More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4497 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4497  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  100 
 
 
268 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.163163 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1428  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  73.08 
 
 
263 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.489476  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3793  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  59.24 
 
 
261 aa  295  5e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0543422  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0074  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  51.37 
 
 
258 aa  255  5e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1681  cobyrinic acid ac-diamide synthase  46.81 
 
 
260 aa  228  7e-59  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  decreased coverage  0.00843819  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0303  cobyrinic acid ac-diamide synthase  47.66 
 
 
260 aa  228  9e-59  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0797  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  46.81 
 
 
260 aa  227  2e-58  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.123163  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0219  cobyrinic acid ac-diamide synthase  45.96 
 
 
260 aa  223  2e-57  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.321933  normal  0.962999 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0143  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  46.18 
 
 
274 aa  223  2e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4099  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  48.31 
 
 
254 aa  223  3e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.671981 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0038  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  45.15 
 
 
260 aa  220  9.999999999999999e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1029  cobyrinic acid ac-diamide synthase  45.78 
 
 
252 aa  219  3.9999999999999997e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.554413  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04470  Carbon monoxide dehydrogenae assesory protein, CooC  44.35 
 
 
266 aa  215  7e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.788733  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1010  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  47.26 
 
 
261 aa  211  1e-53  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0554  cobyrinic acid ac-diamide synthase  42.11 
 
 
263 aa  191  7e-48  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0371044  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1204  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  40.87 
 
 
249 aa  189  2.9999999999999997e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1269  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  37.95 
 
 
253 aa  187  1e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.328604  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2799  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  41.36 
 
 
255 aa  185  6e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0107  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  40.62 
 
 
251 aa  179  4.999999999999999e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0846  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  42.65 
 
 
300 aa  171  1e-41  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0221899  normal  0.32789 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1276  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  43.14 
 
 
272 aa  169  3e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.954733 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2256  CODH nickel-insertion accessory protein  44.97 
 
 
223 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.197048  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0692  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  40.93 
 
 
259 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00303671  normal  0.102031 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1375  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  40.79 
 
 
265 aa  158  1e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.316103 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0885  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  35 
 
 
281 aa  157  2e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.810765  normal  0.749714 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1235  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  44.12 
 
 
258 aa  152  5e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00902647  normal  0.593653 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1313  CODH nickel-insertion accessory protein  37.9 
 
 
213 aa  151  1e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.880069  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2097  carbon monoxide dehydrogenase accessory protein, putative  38.53 
 
 
284 aa  150  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0933  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  40.98 
 
 
258 aa  149  7e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.7514  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0058  CO dehydrogenase maturation factor  39 
 
 
290 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000462787  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0617  CO dehydrogenase maturation factor-like protein  34.31 
 
 
290 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3029  carbon monoxide dehydrogenase accessory protein CooC, putative  39.71 
 
 
268 aa  143  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0381  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  41.06 
 
 
275 aa  142  5e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2232  carbon monoxide dehydrogenase accessory protein CooC, putative  40.69 
 
 
283 aa  139  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2391  hypothetical protein  30.27 
 
 
262 aa  124  2e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.597516  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1885  CODH nickel-insertion accessory protein  32.07 
 
 
254 aa  123  4e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.401837  normal  0.650281 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0431  carbon-monoxide dehydrogenase accessory protein  33.61 
 
 
253 aa  122  6e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.118892  normal  0.958218 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1440  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.54 
 
 
250 aa  121  9.999999999999999e-27  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0861  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.47 
 
 
250 aa  120  3e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000822608  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0289  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.15 
 
 
253 aa  120  3e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1132  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  39.9 
 
 
293 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.382082  normal  0.362539 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0201  nitrogenase iron protein  30.29 
 
 
253 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00000834701  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0244  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.82 
 
 
258 aa  113  3e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0713791  normal  0.92182 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0308  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.24 
 
 
250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0704532  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0059  CODH nickel-insertion accessory protein  31.38 
 
 
271 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.79352 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0224  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.52 
 
 
250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.534474  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1191  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.99 
 
 
258 aa  110  3e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0163515 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1676  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.52 
 
 
250 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0511  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.33 
 
 
249 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357895  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0808  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.33 
 
 
274 aa  109  6e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.131067  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0506  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.78 
 
 
258 aa  108  6e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0802  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.52 
 
 
250 aa  107  2e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2510  cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.3 
 
 
257 aa  107  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.510145  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1091  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.15 
 
 
254 aa  103  2e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000055289  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1413  nitrogenase reductase related protein  25.52 
 
 
258 aa  102  9e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.475078  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0606  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.75 
 
 
259 aa  99  6e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.119561  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1780  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.75 
 
 
259 aa  99  6e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.183966  hitchhiker  0.000314302 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1463  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.75 
 
 
259 aa  99  6e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.886751  normal  0.0311446 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1274  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.78 
 
 
252 aa  97.4  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000167527  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0874  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.19 
 
 
258 aa  96.7  4e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2794  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.51 
 
 
251 aa  95.1  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1199  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.71 
 
 
249 aa  93.2  4e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2848  hypothetical protein  31.52 
 
 
325 aa  92  8e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.933644  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1488  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.8 
 
 
252 aa  90.5  2e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000754699  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0072  hypothetical protein  27.97 
 
 
325 aa  90.5  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0754  putative ATP-binding protein  29.06 
 
 
324 aa  90.1  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.546644  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1355  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.82 
 
 
318 aa  89.4  5e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1096  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.46 
 
 
265 aa  89  7e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9286  CO dehydrogenase maturation factor-like protein  30.56 
 
 
321 aa  87.4  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0339  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.47 
 
 
250 aa  87.4  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7191  hypothetical protein  32 
 
 
334 aa  87.4  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0342  cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.22 
 
 
259 aa  87  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3613  putative ATP-binding protein  28.76 
 
 
319 aa  85.9  7e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4886  CO dehydrogenase maturation factor-like protein  29.33 
 
 
327 aa  85.5  9e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0669  carbon monoxide dehydrogenase nickel-insertion accessory protein  29.38 
 
 
260 aa  84.7  0.000000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0703  carbon monoxide dehydrogenase nickel-insertion accessory protein  29.38 
 
 
260 aa  84.7  0.000000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0331  nitrogenase reductase related protein  26.35 
 
 
212 aa  83.6  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.3746  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3517  CO dehydrogenase maturation factor-like protein  29 
 
 
314 aa  83.2  0.000000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_607  carbon monoxide dehydrogenase nickel-insertion accessory protein  28.91 
 
 
260 aa  82.4  0.000000000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0638  CO dehydrogenase maturation factor-like protein  28.22 
 
 
260 aa  81.3  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2777  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.42 
 
 
260 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1374  CODH nickel-insertion accessory protein  29.96 
 
 
259 aa  76.6  0.0000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.329731 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2761  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.44 
 
 
250 aa  75.5  0.0000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2542  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.42 
 
 
146 aa  73.9  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.2409 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0691  CODH nickel-insertion accessory protein  30.1 
 
 
260 aa  68.2  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.071672  normal  0.103443 
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5392  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.74 
 
 
288 aa  51.6  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.28494  n/a   
 
 
-
 
NC_007323  GBAA_pXO2_0040  ParaA family ATPase  25.89 
 
 
288 aa  50.8  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00514136  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2848  chromosome segregation ATPase  49.02 
 
 
259 aa  50.8  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.978745  normal  0.176776 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2856  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  47.17 
 
 
260 aa  50.1  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.225227 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3164  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  24.86 
 
 
259 aa  50.1  0.00004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0748  MinD family ATPase  24.32 
 
 
292 aa  50.1  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2926  chromosome segregation ATPase  32.33 
 
 
253 aa  49.7  0.00005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006578  pBT9727_0047  replication-associated protein  25.52 
 
 
288 aa  49.7  0.00005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3941  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.6 
 
 
269 aa  49.7  0.00005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.27233  normal  0.241063 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2907  nitrogenase iron protein  41.18 
 
 
289 aa  49.7  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0927  septum site-determining protein MinD  28.14 
 
 
274 aa  49.7  0.00005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000246443  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2597  nitrogenase iron protein  41.18 
 
 
289 aa  49.7  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.036256  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0949  septum site-determining protein MinD  28.14 
 
 
271 aa  49.7  0.00006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.790787  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3666  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.65 
 
 
313 aa  48.1  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1649  ParA family protein  29.51 
 
 
258 aa  48.9  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>