192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0967 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0967  hydrogenase nickel insertion protein HypA  100 
 
 
123 aa  244  3e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.571187  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3810  hydrogenase nickel insertion protein HypA  82.11 
 
 
138 aa  185  2e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0468  hydrogenase nickel insertion protein HypA  57.14 
 
 
114 aa  123  9e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.984402  normal  0.0359796 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0925  hydrogenase expression/synthesis, HypA  44.64 
 
 
114 aa  99.8  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000996946 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  46.96 
 
 
110 aa  84.7  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.6 
 
 
113 aa  84  7e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1498  hydrogenase expression/synthesis HypA  41.74 
 
 
117 aa  82.8  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  45.22 
 
 
110 aa  82  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.47 
 
 
113 aa  82.4  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.13 
 
 
114 aa  81.6  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  40.87 
 
 
113 aa  81.3  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  40.87 
 
 
113 aa  81.3  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  40.87 
 
 
113 aa  81.3  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2851  hydrogenase nickel incorporation protein  36.21 
 
 
120 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.440089 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  40.87 
 
 
113 aa  81.3  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  40.87 
 
 
113 aa  81.3  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02576  HypA  36.21 
 
 
116 aa  80.5  0.000000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.21 
 
 
116 aa  80.5  0.000000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.18 
 
 
113 aa  80.9  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3978  hydrogenase nickel incorporation protein  36.21 
 
 
120 aa  80.9  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0986  hydrogenase nickel incorporation protein  36.21 
 
 
116 aa  80.5  0.000000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.209126 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02541  hypothetical protein  36.21 
 
 
116 aa  80.5  0.000000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2863  hydrogenase nickel incorporation protein  36.21 
 
 
116 aa  80.5  0.000000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3014  hydrogenase nickel incorporation protein  36.21 
 
 
116 aa  80.5  0.000000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40 
 
 
113 aa  80.5  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0449  hydrogenase expression/synthesis HypA  41.03 
 
 
117 aa  80.5  0.000000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40 
 
 
113 aa  80.5  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1308  hydrogenase nickel insertion protein HypA, putative  39.32 
 
 
138 aa  80.1  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000254152  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.6 
 
 
121 aa  79.3  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3043  hydrogenase nickel incorporation protein  35.65 
 
 
118 aa  78.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00478304 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  40.18 
 
 
115 aa  79.3  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3007  hydrogenase nickel incorporation protein  35.65 
 
 
118 aa  78.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.0101686 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3059  hydrogenase nickel incorporation protein  35.65 
 
 
118 aa  78.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606667  normal  0.0829124 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3164  hydrogenase nickel incorporation protein  35.65 
 
 
118 aa  78.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.355005 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2976  hydrogenase nickel incorporation protein  35.65 
 
 
118 aa  78.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.88 
 
 
135 aa  77.8  0.00000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.86 
 
 
110 aa  77.4  0.00000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.6 
 
 
113 aa  77.4  0.00000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  41.59 
 
 
136 aa  76.3  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0717  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.98 
 
 
109 aa  76.6  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0865  hydrogenase expression/synthesis HypA  42.98 
 
 
109 aa  76.6  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.71265  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.98 
 
 
110 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  40 
 
 
113 aa  75.9  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  37.72 
 
 
113 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1286  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.21 
 
 
115 aa  75.1  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.812906  normal  0.435209 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.72 
 
 
113 aa  75.5  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2547  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.23 
 
 
117 aa  74.7  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.101979  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.93 
 
 
128 aa  73.9  0.0000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  36.94 
 
 
110 aa  73.2  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  36.84 
 
 
113 aa  72.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.65 
 
 
136 aa  73.2  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.1 
 
 
130 aa  73.2  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.98 
 
 
110 aa  72.8  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1088  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.17 
 
 
113 aa  72.4  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.909847  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1517  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.97 
 
 
115 aa  71.6  0.000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0160728  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0426  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.39 
 
 
114 aa  71.6  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  38.83 
 
 
121 aa  71.6  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0437  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.39 
 
 
114 aa  71.6  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.525876 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2553  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
112 aa  71.2  0.000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.064786  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1042  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
114 aa  70.9  0.000000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.09 
 
 
113 aa  70.9  0.000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.21 
 
 
113 aa  70.9  0.000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0656  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
114 aa  70.5  0.000000000007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.48 
 
 
110 aa  70.5  0.000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0476  hydrogenase formation/expression  36.52 
 
 
112 aa  70.5  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.653213  normal  0.217154 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0730  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
114 aa  70.1  0.000000000009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.525466  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
113 aa  70.1  0.000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1964  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.21 
 
 
115 aa  70.1  0.000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0798  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.39 
 
 
114 aa  69.7  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.941377  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2444  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.07 
 
 
117 aa  69.7  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.205339 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.18 
 
 
120 aa  69.7  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  36.84 
 
 
113 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.84 
 
 
113 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.23 
 
 
117 aa  68.9  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  36.84 
 
 
113 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.21 
 
 
113 aa  69.3  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  36.84 
 
 
113 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  36.84 
 
 
113 aa  68.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  37.39 
 
 
112 aa  68.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  36.84 
 
 
113 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  36.84 
 
 
113 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  36.84 
 
 
113 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  36.84 
 
 
113 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0474  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.87 
 
 
115 aa  68.2  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.635429  normal  0.537416 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3199  hydrogenase nickel incorporation protein  33.62 
 
 
116 aa  68.6  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.39 
 
 
138 aa  67.8  0.00000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
113 aa  68.2  0.00000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0930  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.9 
 
 
139 aa  67.4  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.359542 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2006  hydrogenase expression/formation  36.04 
 
 
110 aa  67.8  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321644  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2182  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.6 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140816  normal  0.184329 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.33 
 
 
113 aa  67.4  0.00000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1904  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.62 
 
 
117 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0320929  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.33 
 
 
113 aa  66.2  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.82 
 
 
113 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.17 
 
 
139 aa  66.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.17 
 
 
139 aa  66.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.78 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2483  hydrogenase expression/synthesis HypA  40.71 
 
 
110 aa  65.5  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.17 
 
 
109 aa  65.9  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.88 
 
 
128 aa  65.5  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>