40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1320 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1320  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 222 aa  441  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0321525  normal  0.761807 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1384  2'-5' RNA ligase  95.5 
 
 		 222 aa  420  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  0.876718 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1443  putative ligase protein  69.43 
 
 		 198 aa  267  1e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1290  2'-5' RNA ligase  52.08 
 
 		 195 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.334257 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2006  2'-5' RNA ligase  47.67 
 
 		 207 aa  170  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2442  2',5' RNA ligase  49.74 
 
 		 196 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.900073 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1982  2'-5' RNA ligase  46.91 
 
 		 207 aa  168  6e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6095  2',5' RNA ligase  46.39 
 
 		 207 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0652023  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2337  Phosphoesterase HXTX  43.88 
 
 		 201 aa  142  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.714494 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01767  2'-5' RNA ligase  42.21 
 
 		 200 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.680529  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2222  hypothetical protein  42.23 
 
 		 205 aa  137  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.19028  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2482  2'-5' RNA ligase  46.02 
 
 		 189 aa  130  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.097083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1918  putative ligase  42.56 
 
 		 201 aa  129  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.102106  normal  0.252687 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4557  2',5' RNA ligase  34.64 
 
 		 199 aa  89.4  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0162437  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2787  2'-5' RNA ligase  40.7 
 
 		 206 aa  88.6  7e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.320306  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4293  2',5' RNA ligase  32.96 
 
 		 197 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.775847 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3202  hypothetical protein  34.21 
 
 		 183 aa  87  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59985  normal  0.950309 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1426  2',5' RNA ligase  36.87 
 
 		 201 aa  77.8  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0723245  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1350  2'-5' RNA ligase-like protein  31.68 
 
 		 217 aa  76.6  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2421  2',5' RNA ligase  35.53 
 
 		 201 aa  70.5  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0368864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  30.53 
 
 		 195 aa  69.7  0.00000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  31.69 
 
 		 183 aa  65.1  0.0000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  32.24 
 
 		 186 aa  60.8  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2923  2',5' RNA ligase  35.4 
 
 		 194 aa  58.2  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0916331  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  31.32 
 
 		 174 aa  55.5  0.0000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  28.92 
 
 		 190 aa  53.9  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  31.36 
 
 		 182 aa  52.8  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  30.89 
 
 		 176 aa  51.2  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  30.89 
 
 		 180 aa  47  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1635  2'-5' RNA ligase  30.91 
 
 		 170 aa  46.6  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.44124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  26.11 
 
 		 175 aa  46.6  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  26.92 
 
 		 177 aa  46.6  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  28.64 
 
 		 190 aa  45.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  26.88 
 
 		 187 aa  43.1  0.003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  25.97 
 
 		 193 aa  43.1  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1290  2'-5' RNA ligase  26.32 
 
 		 190 aa  42.4  0.006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.189928  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  30.17 
 
 		 182 aa  42.4  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  30 
 
 		 193 aa  42.4  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  24.64 
 
 		 195 aa  42  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3167  2',5' RNA ligase  25.51 
 
 		 212 aa  42  0.008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.592975  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>