More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0904 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0904  cytochrome c oxidase subunit III  100 
 
 		 284 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.199365  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4583  cytochrome c oxidase, subunit III  92.17 
 
 		 284 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0833  cytochrome c oxidase, subunit III  88.34 
 
 		 285 aa  494  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.906312  normal  0.287069 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4792  cytochrome c oxidase, subunit III  88.34 
 
 		 285 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0819  cytochrome c oxidase, subunit III  89.32 
 
 		 284 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.493173 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0228  cytochrome c oxidase, subunit III  83.33 
 
 		 284 aa  436  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0766  cytochrome c oxidase, subunit III  83.33 
 
 		 284 aa  436  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.486485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0260  cytochrome c oxidase, subunit III  84.04 
 
 		 284 aa  431  1e-120  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.742832  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3458  cytochrome c oxidase, subunit III  84.04 
 
 		 284 aa  431  1e-120  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.107293  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2344  cytochrome c oxidase subunit III  72.5 
 
 		 286 aa  389  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.485775  normal  0.432845 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0265  cytochrome c oxidase subunit III  70.83 
 
 		 288 aa  390  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.167943  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3258  cytochrome c oxidase subunit III  70.98 
 
 		 285 aa  388  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.10566 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0028  cytochrome c oxidase subunit III  69.44 
 
 		 287 aa  385  1e-106  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.117348  normal  0.405844 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0647  Cytochrome-c oxidase  65.19 
 
 		 292 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.209964 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0607  Cytochrome-c oxidase  64.85 
 
 		 292 aa  383  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.620012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3454  cytochrome c oxidase subunit III  71.84 
 
 		 285 aa  382  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0832287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3582  cytochrome c oxidase subunit III  71.12 
 
 		 285 aa  379  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0673  cytochrome c oxidase subunit III  71.17 
 
 		 279 aa  378  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.562387 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0523  cytochrome c oxidase subunit III  66.21 
 
 		 292 aa  362  5.0000000000000005e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0746  cytochrome c oxidase, subunit III  65.31 
 
 		 293 aa  357  9.999999999999999e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0126142  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1045  cytochrome c oxidase subunit III  63.48 
 
 		 292 aa  352  4e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4643  cytochrome c oxidase subunit III  70.86 
 
 		 277 aa  348  5e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.162674  normal  0.0685685 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0478  cytochrome c oxidase, subunit III  64.95 
 
 		 439 aa  348  5e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.152736  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0472  cytochrome c oxidase, subunit III  64.63 
 
 		 292 aa  347  9e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0586  cytochrome c oxidase subunit III  63.48 
 
 		 292 aa  340  2e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.141909  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0725  cytochrome c oxidase subunit III  70.18 
 
 		 287 aa  339  2e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0613182 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1242  cytochrome c oxidase subunit III  63.76 
 
 		 286 aa  323  2e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.993936 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4317  cytochrome c oxidase, subunit III  58.27 
 
 		 274 aa  322  6e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0577944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1401  cytochrome c oxidase, subunit III  62.2 
 
 		 291 aa  320  9.999999999999999e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.129461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0918  cytochrome c oxidase, subunit III  63.24 
 
 		 273 aa  318  7e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.163295  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1144  cytochrome c oxidase subunit III  60.66 
 
 		 268 aa  310  2e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3880  cytochrome c oxidase, subunit III  63.61 
 
 		 289 aa  309  4e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.351442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0618  cytochrome c oxidase, subunit III  61.9 
 
 		 266 aa  299  3e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0478  cytochrome c oxidase, subunit III  61.9 
 
 		 266 aa  298  6e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1829  cytochrome c oxidase, aa3-type, subunit III  61.9 
 
 		 266 aa  298  6e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.346117  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4501  cytochrome c oxidase subunit III  58.33 
 
 		 291 aa  298  7e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.292433  normal  0.366276 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2229  cytochrome c oxidase, subunit III  59.03 
 
 		 284 aa  298  9e-80  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205391  normal  0.0161512 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2164  cytochrome c oxidase, subunit III  54.74 
 
 		 283 aa  265  5e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2332  cytochrome c oxidase, subunit III  53.82 
 
 		 271 aa  255  6e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.938653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3151  cytochrome c oxidase, subunit III  52.14 
 
 		 270 aa  254  1.0000000000000001e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.874863 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0009  cytochrome c oxidase, subunit III  47.23 
 
 		 274 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0676  cytochrome c oxidase, subunit III  48.7 
 
 		 274 aa  238  1e-61  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0141  cytochrome c oxidase, subunit III  50.18 
 
 		 275 aa  235  5.0000000000000005e-61  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.400418  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0029  cytochrome c oxidase, subunit III  46.84 
 
 		 274 aa  231  1e-59  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3007  cytochrome c oxidase, subunit III  45.7 
 
 		 291 aa  211  1e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.719434  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04023  cytochrome C oxidase subunit III  46.42 
 
 		 291 aa  207  2e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0330  cytochrome c oxidase, subunit III  44.88 
 
 		 288 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.625024  normal  0.0114384 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0318  cytochrome c oxidase, subunit III  41.22 
 
 		 286 aa  196  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3044  cytochrome c oxidase, subunit III  44.56 
 
 		 288 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00173082  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0265  cytochrome c oxidase subunit III  40.54 
 
 		 286 aa  195  9e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0367  cytochrome C oxidase subunit III transmembrane protein  40.54 
 
 		 286 aa  192  7e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0187  cytochrome c oxidase, subunit III  43.53 
 
 		 284 aa  190  2e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0314  cytochrome c oxidase subunit III  44.52 
 
 		 291 aa  189  4e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0965369 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1467  cytochrome c oxidase, subunit III  44.86 
 
 		 290 aa  187  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.791815  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0883  cytochrome c oxidase, subunit III  41.84 
 
 		 288 aa  186  3e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2808  cytochrome c oxidase, subunit III  42.31 
 
 		 289 aa  183  2.0000000000000003e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0076  cytochrome c oxidase, subunit III  40.41 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3823  cytochrome c oxidase subunit III  41.13 
 
 		 293 aa  183  3e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.267917 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2959  cytochrome c oxidase, subunit III  42.31 
 
 		 289 aa  182  4.0000000000000006e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1383  cytochrome c oxidase, subunit III  41.16 
 
 		 293 aa  183  4.0000000000000006e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0679531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1641  cytochrome c oxidase subunit III  42.32 
 
 		 284 aa  182  5.0000000000000004e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0942479  normal  0.989825 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0242  cytochrome c oxidase subunit III  39.53 
 
 		 286 aa  182  7e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0155178 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0223  cytochrome c oxidase subunit III  39.53 
 
 		 286 aa  182  7e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.591162 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0106  cytochrome c oxidase, subunit III  37.87 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.753759  normal  0.456213 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0120  cytochrome c oxidase, subunit III  37.54 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532779  normal  0.0155575 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00990  Cytochrome C Oxidase, Subunit III  40.48 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0122  cytochrome c oxidase, subunit III  37.87 
 
 		 295 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0145  cytochrome c oxidase, subunit III  39.06 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0125  cytochrome c oxidase subunit III  38.23 
 
 		 295 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0296  cytochrome c oxidase, subunit III  42.11 
 
 		 286 aa  179  7e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.652839 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0122  cytochrome c oxidase, subunit III  40.62 
 
 		 291 aa  176  5e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1249  cytochrome c oxidase, subunit III  40.55 
 
 		 293 aa  176  5e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.147299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1775  cytochrome c oxidase, subunit III  43.88 
 
 		 283 aa  175  6e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.474644  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3177  putative cytochrome C oxidase subunit III transmembrane protein  40.21 
 
 		 293 aa  175  6e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00203621  normal  0.584186 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0195  cytochrome c oxidase, subunit III  38.89 
 
 		 291 aa  175  8e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04010  Cytochrome c oxidase subunit III  39.73 
 
 		 297 aa  175  9e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3794  cytochrome c oxidase, subunit III  39.46 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3867  cytochrome c oxidase, subunit III  39.46 
 
 		 291 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0882  cytochrome c oxidase, subunit III  42.11 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0175  cytochrome c oxidase subunit III  39.58 
 
 		 291 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01320  cytochrome c oxidase, subunit III  38.91 
 
 		 295 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.647452  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4609  cytochrome c oxidase subunit III  38.85 
 
 		 291 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0065  cytochrome c oxidase, subunit III  41.3 
 
 		 295 aa  173  3.9999999999999995e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4183  cytochrome c oxidase subunit III  40.55 
 
 		 291 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4314  cytochrome c oxidase subunit III  40.55 
 
 		 291 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0183  cytochrome c oxidase subunit III  38.91 
 
 		 295 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3994  cytochrome c oxidase, subunit III  39.13 
 
 		 291 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3532  cytochrome c oxidase, subunit III  39.38 
 
 		 293 aa  172  5e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.671052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4115  cytochrome c oxidase subunit III  40.55 
 
 		 291 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3903  cytochrome c oxidase, subunit III  40.78 
 
 		 294 aa  172  7.999999999999999e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0637958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2855  cytochrome c oxidase subunit III  38.7 
 
 		 293 aa  171  9e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.205261  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1679  cytochrome c oxidase subunit III  38.83 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0151  cytochrome c oxidase subunit III  40.21 
 
 		 291 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4243  cytochrome c oxidase, subunit III  37.67 
 
 		 293 aa  170  3e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.373816  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4002  cytochrome c oxidase subunit III  38.74 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0233  cytochrome c oxidase subunit III  36.61 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.496819  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4387  Cytochrome-c oxidase  39.38 
 
 		 293 aa  166  5e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.874568  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3785  cytochrome c oxidase, subunit III  39.19 
 
 		 291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1684  cytochrome c oxidase, subunit III  41.67 
 
 		 293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.115065  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3520  cytochrome c oxidase, subunit III  35.47 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>