAM family protein  49.87 
 
 		 431 aa  361  1e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0282893  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1154  radical SAM family protein  46.67 
 
 		 502 aa  360  2e-98  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.848409  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15350  predicted DNA-binding protein with the helix-hairpin-helix motif  46.67 
 
 		 434 aa  359  5e-98  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000164569  normal  0.0902203 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1155  Radical SAM domain protein  49.34 
 
 		 405 aa  358  9.999999999999999e-98  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00303248  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0347  hypothetical protein  51.3 
 
 		 420 aa  357  1.9999999999999998e-97  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09110  predicted DNA-binding protein with the helix-hairpin-helix motif protein  47.12 
 
 		 483 aa  347  2e-94  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.567211  normal  0.851078 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1192  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.97 
 
 		 386 aa  332  7.000000000000001e-90  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.052698  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0496  radical SAM family protein  41.29 
 
 		 469 aa  325  9e-88  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0681  radical SAM domain-containing protein  43.12 
 
 		 370 aa  312  4.999999999999999e-84  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0554713  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1942  hypothetical protein  55.56 
 
 		 298 aa  277  2e-73  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1713  Radical SAM domain protein  40.69 
 
 		 384 aa  268  2e-70  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00398016  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1798  Radical SAM domain protein  38.23 
 
 		 377 aa  261  1e-68  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0702083  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0818  radical SAM domain-containing protein  55.94 
 
 		 539 aa  230  3e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4389  radical SAM domain-containing protein  38.72 
 
 		 393 aa  223  4e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.484216 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3729  radical SAM domain-containing protein  38.96 
 
 		 393 aa  223  4.9999999999999996e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0105628 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2166  radical SAM domain-containing protein  37.63 
 
 		 386 aa  205  1e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.978798  hitchhiker  0.00000549931 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1336  hypothetical protein  33.59 
 
 		 379 aa  194  2e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00270043  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1467  radical SAM domain-containing protein  36.98 
 
 		 386 aa  191  1e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0281391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0251  radical SAM domain-containing protein  34.02 
 
 		 372 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.996674  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0388  radical SAM domain-containing protein  39.03 
 
 		 400 aa  159  1e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1032  hypothetical protein  33.03 
 
 		 348 aa  137  2e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2197  radical SAM family protein  28.86 
 
 		 330 aa  55.1  0.000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.804971  normal  0.445705 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1164  Radical SAM domain protein  27.21 
 
 		 331 aa  48.9  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.987774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0518  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  33.33 
 
 		 365 aa  43.5  0.007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>