More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4088 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_4088  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 
306 aa  619  1e-176  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.77552  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4394  2-dehydropantoate 2-reductase  83.66 
 
 
306 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.68453  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4422  2-dehydropantoate 2-reductase  68.63 
 
 
305 aa  412  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1351  2-dehydropantoate 2-reductase  67.32 
 
 
305 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.144072 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0958  2-dehydropantoate 2-reductase  67.66 
 
 
305 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4498  2-dehydropantoate 2-reductase  66.99 
 
 
305 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.774811  normal  0.6393 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4373  2-dehydropantoate 2-reductase  67.65 
 
 
305 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0586836 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0937  2-dehydropantoate 2-reductase  67.99 
 
 
303 aa  393  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.21317 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57160  2-dehydropantoate 2-reductase  62.67 
 
 
303 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4968  2-dehydropantoate 2-reductase  63 
 
 
303 aa  359  4e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13400  2-dehydropantoate 2-reductase  61 
 
 
297 aa  340  1e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002696  2-dehydropantoate 2-reductase  34.13 
 
 
296 aa  171  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03288  2-dehydropantoate 2-reductase  33.92 
 
 
296 aa  159  7e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0809  2-dehydropantoate 2-reductase  34.72 
 
 
326 aa  152  5e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3158  2-dehydropantoate 2-reductase  35.74 
 
 
326 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1894  2-dehydropantoate 2-reductase  34.38 
 
 
296 aa  150  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3817  2-dehydropantoate 2-reductase  34.25 
 
 
327 aa  144  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0768  2-dehydropantoate 2-reductase  33.45 
 
 
324 aa  144  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000150905  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0780  2-dehydropantoate 2-reductase  32.18 
 
 
327 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.977069  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0816  2-dehydropantoate 2-reductase  32.87 
 
 
320 aa  142  5e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0708  2-dehydropantoate 2-reductase  34.75 
 
 
311 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3726  2-dehydropantoate 2-reductase  34.93 
 
 
312 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0958  2-dehydropantoate 2-reductase  36.27 
 
 
294 aa  138  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1362  2-dehydropantoate 2-reductase  30.87 
 
 
294 aa  137  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.274866  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1083  2-dehydropantoate 2-reductase  32.52 
 
 
303 aa  135  9e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000208134 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3535  2-dehydropantoate 2-reductase  34.36 
 
 
311 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.40675  hitchhiker  0.0000949952 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3603  2-dehydropantoate 2-reductase  34.36 
 
 
311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2889  2-dehydropantoate 2-reductase  36.01 
 
 
302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0730  2-dehydropantoate 2-reductase  32.08 
 
 
322 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0942  2-dehydropantoate 2-reductase  29.74 
 
 
299 aa  129  5.0000000000000004e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2895  2-dehydropantoate 2-reductase  33.22 
 
 
306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0400281  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3445  2-dehydropantoate 2-reductase  34.04 
 
 
310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000137485  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0892  2-dehydropantoate 2-reductase  34.52 
 
 
303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.868359  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3068  2-dehydropantoate 2-reductase  31.71 
 
 
303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3106  2-dehydropantoate 2-reductase  31.71 
 
 
303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3248  2-dehydropantoate 2-reductase  31.71 
 
 
303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3184  2-dehydropantoate 2-reductase  32.21 
 
 
303 aa  125  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.547188  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0509  2-dehydropantoate 2-reductase  32.21 
 
 
303 aa  125  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.632143  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3208  2-dehydropantoate 2-reductase  32.21 
 
 
303 aa  125  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000640508 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0457  2-dehydropantoate 2-reductase  32.21 
 
 
303 aa  124  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0347  2-dehydropantoate 2-reductase  32.21 
 
 
303 aa  124  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00373  2-dehydropantoate 2-reductase  32.21 
 
 
303 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00377  hypothetical protein  32.21 
 
 
303 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0461  2-dehydropantoate 2-reductase  32.21 
 
 
303 aa  124  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0497  2-dehydropantoate 2-reductase  32.21 
 
 
303 aa  124  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3116  2-dehydropantoate 2-reductase  30 
 
 
343 aa  122  8e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3276  2-dehydropantoate 2-reductase  32.86 
 
 
302 aa  120  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3648  2-dehydropantoate 2-reductase  29.97 
 
 
319 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0849606  normal  0.0204343 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0494  2-dehydropantoate 2-reductase  32.75 
 
 
303 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0475  2-dehydropantoate 2-reductase  32.75 
 
 
303 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0481  2-dehydropantoate 2-reductase  32.75 
 
 
303 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.378498 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0536  2-dehydropantoate 2-reductase  32.75 
 
 
303 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.127784  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0473  2-dehydropantoate 2-reductase  32.27 
 
 
303 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3080  2-dehydropantoate 2-reductase  33.45 
 
 
306 aa  118  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.850912  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2262  2-dehydropantoate 2-reductase  28.67 
 
 
299 aa  117  3e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.354328  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02768  2-dehydropantoate 2-reductase  29.25 
 
 
313 aa  115  8.999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2147  2-dehydropantoate 2-reductase  34.98 
 
 
303 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1035  2-dehydropantoate 2-reductase  33.22 
 
 
302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.324105  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2753  2-dehydropantoate 2-reductase  28.67 
 
 
309 aa  112  7.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0272  2-dehydropantoate 2-reductase  27.05 
 
 
289 aa  110  3e-23  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.300395  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2559  2-dehydropantoate 2-reductase  33.92 
 
 
300 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.195971 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54699  2-dehydropantoate 2-reductase (Ketopantoate reductase) (KPA reductase) (KPR)  26.65 
 
 
357 aa  99.8  6e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0193  2-dehydropantoate 2-reductase  30.18 
 
 
285 aa  99.4  6e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0380974  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1095  2-dehydropantoate 2-reductase  25 
 
 
312 aa  99.4  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.82934  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1998  2-dehydropantoate 2-reductase  30.31 
 
 
310 aa  94  3e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  29.51 
 
 
299 aa  93.6  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6159  2-dehydropantoate 2-reductase  29.83 
 
 
314 aa  92.8  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1997  2-dehydropantoate 2-reductase  31.74 
 
 
315 aa  92  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.515886 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1891  2-dehydropantoate 2-reductase  30.87 
 
 
313 aa  91.3  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.417292  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2032  2-dehydropantoate 2-reductase  25.52 
 
 
315 aa  91.3  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2486  2-dehydropantoate 2-reductase  31.12 
 
 
319 aa  91.3  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.570621  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3687  2-dehydropantoate 2-reductase  33.78 
 
 
302 aa  90.9  3e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0462  2-dehydropantoate 2-reductase  31.09 
 
 
303 aa  88.2  1e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0791  2-dehydropantoate 2-reductase  28.1 
 
 
303 aa  87.8  2e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0377  2-dehydropantoate 2-reductase  23.82 
 
 
316 aa  86.7  4e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3139  2-dehydropantoate 2-reductase  29.55 
 
 
319 aa  86.3  6e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13385  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1104  2-dehydropantoate 2-reductase  29.82 
 
 
307 aa  85.5  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1323  2-dehydropantoate 2-reductase  24.16 
 
 
316 aa  84  0.000000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.684769  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2951  2-dehydropantoate 2-reductase  25.26 
 
 
305 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2735  2-dehydropantoate 2-reductase  25.26 
 
 
305 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2839  2-dehydropantoate 2-reductase  25.5 
 
 
305 aa  83.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.748115 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  28.9 
 
 
300 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2776  2-dehydropantoate 2-reductase  25.26 
 
 
305 aa  83.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10586  2-dehydropantoate 2-reductase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G06390)  28.27 
 
 
424 aa  83.2  0.000000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.873381  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5912  2-dehydropantoate 2-reductase  29.19 
 
 
314 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.579455  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2816  2-dehydropantoate 2-reductase  26.17 
 
 
305 aa  83.2  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1881  2-dehydropantoate 2-reductase  31.02 
 
 
306 aa  83.2  0.000000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  28.72 
 
 
301 aa  82.8  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0375  hypothetical protein  25.16 
 
 
302 aa  82.4  0.000000000000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4956  2-dehydropantoate 2-reductase  27.62 
 
 
298 aa  82  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0383  2-dehydropantoate 2-reductase  29.07 
 
 
280 aa  81.6  0.00000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0693726 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3747  2-dehydropantoate 2-reductase  25.85 
 
 
293 aa  82  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0684201  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0902  2-dehydropantoate 2-reductase  32.18 
 
 
294 aa  80.5  0.00000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2003  2-dehydropantoate 2-reductase  30.27 
 
 
280 aa  80.5  0.00000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1698  2-dehydropantoate 2-reductase  22.88 
 
 
306 aa  78.6  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.656315  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0771  2-dehydropantoate 2-reductase  25.25 
 
 
309 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.794348  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2605  2-dehydropantoate 2-reductase  28.66 
 
 
314 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1855  2-dehydropantoate 2-reductase  24.03 
 
 
316 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0716  2-dehydropantoate 2-reductase  30.13 
 
 
310 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.379767 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  24.92 
 
 
309 aa  77.4  0.0000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000509369  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>