More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0330 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0330  cytochrome c oxidase, subunit III  100 
 
 
288 aa  573  1.0000000000000001e-162  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.625024  normal  0.0114384 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0187  cytochrome c oxidase, subunit III  60.07 
 
 
284 aa  348  7e-95  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3044  cytochrome c oxidase, subunit III  61.97 
 
 
288 aa  339  2.9999999999999998e-92  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00173082  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1467  cytochrome c oxidase, subunit III  62.24 
 
 
290 aa  331  7.000000000000001e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.791815  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0883  cytochrome c oxidase, subunit III  58.1 
 
 
288 aa  328  5.0000000000000004e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1775  cytochrome c oxidase, subunit III  59.51 
 
 
283 aa  325  4.0000000000000003e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.474644  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04023  cytochrome C oxidase subunit III  59.3 
 
 
291 aa  325  4.0000000000000003e-88  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3007  cytochrome c oxidase, subunit III  54.27 
 
 
291 aa  311  7.999999999999999e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.719434  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2808  cytochrome c oxidase, subunit III  57.6 
 
 
289 aa  300  2e-80  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04010  Cytochrome c oxidase subunit III  54.95 
 
 
297 aa  300  2e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0175  cytochrome c oxidase subunit III  52.92 
 
 
291 aa  298  5e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2959  cytochrome c oxidase, subunit III  57.6 
 
 
289 aa  297  1e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1641  cytochrome c oxidase subunit III  53.82 
 
 
284 aa  298  1e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0942479  normal  0.989825 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0314  cytochrome c oxidase subunit III  57.39 
 
 
291 aa  297  2e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0965369 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0195  cytochrome c oxidase, subunit III  52.22 
 
 
291 aa  293  3e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0122  cytochrome c oxidase, subunit III  51.71 
 
 
291 aa  290  2e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0367  cytochrome C oxidase subunit III transmembrane protein  55.63 
 
 
286 aa  286  2e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0076  cytochrome c oxidase, subunit III  53.16 
 
 
295 aa  286  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0233  cytochrome c oxidase subunit III  51.52 
 
 
294 aa  284  1.0000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.496819  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0223  cytochrome c oxidase subunit III  54.23 
 
 
286 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.591162 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0242  cytochrome c oxidase subunit III  54.23 
 
 
286 aa  280  3e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0155178 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0265  cytochrome c oxidase subunit III  52.96 
 
 
286 aa  277  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3177  putative cytochrome C oxidase subunit III transmembrane protein  52.61 
 
 
293 aa  277  1e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00203621  normal  0.584186 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3486  cytochrome c oxidase subunit III  52.05 
 
 
291 aa  277  2e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.1204 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4002  cytochrome c oxidase subunit III  53.61 
 
 
293 aa  275  6e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0296  cytochrome c oxidase, subunit III  52.69 
 
 
286 aa  274  1.0000000000000001e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.652839 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0255  cytochrome c oxidase, subunit III  54.67 
 
 
291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3520  cytochrome c oxidase, subunit III  51.36 
 
 
291 aa  273  3e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0065  cytochrome c oxidase, subunit III  52.22 
 
 
295 aa  272  4.0000000000000004e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4243  cytochrome c oxidase, subunit III  54.21 
 
 
293 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.373816  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0318  cytochrome c oxidase, subunit III  52.11 
 
 
286 aa  270  2e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00990  Cytochrome C Oxidase, Subunit III  52.94 
 
 
296 aa  270  2.9999999999999997e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1936  cytochrome c oxidase, subunit III  52.43 
 
 
284 aa  269  4e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.140644  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4314  cytochrome c oxidase subunit III  51.89 
 
 
291 aa  268  5.9999999999999995e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4183  cytochrome c oxidase subunit III  51.89 
 
 
291 aa  268  5.9999999999999995e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4115  cytochrome c oxidase subunit III  51.89 
 
 
291 aa  268  7e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4609  cytochrome c oxidase subunit III  52.23 
 
 
291 aa  267  1e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0151  cytochrome c oxidase subunit III  51.55 
 
 
291 aa  267  1e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3794  cytochrome c oxidase, subunit III  52.23 
 
 
291 aa  267  1e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3867  cytochrome c oxidase, subunit III  52.23 
 
 
291 aa  268  1e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0183  cytochrome c oxidase subunit III  53.51 
 
 
295 aa  266  2e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1041  Cytochrome-c oxidase  52.7 
 
 
294 aa  267  2e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3823  cytochrome c oxidase subunit III  49.31 
 
 
293 aa  266  2.9999999999999995e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.267917 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01320  cytochrome c oxidase, subunit III  53.18 
 
 
295 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.647452  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0125  cytochrome c oxidase subunit III  51.01 
 
 
295 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0120  cytochrome c oxidase, subunit III  51.51 
 
 
295 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532779  normal  0.0155575 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0122  cytochrome c oxidase, subunit III  51.84 
 
 
295 aa  265  5e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4387  Cytochrome-c oxidase  50 
 
 
293 aa  265  7e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.874568  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2714  cytochrome c oxidase, subunit III  52.08 
 
 
295 aa  265  8.999999999999999e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.183769 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0106  cytochrome c oxidase, subunit III  51.51 
 
 
295 aa  263  3e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.753759  normal  0.456213 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0882  cytochrome c oxidase, subunit III  50.7 
 
 
293 aa  261  6e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3785  cytochrome c oxidase, subunit III  51.89 
 
 
291 aa  262  6e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0549  cytochrome c oxidase subunit III  52.3 
 
 
285 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.69876  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3994  cytochrome c oxidase, subunit III  51.2 
 
 
291 aa  261  8e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0145  cytochrome c oxidase, subunit III  52.86 
 
 
298 aa  261  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2855  cytochrome c oxidase subunit III  50 
 
 
293 aa  261  1e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.205261  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1684  cytochrome c oxidase, subunit III  50 
 
 
293 aa  261  1e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.115065  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4167  putative cytochrome c oxidase, subunit III  51.94 
 
 
285 aa  261  1e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437515  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3903  cytochrome c oxidase, subunit III  50.35 
 
 
294 aa  260  2e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0637958  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0512  cytochrome c oxidase, subunit III  51.94 
 
 
285 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1427  cytochrome c oxidase, subunit III  51.94 
 
 
285 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0494  cytochrome c oxidase, subunit III  51.94 
 
 
285 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.817705  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3193  cytochrome c oxidase, subunit III  51.94 
 
 
285 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2854  cytochrome c oxidase, subunit III  51.94 
 
 
285 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1249  cytochrome c oxidase, subunit III  50 
 
 
293 aa  260  2e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.147299  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0165  cytochrome c oxidase, subunit III  51.94 
 
 
285 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0677  cytochrome c oxidase subunit III  51.94 
 
 
285 aa  259  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.397658  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1383  cytochrome c oxidase, subunit III  48.78 
 
 
293 aa  259  4e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0679531  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3532  cytochrome c oxidase, subunit III  49.3 
 
 
293 aa  259  5.0000000000000005e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.671052  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0430  cytochrome c oxidase subunit III  51.24 
 
 
285 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1679  cytochrome c oxidase subunit III  48.78 
 
 
293 aa  257  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2898  cytochrome c oxidase, subunit III  52.65 
 
 
285 aa  256  2e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.937469  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2759  cytochrome c oxidase subunit III  53 
 
 
285 aa  256  3e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.599225  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0461  cytochrome c oxidase subunit III  52.65 
 
 
285 aa  256  4e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.201021  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6172  cytochrome c oxidase, subunit III  52.3 
 
 
285 aa  256  4e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0281  cytochrome c oxidase subunit III  51.94 
 
 
285 aa  255  5e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2853  cytochrome c oxidase subunit III  51.94 
 
 
285 aa  255  7e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0805764  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2228  cytochrome c oxidase, subunit III  51.94 
 
 
285 aa  255  7e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2842  cytochrome c oxidase, subunit III  51.94 
 
 
285 aa  255  7e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.20129  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0039  cytochrome c oxidase, subunit III  48.36 
 
 
304 aa  253  3e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.061642  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06269  cytochrome c oxidase, subunit III  51.19 
 
 
294 aa  242  5e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001448  cytochrome c oxidase polypeptide III  51.53 
 
 
295 aa  231  1e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0607  Cytochrome-c oxidase  40.75 
 
 
292 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.620012  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0673  cytochrome c oxidase subunit III  46.18 
 
 
279 aa  211  2e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.562387 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0647  Cytochrome-c oxidase  40.75 
 
 
292 aa  209  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.209964 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0478  cytochrome c oxidase, subunit III  42.14 
 
 
439 aa  199  3.9999999999999996e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.152736  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2229  cytochrome c oxidase, subunit III  43.81 
 
 
284 aa  199  6e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205391  normal  0.0161512 
 
 
-
 
NC_004310  BR0472  cytochrome c oxidase, subunit III  42.14 
 
 
292 aa  198  7e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0523  cytochrome c oxidase subunit III  42.28 
 
 
292 aa  196  4.0000000000000005e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0833  cytochrome c oxidase, subunit III  45.07 
 
 
285 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.906312  normal  0.287069 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0904  cytochrome c oxidase subunit III  44.72 
 
 
284 aa  193  2e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.199365  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0586  cytochrome c oxidase subunit III  41.81 
 
 
292 aa  193  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.141909  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4792  cytochrome c oxidase, subunit III  45.07 
 
 
285 aa  192  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4583  cytochrome c oxidase, subunit III  45.07 
 
 
284 aa  191  9e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0918  cytochrome c oxidase, subunit III  40.7 
 
 
273 aa  191  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.163295  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1401  cytochrome c oxidase, subunit III  45.21 
 
 
291 aa  189  5.999999999999999e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.129461  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4317  cytochrome c oxidase, subunit III  39.38 
 
 
274 aa  186  3e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0577944  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0228  cytochrome c oxidase, subunit III  45.49 
 
 
284 aa  185  8e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0766  cytochrome c oxidase, subunit III  45.49 
 
 
284 aa  185  8e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.486485  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1045  cytochrome c oxidase subunit III  39.04 
 
 
292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>