More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1879 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_1879  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
345 aa  683    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3249  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB, putative  80.24 
 
 
345 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0957202  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3536  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.03 
 
 
355 aa  503  1e-141  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.857231 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3866  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.56 
 
 
346 aa  497  1e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.92 
 
 
352 aa  497  1e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2705  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.83 
 
 
345 aa  494  9.999999999999999e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.86 
 
 
346 aa  486  1e-136  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.26 
 
 
358 aa  411  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1252  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  62.2 
 
 
356 aa  412  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1443  ABC transporter, permease protein  62.5 
 
 
330 aa  412  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1249  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.58 
 
 
352 aa  412  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.2 
 
 
356 aa  409  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.767005 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3776  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.89 
 
 
356 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.642947  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4018  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.28 
 
 
356 aa  408  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0210654  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.89 
 
 
356 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00157663  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5713  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.28 
 
 
356 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.076951 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.28 
 
 
356 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.598069 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.2 
 
 
356 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.8 
 
 
356 aa  403  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0519  ABC transporter, permease protein  62.04 
 
 
356 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.872577  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1391  ABC transporter, permease protein  62.04 
 
 
356 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0350688  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1275  ABC transporter, permease protein  62.04 
 
 
336 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.572487  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.42 
 
 
356 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2561  ABC transporter, permease protein  61.73 
 
 
356 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.26 
 
 
352 aa  398  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0522734  normal  0.204601 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0248  ABC transporter, permease protein  62.04 
 
 
356 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1310  ABC transporter, permease protein  62.04 
 
 
356 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38015  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1049  ABC transporter, permease protein  62.04 
 
 
356 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.04 
 
 
356 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0196  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  60.19 
 
 
356 aa  393  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0448682 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1029  dipeptide ABC transporter, permease protein  57.1 
 
 
357 aa  391  1e-108  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.234633  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0806  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppB  61.35 
 
 
356 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.557497  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.67 
 
 
356 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.38 
 
 
364 aa  387  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.592217 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.14 
 
 
383 aa  384  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1905  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.11 
 
 
365 aa  378  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.074595  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3887  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  56.79 
 
 
355 aa  378  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.25 
 
 
365 aa  371  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.285903  normal  0.173747 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5441  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.58 
 
 
364 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.582701  hitchhiker  0.00744073 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.8 
 
 
351 aa  373  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100967  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.35 
 
 
342 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.162218  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4179  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.97 
 
 
355 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.800769  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.35 
 
 
355 aa  368  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.42 
 
 
347 aa  367  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0789045  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1879  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.05 
 
 
342 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.240236  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.43 
 
 
336 aa  364  1e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3199  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.49 
 
 
369 aa  360  2e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.166157  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.31 
 
 
336 aa  353  4e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3740  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.92 
 
 
337 aa  351  1e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1918  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55 
 
 
333 aa  339  4e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0800  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.73 
 
 
356 aa  325  9e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.32 
 
 
360 aa  297  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.245336 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2057  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.06 
 
 
352 aa  291  9e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.239018  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3552  ABC dipeptide/oligopeptide/nickel transporter, permease protein  48.77 
 
 
349 aa  290  3e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3687  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.77 
 
 
349 aa  290  3e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4039  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter permease  48.77 
 
 
349 aa  290  3e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.91 
 
 
340 aa  285  5.999999999999999e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.03 
 
 
350 aa  276  3e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  44.07 
 
 
336 aa  274  1.0000000000000001e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  43.6 
 
 
336 aa  271  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
336 aa  271  1e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  42.07 
 
 
333 aa  270  4e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0717  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  43.33 
 
 
337 aa  268  8.999999999999999e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.529173  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.51 
 
 
336 aa  267  2e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.34 
 
 
334 aa  267  2e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1759  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.43 
 
 
347 aa  266  4e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.54 
 
 
346 aa  265  8.999999999999999e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0835992  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
336 aa  263  4e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.64 
 
 
338 aa  263  4e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.38 
 
 
334 aa  262  6e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.186843  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.84 
 
 
336 aa  261  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.38 
 
 
336 aa  258  1e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4050  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.73 
 
 
337 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.208624  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  42.25 
 
 
336 aa  258  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1691  alkaline phosphatase  41.46 
 
 
336 aa  256  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.218764 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.21 
 
 
334 aa  256  4e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  42.25 
 
 
336 aa  256  5e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4120  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.87 
 
 
338 aa  255  7e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0727691 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.74 
 
 
335 aa  255  8e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  42.25 
 
 
336 aa  255  9e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.73 
 
 
337 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.298379  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  42.25 
 
 
336 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4562  dipeptide ABC transporter, permease protein  42.64 
 
 
336 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  42.25 
 
 
336 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.51 
 
 
335 aa  254  2.0000000000000002e-66  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0268081  normal  0.497052 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.95 
 
 
336 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.34 
 
 
336 aa  253  3e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0349667  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  41.64 
 
 
336 aa  253  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  41.95 
 
 
336 aa  253  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.25 
 
 
336 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.25 
 
 
336 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  42.51 
 
 
336 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  42.51 
 
 
336 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  42.51 
 
 
336 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.34 
 
 
334 aa  249  4e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  42.51 
 
 
336 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  41.02 
 
 
336 aa  249  5e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  41.52 
 
 
337 aa  249  7e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  41.02 
 
 
336 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  42.12 
 
 
339 aa  248  2e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>