More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1351 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1351  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 		 305 aa  614  1e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.144072 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4373  2-dehydropantoate 2-reductase  98.36 
 
 		 305 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0586836 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4498  2-dehydropantoate 2-reductase  94.43 
 
 		 305 aa  579  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.774811  normal  0.6393 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0958  2-dehydropantoate 2-reductase  83.17 
 
 		 305 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4422  2-dehydropantoate 2-reductase  67.87 
 
 		 305 aa  408  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4088  2-dehydropantoate 2-reductase  67.32 
 
 		 306 aa  402  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.77552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0937  2-dehydropantoate 2-reductase  69.21 
 
 		 303 aa  392  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.21317 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4394  2-dehydropantoate 2-reductase  65.69 
 
 		 306 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.68453  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57160  2-dehydropantoate 2-reductase  65.67 
 
 		 303 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13400  2-dehydropantoate 2-reductase  65.22 
 
 		 297 aa  364  1e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4968  2-dehydropantoate 2-reductase  65 
 
 		 303 aa  362  4e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002696  2-dehydropantoate 2-reductase  32.99 
 
 		 296 aa  157  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0958  2-dehydropantoate 2-reductase  37.25 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1083  2-dehydropantoate 2-reductase  33.33 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000208134 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0768  2-dehydropantoate 2-reductase  33.12 
 
 		 324 aa  144  3e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000150905  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1894  2-dehydropantoate 2-reductase  33.56 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2889  2-dehydropantoate 2-reductase  34.71 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0892  2-dehydropantoate 2-reductase  34.88 
 
 		 303 aa  140  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.868359  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3184  2-dehydropantoate 2-reductase  33.56 
 
 		 303 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.547188  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3208  2-dehydropantoate 2-reductase  33.56 
 
 		 303 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000640508 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0457  2-dehydropantoate 2-reductase  33.56 
 
 		 303 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00373  2-dehydropantoate 2-reductase  33.56 
 
 		 303 aa  139  6e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00377  hypothetical protein  33.56 
 
 		 303 aa  139  6e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0461  2-dehydropantoate 2-reductase  33.56 
 
 		 303 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0497  2-dehydropantoate 2-reductase  33.56 
 
 		 303 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0347  2-dehydropantoate 2-reductase  33.56 
 
 		 303 aa  139  7.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0509  2-dehydropantoate 2-reductase  32.99 
 
 		 303 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.632143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0481  2-dehydropantoate 2-reductase  32.29 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.378498 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0494  2-dehydropantoate 2-reductase  32.29 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0475  2-dehydropantoate 2-reductase  32.29 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0536  2-dehydropantoate 2-reductase  32.29 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.127784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0473  2-dehydropantoate 2-reductase  32.29 
 
 		 303 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0708  2-dehydropantoate 2-reductase  33.56 
 
 		 311 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0809  2-dehydropantoate 2-reductase  34.49 
 
 		 326 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3726  2-dehydropantoate 2-reductase  33.22 
 
 		 312 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3535  2-dehydropantoate 2-reductase  33.68 
 
 		 311 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.40675  hitchhiker  0.0000949952 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3445  2-dehydropantoate 2-reductase  33.33 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000137485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3158  2-dehydropantoate 2-reductase  33.92 
 
 		 326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0816  2-dehydropantoate 2-reductase  32.06 
 
 		 320 aa  134  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0780  2-dehydropantoate 2-reductase  33.8 
 
 		 327 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.977069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3106  2-dehydropantoate 2-reductase  32.16 
 
 		 303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3248  2-dehydropantoate 2-reductase  32.16 
 
 		 303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3068  2-dehydropantoate 2-reductase  32.16 
 
 		 303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03288  2-dehydropantoate 2-reductase  30.24 
 
 		 296 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3603  2-dehydropantoate 2-reductase  32.53 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3817  2-dehydropantoate 2-reductase  34.72 
 
 		 327 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2895  2-dehydropantoate 2-reductase  34.6 
 
 		 306 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0400281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0942  2-dehydropantoate 2-reductase  29.43 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3080  2-dehydropantoate 2-reductase  33.22 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.850912  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1035  2-dehydropantoate 2-reductase  33.33 
 
 		 302 aa  125  8.000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.324105  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3276  2-dehydropantoate 2-reductase  32.99 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0272  2-dehydropantoate 2-reductase  29.43 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.300395  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3116  2-dehydropantoate 2-reductase  31.35 
 
 		 343 aa  124  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2262  2-dehydropantoate 2-reductase  29.15 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.354328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2559  2-dehydropantoate 2-reductase  34.75 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.195971 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0730  2-dehydropantoate 2-reductase  27.18 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2147  2-dehydropantoate 2-reductase  34.74 
 
 		 303 aa  112  6e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3648  2-dehydropantoate 2-reductase  29.77 
 
 		 319 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0849606  normal  0.0204343 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1362  2-dehydropantoate 2-reductase  28.14 
 
 		 294 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.274866  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02768  2-dehydropantoate 2-reductase  29.49 
 
 		 313 aa  109  7.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2032  2-dehydropantoate 2-reductase  27.11 
 
 		 315 aa  102  6e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1095  2-dehydropantoate 2-reductase  27.41 
 
 		 312 aa  102  7e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.82934  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0193  2-dehydropantoate 2-reductase  29.63 
 
 		 285 aa  101  1e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0380974  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2816  2-dehydropantoate 2-reductase  27.18 
 
 		 305 aa  95.5  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2839  2-dehydropantoate 2-reductase  27.67 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.748115 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2951  2-dehydropantoate 2-reductase  27.18 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5912  2-dehydropantoate 2-reductase  32.14 
 
 		 314 aa  94.4  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.579455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2735  2-dehydropantoate 2-reductase  27.67 
 
 		 305 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2776  2-dehydropantoate 2-reductase  27.67 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0462  2-dehydropantoate 2-reductase  30.32 
 
 		 303 aa  94  3e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2753  2-dehydropantoate 2-reductase  27.6 
 
 		 309 aa  93.6  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2605  2-dehydropantoate 2-reductase  31.17 
 
 		 314 aa  93.2  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1997  2-dehydropantoate 2-reductase  32.44 
 
 		 315 aa  92  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.515886 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6159  2-dehydropantoate 2-reductase  29.74 
 
 		 314 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1323  2-dehydropantoate 2-reductase  24.03 
 
 		 316 aa  90.9  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.684769  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0902  2-dehydropantoate 2-reductase  31.85 
 
 		 294 aa  90.9  3e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0716  2-dehydropantoate 2-reductase  30.69 
 
 		 310 aa  90.5  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.379767 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1891  2-dehydropantoate 2-reductase  31.46 
 
 		 313 aa  90.5  3e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.417292  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0375  hypothetical protein  28.2 
 
 		 302 aa  90.1  5e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2500  2-dehydropantoate 2-reductase  31.19 
 
 		 314 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.637616 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1970  2-dehydropantoate 2-reductase  31.19 
 
 		 314 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.181266  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2581  2-dehydropantoate 2-reductase  31.19 
 
 		 314 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.331281  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  27.39 
 
 		 309 aa  88.2  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000509369  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2629  2-dehydropantoate 2-reductase  32.05 
 
 		 314 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1998  2-dehydropantoate 2-reductase  31.75 
 
 		 310 aa  87.8  2e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0771  2-dehydropantoate 2-reductase  28 
 
 		 309 aa  87.4  3e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.794348  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  29.41 
 
 		 299 aa  86.3  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10586  2-dehydropantoate 2-reductase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G06390)  27.43 
 
 		 424 aa  86.3  6e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.873381  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1567  2-dehydropantoate 2-reductase  22.68 
 
 		 318 aa  86.3  6e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.62221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3687  2-dehydropantoate 2-reductase  33.8 
 
 		 302 aa  86.3  6e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1477  ketopantoate reductase  25.33 
 
 		 337 aa  85.5  0.000000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0377  2-dehydropantoate 2-reductase  22.04 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3920  2-dehydropantoate 2-reductase  29.7 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6528  2-dehydropantoate 2-reductase  28.62 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2486  2-dehydropantoate 2-reductase  30.94 
 
 		 319 aa  83.2  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.570621  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6243  2-dehydropantoate 2-reductase  28.28 
 
 		 316 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  29.84 
 
 		 301 aa  82.8  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2929  2-dehydropantoate 2-reductase  28.16 
 
 		 313 aa  82.4  0.000000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1881  2-dehydropantoate 2-reductase  28.63 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4967  ketopantoate reductase ApbA/PanE  30.62 
 
 		 299 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>