48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0352 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0352  carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 492 aa  1011    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  72.92 
 
 		 499 aa  688    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  68.37 
 
 		 482 aa  590  1e-167  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  68.37 
 
 		 482 aa  590  1e-167  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  64.98 
 
 		 476 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  66.42 
 
 		 482 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4280  carbohydrate-selective porin OprB  49.15 
 
 		 478 aa  420  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3545  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  49.88 
 
 		 437 aa  391  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.339839 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0703  carbohydrate-selective porin OprB  43.84 
 
 		 471 aa  367  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0647  Carbohydrate-selective porin OprB  44.98 
 
 		 472 aa  358  9.999999999999999e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1331  carbohydrate-selective porin OprB  43 
 
 		 494 aa  349  7e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1131  Carbohydrate-selective porin OprB  43.48 
 
 		 446 aa  343  4e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  40.73 
 
 		 462 aa  341  2e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.661938 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  42.08 
 
 		 674 aa  338  1.9999999999999998e-91  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1195  hypothetical protein  42.93 
 
 		 501 aa  334  2e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282348  normal  0.538855 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4992  Carbohydrate-selective porin OprB  42.61 
 
 		 498 aa  331  2e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000230615  hitchhiker  0.00966153 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  41.71 
 
 		 689 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  41.59 
 
 		 662 aa  327  3e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  44.08 
 
 		 692 aa  325  8.000000000000001e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2120  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  41.36 
 
 		 490 aa  323  3e-87  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  37.81 
 
 		 598 aa  323  4e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  41.97 
 
 		 661 aa  322  7e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2536  Carbohydrate-selective porin OprB  41.87 
 
 		 498 aa  322  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.761533 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  40.14 
 
 		 710 aa  315  8e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  41.95 
 
 		 670 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  40.49 
 
 		 665 aa  312  1e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  41.87 
 
 		 693 aa  307  3e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  39.51 
 
 		 680 aa  306  7e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  41.99 
 
 		 724 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  40.52 
 
 		 703 aa  288  2e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  39.61 
 
 		 708 aa  286  7e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  39.64 
 
 		 703 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  39.41 
 
 		 703 aa  281  2e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6797  Carbohydrate-selective porin OprB  36.3 
 
 		 458 aa  280  5e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0794  Carbohydrate-selective porin OprB  32.95 
 
 		 473 aa  174  3.9999999999999995e-42  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000421873  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1395  Carbohydrate-selective porin OprB  32.67 
 
 		 471 aa  173  5.999999999999999e-42  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.567539  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS06177  hypothetical protein  52.78 
 
 		 116 aa  76.6  0.0000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1112  hypothetical protein  24.75 
 
 		 490 aa  69.3  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.503741  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3271  hypothetical protein  23.97 
 
 		 469 aa  55.8  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0437682  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0779  carbohydrate-selective porin OprB  22 
 
 		 467 aa  55.1  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000860096  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2751  carbohydrate-selective porin OprB  23.84 
 
 		 446 aa  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.202947  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3768  Carbohydrate-selective porin OprB  20.63 
 
 		 476 aa  47  0.0008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3661  Carbohydrate-selective porin OprB  21.88 
 
 		 476 aa  46.6  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  28.79 
 
 		 453 aa  45.8  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  24.87 
 
 		 456 aa  45.1  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  24.87 
 
 		 456 aa  45.1  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  28.79 
 
 		 453 aa  44.7  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  29.01 
 
 		 482 aa  44.7  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>