More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0743 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_0448  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  69.88 
 
 
872 aa  1242    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0363122  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2398  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  68.91 
 
 
1015 aa  1467    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.632036  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0447  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  75.72 
 
 
989 aa  1592    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.926177  hitchhiker  0.0000000581329 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2012  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  70.4 
 
 
1032 aa  1478    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1215  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  75.18 
 
 
990 aa  1533    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0929  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  75.25 
 
 
990 aa  1575    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.379173  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0743  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  100 
 
 
999 aa  2073    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.575824  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0134  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  67.06 
 
 
1015 aa  1407    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.363012 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3719  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  65.34 
 
 
1023 aa  1359    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3553  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  75.03 
 
 
984 aa  1546    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1088  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  64.46 
 
 
1025 aa  1341    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0870888  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2381  type I restriction-modification system, R subunit  70.4 
 
 
1032 aa  1478    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0897  HsdR-like, putative type I restriction deoxyribonuclease  36.5 
 
 
1294 aa  524  1e-147  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1841  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.92 
 
 
953 aa  513  1e-143  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5242  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  35.69 
 
 
974 aa  509  1e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0185  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.96 
 
 
929 aa  504  1e-141  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0180  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.96 
 
 
929 aa  504  1e-141  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.634319  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3349  type I restriction-modification system R subunit  34.98 
 
 
963 aa  494  9.999999999999999e-139  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.531995  normal  0.015033 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2474  type I restriction-modification system, R subunit  34.68 
 
 
930 aa  493  1e-137  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.081777  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1956  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family protein  36.57 
 
 
1037 aa  435  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160894  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1501  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.98 
 
 
1034 aa  434  1e-120  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.573056  normal  0.735582 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3473  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  36.83 
 
 
1037 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.72 
 
 
1033 aa  433  1e-120  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0502  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.34 
 
 
1015 aa  431  1e-119  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.840857 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1410  type I restriction enzyme EcoR124II R protein (R.EcoR124II)  33.97 
 
 
1031 aa  427  1e-118  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.643236  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0775  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.41 
 
 
1041 aa  425  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1853  type I restriction enzyme EcoR124II R protein  32.59 
 
 
989 aa  421  1e-116  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.95 
 
 
1016 aa  414  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831432  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1107  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.76 
 
 
1013 aa  416  1e-114  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2179  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.01 
 
 
1007 aa  410  1e-113  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2271  type I restriction-modification system endonuclease  31.81 
 
 
1009 aa  405  1e-111  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3053  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.54 
 
 
1038 aa  402  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0082  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.61 
 
 
1014 aa  399  1e-109  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0348133  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4396  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.44 
 
 
1038 aa  394  1e-108  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.806316  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0747  type I restriction-modification system restriction subunit  31.11 
 
 
996 aa  345  2e-93  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2726  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.62 
 
 
1041 aa  318  2e-85  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3955  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  34.34 
 
 
1042 aa  304  6.000000000000001e-81  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03160  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.39 
 
 
1077 aa  302  3e-80  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000937778 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1913  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.57 
 
 
1039 aa  299  1e-79  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0328667 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01119  type I restriction enzyme, R subunit  29.96 
 
 
1174 aa  298  2e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4384  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.45 
 
 
1061 aa  293  1e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4164  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.79 
 
 
1076 aa  283  8.000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160364 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4084  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.84 
 
 
1061 aa  265  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3538  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.8 
 
 
1082 aa  257  9e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0228194  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.73 
 
 
1075 aa  232  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0559  type I site-specific deoxyribonuclease, restriction subunit  32.67 
 
 
1066 aa  216  9.999999999999999e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.193671  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1962  type I site-specific restriction-modification system R subunit  25.17 
 
 
1095 aa  208  5e-52  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0447  type I restriction-modification system endonuclease  55.83 
 
 
163 aa  194  9e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00337855  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.35 
 
 
1024 aa  183  1e-44  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0402  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.11 
 
 
1055 aa  170  1e-40  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.9 
 
 
1027 aa  156  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0861  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.03 
 
 
1031 aa  155  5e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.46 
 
 
1034 aa  153  2e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0366  type I restriction-modification system, R subunit  24.59 
 
 
1039 aa  150  1.0000000000000001e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  26.22 
 
 
1030 aa  147  8.000000000000001e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3081  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.78 
 
 
1027 aa  146  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1775  type I restriction-modification system restriction subunit  23.29 
 
 
1041 aa  145  3e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  24.94 
 
 
1061 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.3 
 
 
1041 aa  144  9.999999999999999e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.32 
 
 
1029 aa  141  4.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.01 
 
 
1032 aa  139  2e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.3 
 
 
1074 aa  140  2e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.43 
 
 
1012 aa  139  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.53 
 
 
1074 aa  139  2e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7554  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.72 
 
 
1072 aa  138  6.0000000000000005e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  27 
 
 
1059 aa  138  6.0000000000000005e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4621  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.19 
 
 
1028 aa  138  6.0000000000000005e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.250071 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25 
 
 
1042 aa  137  9.999999999999999e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  25.47 
 
 
984 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0099  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  24.44 
 
 
1089 aa  135  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.26483  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.32 
 
 
984 aa  135  3e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.35 
 
 
1034 aa  135  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1115  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.73 
 
 
1107 aa  135  5e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2197  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.97 
 
 
1063 aa  134  6e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.511328  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2344  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.53 
 
 
1045 aa  134  7.999999999999999e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0184878 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2281  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.25 
 
 
986 aa  134  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000865916 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  25.59 
 
 
967 aa  133  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  25.59 
 
 
967 aa  132  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2218  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.41 
 
 
975 aa  132  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.93 
 
 
1044 aa  132  3e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0157  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.5 
 
 
1096 aa  131  6e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0948  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.5 
 
 
1054 aa  131  6e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000568458 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0245  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.59 
 
 
1038 aa  130  9.000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.49 
 
 
1070 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.111804  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  22.44 
 
 
1067 aa  128  6e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2687  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.79 
 
 
979 aa  127  8.000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1893  type I restriction-modification system, R subunit  23.67 
 
 
1069 aa  127  1e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.67 
 
 
1111 aa  126  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3082  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.24 
 
 
1085 aa  126  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  22.75 
 
 
855 aa  125  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2327  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.97 
 
 
1046 aa  125  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.279582  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.5 
 
 
1084 aa  125  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.44 
 
 
1084 aa  125  5e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  22.93 
 
 
1065 aa  124  9.999999999999999e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.1 
 
 
1044 aa  121  6e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3666  Type I site-specific deoxyribonuclease  30.61 
 
 
881 aa  119  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.616224  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  26.94 
 
 
1023 aa  117  6.9999999999999995e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.63 
 
 
1046 aa  117  7.999999999999999e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.91 
 
 
1084 aa  117  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1156  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.51 
 
 
974 aa  117  8.999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159677  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>