More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3875 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3875  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
294 aa  593  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.400709  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5031  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  83.33 
 
 
294 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.424029 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4476  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  81.57 
 
 
294 aa  501  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0500  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  81.63 
 
 
294 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0677  lipopolysaccharide biosynthesis protein, putative  82.13 
 
 
292 aa  497  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0535  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  81.63 
 
 
294 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11250  hypothetical protein  80.55 
 
 
294 aa  496  1e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0545  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  81.63 
 
 
308 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1032  hypothetical protein  81.1 
 
 
292 aa  497  1e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0553  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  80.61 
 
 
294 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.15699 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06570  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  78.69 
 
 
292 aa  471  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  25.94 
 
 
294 aa  124  2e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  25.6 
 
 
294 aa  123  4e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.85 
 
 
291 aa  122  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.55 
 
 
291 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.83 
 
 
291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.67 
 
 
310 aa  114  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3501  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.37 
 
 
299 aa  112  5e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.42914 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.9 
 
 
291 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2379  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.68 
 
 
290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.502871  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.03 
 
 
286 aa  108  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.92 
 
 
296 aa  107  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.71 
 
 
291 aa  107  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.8 
 
 
294 aa  107  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.46 
 
 
294 aa  107  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.17 
 
 
277 aa  106  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3546  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.63 
 
 
299 aa  105  9e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.26 
 
 
291 aa  105  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.57 
 
 
288 aa  104  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4188  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.68 
 
 
291 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.27 
 
 
294 aa  103  3e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.1 
 
 
290 aa  101  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.86 
 
 
287 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.69 
 
 
294 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.38 
 
 
296 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2239  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.99 
 
 
301 aa  99.4  6e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.562974 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3384  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.08 
 
 
294 aa  99  9e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.588115  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.69 
 
 
295 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.6 
 
 
293 aa  97.4  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3502  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.91 
 
 
292 aa  97.1  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.62 
 
 
285 aa  96.7  5e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6249  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.57 
 
 
294 aa  96.3  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0145241  normal  0.726802 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.49 
 
 
296 aa  95.5  9e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  23.79 
 
 
288 aa  95.5  9e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.04 
 
 
291 aa  95.1  1e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.94 
 
 
294 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6651  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.94 
 
 
294 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.15 
 
 
292 aa  94.4  2e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.46 
 
 
297 aa  94.4  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.51 
 
 
298 aa  94.7  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5508  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.14 
 
 
303 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.78 
 
 
284 aa  93.6  4e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.18 
 
 
302 aa  92.8  7e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2455  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.92 
 
 
287 aa  92.4  9e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3490  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.57 
 
 
296 aa  92  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.507089 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.46 
 
 
301 aa  92  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.03 
 
 
295 aa  90.9  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.34 
 
 
280 aa  90.5  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.12 
 
 
301 aa  90.1  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1276  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.38 
 
 
300 aa  90.1  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.95 
 
 
285 aa  90.1  4e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.03 
 
 
288 aa  90.1  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1182  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.36 
 
 
295 aa  89.7  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311336  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.74 
 
 
288 aa  89.4  6e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.78 
 
 
281 aa  89.4  7e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.16 
 
 
291 aa  89  9e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.97 
 
 
312 aa  88.6  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.24 
 
 
280 aa  87.4  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3692  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.52 
 
 
296 aa  87  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5837  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.85 
 
 
297 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.769717  normal  0.144839 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1537  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.78 
 
 
275 aa  86.7  4e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00194378  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.43 
 
 
276 aa  86.7  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1564  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.69 
 
 
298 aa  86.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1063  hypothetical protein  24.23 
 
 
290 aa  87  4e-16  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2318  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.89 
 
 
306 aa  86.3  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.101593 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.04 
 
 
290 aa  86.3  5e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.43 
 
 
280 aa  85.9  7e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  21.88 
 
 
293 aa  85.9  8e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.26 
 
 
286 aa  85.5  9e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4911  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.35 
 
 
280 aa  85.5  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.633474  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.71 
 
 
296 aa  85.1  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.11 
 
 
296 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.31 
 
 
296 aa  84.7  0.000000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.06 
 
 
300 aa  84.3  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.004454 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.65 
 
 
298 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2353  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.24 
 
 
296 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.404178  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.26 
 
 
294 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.26 
 
 
294 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.07 
 
 
295 aa  84  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.66 
 
 
296 aa  84  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.83 
 
 
296 aa  83.6  0.000000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2402  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.02 
 
 
286 aa  83.2  0.000000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.16 
 
 
306 aa  82.8  0.000000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2671  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.9 
 
 
296 aa  82.8  0.000000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0893912  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4002  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.9 
 
 
296 aa  82.8  0.000000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  25.38 
 
 
300 aa  82.4  0.000000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.52 
 
 
292 aa  81.6  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  20.65 
 
 
281 aa  81.6  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.28 
 
 
287 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.4 
 
 
308 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>