More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1408 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00797  predicted peptide transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  65.11 
 
 		 493 aa  692    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2812  extracellular solute-binding protein family 5  64.03 
 
 		 512 aa  697    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.431185  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1359  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  76.29 
 
 		 520 aa  796    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.442837  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1380  substate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  85.66 
 
 		 517 aa  902    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2814  extracellular solute-binding protein  64.03 
 
 		 512 aa  695    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.993061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  64.34 
 
 		 512 aa  696    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0238  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  76.29 
 
 		 520 aa  796    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1768  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  76.29 
 
 		 520 aa  796    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.852283  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  64.14 
 
 		 512 aa  695    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0975  putative dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  76.29 
 
 		 520 aa  796    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.124849  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1253  extracellular solute-binding protein family 5  85.46 
 
 		 517 aa  904    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.245274  normal  0.49371 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1926  extracellular solute-binding protein  89.19 
 
 		 518 aa  924    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.293523  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  69.43 
 
 		 520 aa  746    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  67.57 
 
 		 512 aa  696    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3003  extracellular solute-binding protein family 5  65.1 
 
 		 516 aa  647    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0324  putative ABC transporter substrate-binding protein  76.29 
 
 		 520 aa  796    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1853  putative binding protein YliB  76.29 
 
 		 520 aa  796    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2974  extracellular solute-binding protein family 5  66.4 
 
 		 514 aa  712    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  64.23 
 
 		 512 aa  699    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  64.54 
 
 		 512 aa  698    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  64.14 
 
 		 512 aa  695    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1867  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  75.15 
 
 		 520 aa  796    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.30378  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  64.43 
 
 		 512 aa  702    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1113  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein, putative  74.8 
 
 		 520 aa  791    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.322522  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  64.14 
 
 		 512 aa  695    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3353  extracellular solute-binding protein  75.66 
 
 		 520 aa  786    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.587262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  67.76 
 
 		 519 aa  676    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  68.5 
 
 		 520 aa  685    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4052  extracellular solute-binding protein  74.44 
 
 		 520 aa  773    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.544759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1551  extracellular solute-binding protein  69.25 
 
 		 512 aa  703    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0836  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  75 
 
 		 520 aa  780    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  67.08 
 
 		 509 aa  671    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1491  extracellular solute-binding protein family 5  65.81 
 
 		 514 aa  706    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1408  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 518 aa  1059    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00741999  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3130  extracellular solute-binding protein family 5  74.41 
 
 		 520 aa  774    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  64.23 
 
 		 512 aa  701    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4203  extracellular solute-binding protein  75.86 
 
 		 520 aa  789    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237738  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1319  extracellular solute-binding protein family 5  84.85 
 
 		 521 aa  905    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  64.43 
 
 		 512 aa  702    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  64.43 
 
 		 512 aa  702    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3571  extracellular solute-binding protein  74.44 
 
 		 520 aa  773    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57508  normal  0.258108 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  64.34 
 
 		 517 aa  637    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0402  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  76.29 
 
 		 520 aa  796    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  64.03 
 
 		 512 aa  697    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4163  extracellular solute-binding protein  75.86 
 
 		 520 aa  789    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0633493  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1658  extracellular solute-binding protein  66.8 
 
 		 516 aa  652    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.710594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  74.02 
 
 		 520 aa  782    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4591  extracellular solute-binding protein  64.2 
 
 		 517 aa  629  1e-179  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0777489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0626  extracellular solute-binding protein  46.4 
 
 		 510 aa  476  1e-133  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.797506  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3971  extracellular solute-binding protein family 5  45.27 
 
 		 518 aa  423  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  43.25 
 
 		 513 aa  422  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4398  extracellular solute-binding protein family 5  43.06 
 
 		 513 aa  417  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0482953  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0146  extracellular solute-binding protein family 5  44.65 
 
 		 513 aa  411  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.377896  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  35.87 
 
 		 520 aa  258  2e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  32.99 
 
 		 534 aa  257  4e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  32.38 
 
 		 535 aa  249  6e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  33.47 
 
 		 495 aa  248  2e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  29.88 
 
 		 521 aa  246  6.999999999999999e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  29.88 
 
 		 521 aa  246  9.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.88 
 
 		 521 aa  246  9.999999999999999e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  29.88 
 
 		 521 aa  246  9.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  29.88 
 
 		 521 aa  246  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  35.65 
 
 		 524 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  33.54 
 
 		 509 aa  242  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  33.95 
 
 		 528 aa  226  9e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  31.84 
 
 		 528 aa  224  3e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0111  extracellular solute-binding protein family 5  32.3 
 
 		 517 aa  222  9.999999999999999e-57  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  29.5 
 
 		 532 aa  222  1.9999999999999999e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  31.45 
 
 		 502 aa  220  3.9999999999999997e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  29.78 
 
 		 565 aa  220  5e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  31.95 
 
 		 544 aa  219  8.999999999999998e-56  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  30.93 
 
 		 505 aa  219  1e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  29.7 
 
 		 541 aa  219  1e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  31.67 
 
 		 531 aa  217  4e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  31.36 
 
 		 544 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1690  extracellular solute-binding protein  31.71 
 
 		 532 aa  211  3e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23662  normal  0.232631 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  31.58 
 
 		 532 aa  211  3e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3255  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  30.92 
 
 		 540 aa  211  4e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3174  dipeptide ABC transporter substrate-binding protein  30.6 
 
 		 523 aa  210  5e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1751  extracellular solute-binding protein  29.21 
 
 		 538 aa  209  8e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.0954392 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  30.72 
 
 		 540 aa  209  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3275  hypothetical protein  31.53 
 
 		 540 aa  209  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.349389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0490  extracellular solute-binding protein family 5  31.52 
 
 		 531 aa  206  6e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  29.53 
 
 		 532 aa  206  7e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0114  extracellular solute-binding protein  31.68 
 
 		 530 aa  205  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  30.86 
 
 		 505 aa  202  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2497  extracellular solute-binding protein family 5  29.14 
 
 		 528 aa  200  6e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0778602 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4392  extracellular solute-binding protein  31.21 
 
 		 521 aa  199  7.999999999999999e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0468  extracellular solute-binding protein family 5  28.38 
 
 		 528 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5111  ABC transporter periplasmic binding protein  28.86 
 
 		 532 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.914948  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4250  peptide ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.38 
 
 		 528 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.146199 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0212  extracellular solute-binding protein  28.36 
 
 		 538 aa  196  6e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0260102  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  31.11 
 
 		 520 aa  196  8.000000000000001e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0067  extracellular solute-binding protein  29.65 
 
 		 542 aa  196  9e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58360  putative binding protein component of ABC transpor  28.37 
 
 		 532 aa  196  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0584  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.66 
 
 		 528 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.542939  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2816  extracellular solute-binding protein  30.78 
 
 		 545 aa  195  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.54552  normal  0.0589435 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  29.79 
 
 		 535 aa  194  3e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2658  extracellular solute-binding protein family 5  30.74 
 
 		 529 aa  193  6e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293814 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.82 
 
 		 508 aa  193  7e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>