112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2592 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_2592  hydrogenase expression/synthesis HypA  100 
 
 
121 aa  243  4.9999999999999997e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.579853  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3365  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.46 
 
 
113 aa  66.2  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.83 
 
 
119 aa  63.5  0.0000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.67 
 
 
119 aa  63.2  0.000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.83 
 
 
119 aa  62.8  0.000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
135 aa  62.8  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1088  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.82 
 
 
113 aa  60.8  0.000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.909847  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
113 aa  58.5  0.00000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0757  hydrogenase expression/synthesis HypA  30.51 
 
 
117 aa  58.5  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.497459  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.58 
 
 
121 aa  58.2  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0449  hydrogenase expression/synthesis HypA  31.36 
 
 
117 aa  57  0.00000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
113 aa  56.6  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.3 
 
 
114 aa  55.5  0.0000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0913  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30 
 
 
114 aa  55.1  0.0000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19820  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  30.7 
 
 
125 aa  54.7  0.0000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2553  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
112 aa  54.3  0.0000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.064786  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.91 
 
 
114 aa  54.3  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1308  hydrogenase nickel insertion protein HypA, putative  34.17 
 
 
138 aa  53.9  0.0000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000254152  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.95 
 
 
113 aa  53.5  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.57 
 
 
117 aa  51.6  0.000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1023  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.82 
 
 
113 aa  50.8  0.000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.136662  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3018  hydrogenase expression/synthesis, HypA  26.32 
 
 
112 aa  50.4  0.000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.95 
 
 
117 aa  50.4  0.000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.7 
 
 
113 aa  49.7  0.00001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1601  hydrogenase expression/formation protein HypA  34.48 
 
 
117 aa  49.3  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0930  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.75 
 
 
139 aa  49.7  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.359542 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0925  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.7 
 
 
114 aa  48.5  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000996946 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
113 aa  48.5  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2547  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
117 aa  48.5  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.101979  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1898  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.57 
 
 
115 aa  48.5  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00030561 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1736  hydrogenase expression/synthesis HypA  25.66 
 
 
112 aa  48.5  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.407443  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.95 
 
 
113 aa  48.1  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.43 
 
 
113 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.43 
 
 
113 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0468  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.21 
 
 
114 aa  48.5  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.984402  normal  0.0359796 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2089  hydrogenase expression/formation protein HypA  31.3 
 
 
118 aa  48.1  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.91 
 
 
115 aa  48.1  0.00004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1412  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.25 
 
 
114 aa  48.1  0.00004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0480002  normal  0.152537 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.17 
 
 
113 aa  47  0.00008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.17 
 
 
113 aa  47  0.00009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0533  putative hydrogenase expression/synthesis protein HypA  33.33 
 
 
115 aa  47  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3220  hydrogenase expression/synthesis HypA  30.09 
 
 
112 aa  47  0.00009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.17 
 
 
113 aa  47  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.17 
 
 
113 aa  47  0.00009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.17 
 
 
113 aa  47  0.00009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  30.17 
 
 
113 aa  47  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.8 
 
 
113 aa  47  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0929  hydrogenase expression/synthesis, HypA  24.35 
 
 
113 aa  46.6  0.0001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.11958  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.17 
 
 
113 aa  47  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.73 
 
 
113 aa  46.6  0.0001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.17 
 
 
113 aa  47  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  29.57 
 
 
113 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  29.57 
 
 
113 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0505  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.33 
 
 
114 aa  47  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  29.57 
 
 
113 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  30.17 
 
 
113 aa  47  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0472  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.05 
 
 
114 aa  45.4  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.95 
 
 
113 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.67 
 
 
120 aa  45.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0656  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.32 
 
 
114 aa  45.4  0.0002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  29.82 
 
 
113 aa  46.2  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1911  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.43 
 
 
117 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0043415  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3166  hydrogenase expression/synthesis HypA  27.12 
 
 
114 aa  45.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0373089 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17140  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  26.8 
 
 
132 aa  45.8  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0851583  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.3 
 
 
110 aa  45.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3821  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.17 
 
 
130 aa  45.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.631833  normal  0.0547899 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1669  hydrogenase expression/formation protein HypA  30.7 
 
 
121 aa  45.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1832  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.57 
 
 
115 aa  45.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.524005  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0500  hydrogenase expression/synthesis HypA  32.46 
 
 
114 aa  45.4  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.72 
 
 
114 aa  45.1  0.0004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.57 
 
 
110 aa  44.7  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.11 
 
 
136 aa  44.7  0.0004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.77 
 
 
113 aa  44.3  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.06 
 
 
123 aa  44.3  0.0005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.66 
 
 
116 aa  44.3  0.0005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  31.3 
 
 
110 aa  44.3  0.0006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1850  hydrogenase nickel incorporation protein  30.6 
 
 
133 aa  44.3  0.0006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0816478  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1904  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.43 
 
 
117 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0320929  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0730  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.44 
 
 
114 aa  43.9  0.0007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.525466  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  25.44 
 
 
138 aa  43.5  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0934  hydrogenase expression/synthesis, HypA  27.19 
 
 
111 aa  43.1  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00722014  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.3 
 
 
109 aa  43.5  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2619  hydrogenase expression/synthesis HypA  37.5 
 
 
137 aa  43.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.227524 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.3 
 
 
139 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1879  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.43 
 
 
117 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.3 
 
 
139 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.21 
 
 
113 aa  43.5  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2415  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.57 
 
 
117 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0774419  hitchhiker  0.0000872958 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.7 
 
 
113 aa  43.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.21 
 
 
113 aa  43.5  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1736  hydrogenase expression/synthesis HypA  27.59 
 
 
114 aa  43.5  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.115348  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  25.22 
 
 
113 aa  42.4  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.77 
 
 
113 aa  42.4  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.82 
 
 
130 aa  42.4  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1867  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.43 
 
 
118 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0720  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.95 
 
 
125 aa  42.7  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.973117  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3199  hydrogenase nickel incorporation protein  28.7 
 
 
116 aa  42.4  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0514  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.04 
 
 
114 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0729285 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1042  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.44 
 
 
114 aa  42.7  0.002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.1 
 
 
124 aa  42.7  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>