More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1117 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1117  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, subunit beta  100 
 
 
341 aa  689    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000129584  normal  0.764642 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0417  cysteine synthase A protein  75.08 
 
 
338 aa  465  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0440499  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0590  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  62.07 
 
 
336 aa  401  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0103  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  54.55 
 
 
326 aa  377  1e-103  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000135752  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0107  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  54.55 
 
 
326 aa  377  1e-103  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000822794  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6948  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  54.93 
 
 
333 aa  326  3e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1863  cysteine synthase  46.3 
 
 
340 aa  260  2e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11413  putative cysteine synthase  39.81 
 
 
325 aa  241  1e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.63655  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0366  cysteine synthase  45.34 
 
 
340 aa  240  2e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0500011 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3877  Cysteine synthase  43.45 
 
 
338 aa  223  4.9999999999999996e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00690211  normal  0.0462514 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1207  cysteine synthase  37.7 
 
 
322 aa  216  5e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.243759  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2745  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit:ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  37.19 
 
 
685 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.278132  normal  0.0380808 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2960  pyridoxal-phosphate dependent enzyme family/ornithine cyclodeaminase family protein  39.72 
 
 
707 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.76325  n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4292  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.48 
 
 
364 aa  212  7.999999999999999e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.713465  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0203  cysteine synthase  38.91 
 
 
372 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000292068  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1884  Cysteine synthase  39.26 
 
 
333 aa  204  1e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.171295  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0339  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.65 
 
 
330 aa  203  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.793635 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3071  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.23 
 
 
363 aa  200  3.9999999999999996e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.178624  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2557  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.02 
 
 
346 aa  191  1e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4971  Cysteine synthase-like protein  38.34 
 
 
379 aa  191  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.551978  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1672  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.45 
 
 
330 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4156  cystathionine beta-synthase  34.95 
 
 
461 aa  189  5e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.884438 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2538  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.73 
 
 
352 aa  189  5e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.655107 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10865  cysteine synthase A cysK2  39.02 
 
 
372 aa  188  1e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109257 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5856  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.87 
 
 
368 aa  188  1e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.977841  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1829  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.17 
 
 
333 aa  187  2e-46  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0936757  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08106  putative cystathionine beta-synthase  31.29 
 
 
345 aa  187  3e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.434389  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4197  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.87 
 
 
369 aa  187  3e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4263  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.87 
 
 
369 aa  187  3e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.651474  normal  0.919062 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4424  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.87 
 
 
369 aa  186  6e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.343092  normal  0.282187 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4560  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.54 
 
 
393 aa  184  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2600  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.48 
 
 
465 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0422691  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0964  cysteine synthase  39.94 
 
 
320 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00274794  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0276  cysteine synthase A  36.62 
 
 
324 aa  182  9.000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.146971  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1444  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.7 
 
 
371 aa  181  1e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.784398  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1462  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.7 
 
 
371 aa  181  1e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.867609  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1438  cysteine synthase A  34.73 
 
 
305 aa  178  1e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3360  cysteine synthase A  36.36 
 
 
324 aa  178  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.359843  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3752  putative cysteine synthase (O-acetylserine sulfhydrylase) (O-acetylserine (thiol)-lyase) (CSase)  35.44 
 
 
351 aa  177  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0264452  normal  0.188869 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1534  cysteine synthase A  33.88 
 
 
298 aa  176  4e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3819  cysteine synthase A  35.83 
 
 
324 aa  176  4e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_953  cysteine synthase  38.64 
 
 
320 aa  176  5e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000343054  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1166  cysteine synthase  36.48 
 
 
771 aa  176  5e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0865  cysteine synthase  35.95 
 
 
306 aa  176  6e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3445  cysteine synthase A  36.72 
 
 
305 aa  176  6e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1362  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.78 
 
 
319 aa  176  7e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.314138  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2603  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.5 
 
 
378 aa  175  8e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.908423  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0899  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.29 
 
 
371 aa  176  8e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2830  cystathionine beta-synthase  35.5 
 
 
332 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.908849  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0633  putative cysteine synthase (O-acetylserine sulfhydrylase) (O-acetylserine (Thiol)-lyase) (CSase)  35.49 
 
 
336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.343914  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0922  cysteine synthase A  35.81 
 
 
304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.107998  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5010  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.48 
 
 
325 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.278031  normal  0.209222 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3005  cysteine synthase B  37.29 
 
 
308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.951108  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1804  cysteine synthase A  34.27 
 
 
334 aa  172  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1560  cystathionine beta-synthase (acetylserine-dependent)  35.62 
 
 
302 aa  172  7.999999999999999e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.180171  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0154  cysteine synthase K/M/A  33.44 
 
 
307 aa  171  1e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000054726  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4743  cysteine synthase  35.74 
 
 
305 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1822  cysteine synthase A  34.1 
 
 
302 aa  171  2e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.470327  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2103  cysteine synthase  36.04 
 
 
305 aa  169  4e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0401259  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5286  cystathionine beta-synthase  36.1 
 
 
459 aa  170  4e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.153908  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1385  cysteine synthase  35.91 
 
 
311 aa  170  4e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.9014  normal  0.484311 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1534  cysteine synthase A  35.24 
 
 
325 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0642  cysteine synthase  38.74 
 
 
306 aa  169  5e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.220278  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1442  cysteine synthase  37.79 
 
 
305 aa  169  5e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.593251 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0822  cysteine synthase A  38.44 
 
 
308 aa  169  7e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.326455 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3846  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.44 
 
 
459 aa  169  7e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.692652  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1694  cysteine synthase A  33.44 
 
 
331 aa  169  8e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4500  Cysteine synthase  39.37 
 
 
756 aa  169  9e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.632569  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0990  cysteine synthase A  33.66 
 
 
299 aa  168  1e-40  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  hitchhiker  0.0058381  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1045  cysteine synthases  36.36 
 
 
306 aa  167  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.801481  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5839  cysteine synthase A  34.82 
 
 
324 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0902  cysteine synthase A  33.33 
 
 
299 aa  167  2.9999999999999998e-40  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.00000000036612  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4653  cysteine synthase  33.44 
 
 
306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.518003  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0170  cysteine synthase A  33.66 
 
 
304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00475319  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4559  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.75 
 
 
328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4907  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.12 
 
 
479 aa  167  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1970  cysteine synthase/cystathionine beta-synthase family protein  38.81 
 
 
336 aa  167  4e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1150  cysteine synthase A  34.21 
 
 
312 aa  166  5e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.197095  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0771  cysteine synthase A  35.06 
 
 
312 aa  166  5e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2125  cystathionine beta-synthase  35.03 
 
 
316 aa  166  5e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.700222  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0059  putative cystathionine beta-synthase  35.03 
 
 
316 aa  166  5e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.857844  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0488  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  31.56 
 
 
456 aa  166  5.9999999999999996e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0478  cysteine synthases  33.99 
 
 
773 aa  166  5.9999999999999996e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00249553  hitchhiker  0.000140585 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0548  cysteine synthase A  34.08 
 
 
310 aa  166  6.9999999999999995e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0535  cysteine synthase A  34.08 
 
 
310 aa  166  6.9999999999999995e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.775182  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03155  cystathionine beta-synthase  32.19 
 
 
464 aa  166  8e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.140599  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3460  cysteine synthases  34.75 
 
 
305 aa  166  8e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0509  cysteine synthase  37.13 
 
 
302 aa  165  9e-40  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.445859  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4716  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  35.83 
 
 
388 aa  165  9e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1135  cysteine synthase A  36.69 
 
 
320 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0019697  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0152  cysteine synthase  33.88 
 
 
310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1927  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  31.46 
 
 
453 aa  165  1.0000000000000001e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0170  cysteine synthase family protein  31.68 
 
 
302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2832  cysteine synthase B  34.67 
 
 
294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3763  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.23 
 
 
459 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0178  cysteine synthase A  35.39 
 
 
316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0627608  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3718  cystathionine beta-synthase  31.89 
 
 
463 aa  164  2.0000000000000002e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000446047  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3378  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.39 
 
 
461 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.19393  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2454  cysteine synthase  34.67 
 
 
294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0944548  normal  0.580019 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3364  cysteine synthase A  35.08 
 
 
304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000830673  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>