More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0130 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0113  ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 223 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.975917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 223 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.337726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  99.55 
 
 		 223 aa  434  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0851802 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  98.21 
 
 		 223 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00591896  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0066  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  90.09 
 
 		 224 aa  317  1e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6305  ABC transporter permease  89.4 
 
 		 225 aa  310  1e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72630  putative permease of ABC transporter  89.4 
 
 		 225 aa  310  1e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5261  D-methionine ABC transporter, permease protein  76.34 
 
 		 224 aa  302  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0282  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  75.45 
 
 		 224 aa  300  1e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72 
 
 		 225 aa  299  3e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.302856  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.08 
 
 		 222 aa  272  3e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.22 
 
 		 219 aa  256  2e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.388698  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03094  ABC transporter permease  60.81 
 
 		 231 aa  251  4.0000000000000004e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3767  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.49 
 
 		 221 aa  247  9e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.713286  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1975  ABC transporter permease protein  58.04 
 
 		 235 aa  238  4e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00271099  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.04 
 
 		 235 aa  238  5e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0083693  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3484  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.48 
 
 		 229 aa  220  9.999999999999999e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.529248  normal  0.672629 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3158  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.41 
 
 		 221 aa  215  4e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1772  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.42 
 
 		 222 aa  209  2e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.918282  hitchhiker  0.000827956 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0890  ABC transporter, permease protein  50 
 
 		 226 aa  203  1e-51  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.4 
 
 		 222 aa  201  6e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.45 
 
 		 217 aa  201  7e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000122974  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0858  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.4 
 
 		 222 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08270  ABC-type metal ion transport system, permease component  52.66 
 
 		 225 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.154439  normal  0.55012 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2018  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.6 
 
 		 224 aa  196  2.0000000000000003e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000432369 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0921  transmembrane ABC transporter protein  54.68 
 
 		 217 aa  193  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.773713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.09 
 
 		 225 aa  190  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000286975  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2418  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.46 
 
 		 223 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3537  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  52.97 
 
 		 228 aa  188  4e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0228117 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.89 
 
 		 246 aa  188  5e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.22 
 
 		 215 aa  188  5e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.771315  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.14 
 
 		 217 aa  188  7e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0565276  normal  0.49182 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.14 
 
 		 217 aa  187  9e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.302745  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.47 
 
 		 218 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.206806 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.47 
 
 		 218 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2987  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.69 
 
 		 217 aa  186  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.626863  hitchhiker  0.00236834 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.43 
 
 		 221 aa  186  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.622159 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2653  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.52 
 
 		 224 aa  186  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.68 
 
 		 217 aa  185  6e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2101  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.63 
 
 		 213 aa  185  6e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0114041  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.23 
 
 		 235 aa  184  7e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.104084  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2911  ABC transporter permease  47.62 
 
 		 217 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.144856  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34260  putative permease of ABC transporter  47.62 
 
 		 217 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0163975 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1438  ABC transporter, permease protein  48.15 
 
 		 218 aa  182  3e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.455899  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0547  methionine ABC transporter permease  48.15 
 
 		 218 aa  182  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.460496  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1868  ABC transporter, permease protein  48.15 
 
 		 218 aa  182  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.326462  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0449  methionine ABC transporter permease  48.15 
 
 		 218 aa  182  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.800882  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 		 218 aa  182  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.393989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0859  methionine ABC transporter permease  48.15 
 
 		 218 aa  182  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2175  methionine ABC transporter permease  48.15 
 
 		 218 aa  182  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3790  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.47 
 
 		 230 aa  180  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.481635  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0194  ABC transporter, permease protein  50 
 
 		 222 aa  180  1e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0175  ABC transporter permease  52.2 
 
 		 222 aa  180  1e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.713408  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0173  ABC transporter permease  52.2 
 
 		 222 aa  180  1e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.560116  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1771  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.91 
 
 		 221 aa  181  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.8 
 
 		 224 aa  181  1e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.07 
 
 		 218 aa  180  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.141892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2000  methionine transport system permease protein  54.12 
 
 		 218 aa  179  2.9999999999999997e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.445077  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0196  D-methionine ABC transporter, permease protein  54.12 
 
 		 218 aa  179  2.9999999999999997e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0854  ABC methionine transporter, inner membrane subunit  49.07 
 
 		 218 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0225125  hitchhiker  0.00619599 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0165  ABC transporter, permease  49.77 
 
 		 222 aa  177  8e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0312  ABC metal ion transporter, inner membrane subunit  50.74 
 
 		 218 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0428  ABC transporter, permease protein  51.24 
 
 		 225 aa  177  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004239  methionine ABC transporter permease protein  49.03 
 
 		 225 aa  176  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 		 221 aa  176  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0543007  normal  0.691436 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2537  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 		 221 aa  176  2e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567563  normal  0.226034 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0887  D-methionine transport system permease protein MetI  46.4 
 
 		 225 aa  176  3e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01201  hypothetical protein  49.03 
 
 		 225 aa  176  3e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1513  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.72 
 
 		 221 aa  175  6e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2344  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.72 
 
 		 221 aa  175  6e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.251109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.48 
 
 		 213 aa  174  8e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.560605 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.25 
 
 		 218 aa  174  9e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0782482  normal  0.823992 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.25 
 
 		 218 aa  174  9e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.233066  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.25 
 
 		 218 aa  174  9e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.808195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0968  D-methionine transport system permease protein MetI  50 
 
 		 213 aa  174  9e-43  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.72 
 
 		 221 aa  174  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.571471  hitchhiker  0.00153184 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0996  ABC methionine transporter, inner membrane subunit  55.31 
 
 		 217 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7231  ABC transporter membrane spanning protein  49.26 
 
 		 213 aa  172  5e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.238623  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.77 
 
 		 223 aa  171  5.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.396417  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2660  ABC transporter, permease protein  49.77 
 
 		 223 aa  171  5.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1548  ABC transporter permease  49.77 
 
 		 223 aa  171  5.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2366  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.19 
 
 		 217 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0812331  hitchhiker  0.00268015 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.87 
 
 		 217 aa  170  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.260973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4173  ABC metal ion transporter, inner membrane subunit  55.31 
 
 		 217 aa  170  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.325664  normal  0.434406 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0789  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.22 
 
 		 225 aa  170  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.81 
 
 		 220 aa  170  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.31 
 
 		 217 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2552  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  59.88 
 
 		 217 aa  170  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0581  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.31 
 
 		 217 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.713567  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.31 
 
 		 217 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0940  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.31 
 
 		 217 aa  169  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.464419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.98 
 
 		 217 aa  169  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0441885 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0936  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.31 
 
 		 217 aa  169  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2629  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 		 223 aa  169  3e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.26 
 
 		 217 aa  168  7e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.291848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4332  hypothetical protein  50 
 
 		 224 aa  168  7e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.362545  normal  0.101939 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31530  transmembrane ABC transporter protein  47.62 
 
 		 216 aa  168  8e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.668034  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.03 
 
 		 228 aa  167  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1797  hypothetical protein  56.28 
 
 		 215 aa  167  1e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1798  hypothetical protein  55.78 
 
 		 215 aa  167  1e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>