More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3716 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3716  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  100 
 
 		 247 aa  496  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.422774  normal  0.0121745 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1672  DNA-binding response regulator  95.95 
 
 		 247 aa  476  1e-133  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4245  two component transcriptional regulator  81.51 
 
 		 240 aa  389  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0492398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4222  two-component response regulator  75.42 
 
 		 236 aa  360  1e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.560932  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49440  two-component response regulator  74.58 
 
 		 236 aa  347  1e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000474992  normal  0.747521 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1193  two component transcriptional regulator  75 
 
 		 232 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0519929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3150  two component transcriptional regulator  74.37 
 
 		 249 aa  335  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.991698  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1181  winged helix family two component transcriptional regulator  73.25 
 
 		 232 aa  332  3e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.037877  normal  0.73042 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4235  two component transcriptional regulator  73.04 
 
 		 232 aa  332  4e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1211  two component transcriptional regulator  73.25 
 
 		 232 aa  332  4e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.676109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2321  two component transcriptional regulator  69.07 
 
 		 244 aa  327  2.0000000000000001e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.483652  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3392  two component transcriptional regulator  67.97 
 
 		 239 aa  313  9.999999999999999e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000345034  normal  0.431956 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0669  two component transcriptional regulator  67.53 
 
 		 239 aa  308  4e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.851863  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2022  two component transcriptional regulator  65.09 
 
 		 238 aa  296  2e-79  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.730555 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0196  two component transcriptional regulator  64.53 
 
 		 238 aa  295  4e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000815382  hitchhiker  0.00535544 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2325  two component transcriptional regulator  64.22 
 
 		 238 aa  295  6e-79  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0521181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3146  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  60 
 
 		 234 aa  260  2e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.119762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3571  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 		 232 aa  232  5e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000262211  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0437  response regulator receiver protein  51.97 
 
 		 237 aa  230  2e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.576272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0081  two component transcriptional regulator  51.32 
 
 		 244 aa  226  3e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3172  DNA-binding response regulator  48.68 
 
 		 238 aa  224  1e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0938  DNA-binding response regulator  47.46 
 
 		 234 aa  224  1e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000299191  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1104  two component transcriptional regulator  48.31 
 
 		 237 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00308001  normal  0.0226787 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3978  two component transcriptional regulator  46.88 
 
 		 234 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.832558 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3287  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.31 
 
 		 237 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000200523  normal  0.324308 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1002  two component transcriptional regulator  48.31 
 
 		 237 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000471824  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3391  two component transcriptional regulator  50.44 
 
 		 235 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1071  two component transcriptional regulator  48.31 
 
 		 237 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000676378  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0981  two component transcriptional regulator  47.66 
 
 		 237 aa  219  3e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0593139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0557  response regulator receiver  46.86 
 
 		 234 aa  219  3e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3498  putative two-component response regulator  52.17 
 
 		 235 aa  219  3e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0401889  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0896  two component transcriptional regulator  47.28 
 
 		 237 aa  219  3e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000189871  normal  0.423328 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05293  hypothetical protein  48.31 
 
 		 237 aa  219  3.9999999999999997e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000579  putative DNA-binding response regulator  48.9 
 
 		 237 aa  218  5e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00151616  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0844  two component transcriptional regulator  49.11 
 
 		 231 aa  218  6e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000690184  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3062  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  46.09 
 
 		 234 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41260  putative two-component response regulator  51.3 
 
 		 235 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.923976 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0749  two component transcriptional regulator  48.28 
 
 		 234 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.326027  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3501  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.28 
 
 		 234 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3690  two component transcriptional regulator  48.28 
 
 		 234 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.038332  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3569  two component transcriptional regulator  48.28 
 
 		 234 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.401849  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1030  two component transcriptional regulator  47.23 
 
 		 237 aa  217  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000542446  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3594  transcriptional regulatory protein RstA, putative  47.48 
 
 		 237 aa  217  1e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1010  two component transcriptional regulator  47.48 
 
 		 237 aa  217  1e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000199702  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3006  two component transcriptional regulator  47.48 
 
 		 237 aa  217  1e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000324706  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3087  two component transcriptional regulator  47.48 
 
 		 237 aa  217  1e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000126315  normal  0.467683 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3184  two component transcriptional regulator  47.48 
 
 		 237 aa  218  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0220819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2206  two component transcriptional regulator  48.78 
 
 		 246 aa  214  9e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.121597 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0878  two component transcriptional regulator  46.03 
 
 		 237 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00260237  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0305  two component transcriptional regulator  48.68 
 
 		 235 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4369  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 		 242 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0241221  normal  0.010909 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6157  two component transcriptional regulator  51.52 
 
 		 236 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0448783 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0473  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.42 
 
 		 229 aa  212  4.9999999999999996e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1280  two component transcriptional regulator  51.52 
 
 		 236 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121052  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6551  two component transcriptional regulator  51.52 
 
 		 236 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2191  DNA-binding response regulator  49.36 
 
 		 245 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0309  two component transcriptional regulator  48.68 
 
 		 235 aa  211  7e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1783  DNA-binding response regulator  49.36 
 
 		 252 aa  210  1e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0675  two component transcriptional regulator  48.57 
 
 		 245 aa  210  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.920274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2800  response regulator receiver protein  47.41 
 
 		 236 aa  210  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0122786  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0815  DNA-binding response regulator  49.36 
 
 		 236 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.576858  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1592  DNA-binding response regulator  49.36 
 
 		 236 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4886  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 236 aa  209  3e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000459632 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0550  two component transcriptional regulator  48.9 
 
 		 229 aa  209  3e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000958325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0031  DNA-binding response regulator  49.36 
 
 		 236 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.248418  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0936  DNA-binding response regulator  49.36 
 
 		 236 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0844  DNA-binding response regulator  49.36 
 
 		 236 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4939  two component transcriptional regulator  49.37 
 
 		 242 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795324  unclonable  0.0000173858 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3677  two component transcriptional regulator  49.58 
 
 		 262 aa  207  9e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.470907 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0752  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 236 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0109076 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5349  two component transcriptional regulator  49.36 
 
 		 236 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.656877  normal  0.0838777 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3429  two component transcriptional regulator  49.36 
 
 		 236 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.941234  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4408  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 242 aa  206  3e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0763742 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7054  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 236 aa  205  6e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1790  DNA-binding transcriptional regulator RstA  45.61 
 
 		 248 aa  203  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.704871  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3065  DNA-binding response regulator  44.74 
 
 		 237 aa  202  4e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00140102  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0290  response regulator receiver domain-containing protein  43.95 
 
 		 236 aa  201  9e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.870097  hitchhiker  0.0000582863 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1754  DNA-binding transcriptional regulator RstA  43.75 
 
 		 247 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618128  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3064  response regulator transcription regulator protein  46.72 
 
 		 243 aa  199  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.38417 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2892  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 		 233 aa  199  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  47.92 
 
 		 251 aa  198  5e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0934  DNA-binding response regulator  45.38 
 
 		 240 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2259  response regulator protein  45.38 
 
 		 288 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.625515  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1739  DNA-binding response regulator  46.22 
 
 		 240 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.203383  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1019  DNA-binding response regulator  45.38 
 
 		 240 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.79357  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1426  transcriptional regulatory protein RstA  44.77 
 
 		 248 aa  196  3e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.56 
 
 		 234 aa  196  3e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2275  DNA-binding transcriptional regulator RstA  44.81 
 
 		 245 aa  196  3e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00968308  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3142  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.66 
 
 		 245 aa  196  4.0000000000000005e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.237256  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.56 
 
 		 234 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2580  DNA-binding transcriptional regulator RstA  45.23 
 
 		 245 aa  195  5.000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  48 
 
 		 245 aa  195  6e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  47.03 
 
 		 241 aa  194  7e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.89 
 
 		 240 aa  194  1e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1032  response regulator  46.22 
 
 		 232 aa  191  8e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0894814  normal  0.523068 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  46.81 
 
 		 241 aa  191  1e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.81 
 
 		 241 aa  191  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2734  two component transcriptional regulator  48.73 
 
 		 237 aa  190  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.750395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2590  DNA-binding transcriptional regulator RstA  45.42 
 
 		 253 aa  190  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.3 
 
 		 251 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>