More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3312 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3312  formyltetrahydrofolate deformylase  100 
 
 		 283 aa  588  1e-167  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.929874  normal  0.815852 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4882  formyltetrahydrofolate deformylase  87.99 
 
 		 283 aa  527  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.784471  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38280  formyltetrahydrofolate deformylase  87.94 
 
 		 283 aa  527  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56060  formyltetrahydrofolate deformylase  88.34 
 
 		 283 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1367  formyltetrahydrofolate deformylase  86.22 
 
 		 283 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0129513  normal  0.181813 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1007  formyltetrahydrofolate deformylase  85.87 
 
 		 283 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000029138  hitchhiker  0.000000000000593821 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4447  formyltetrahydrofolate deformylase  86.22 
 
 		 283 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000794151  decreased coverage  0.00000544491 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4356  formyltetrahydrofolate deformylase  86.22 
 
 		 283 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000805788  normal  0.0308915 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4314  formyltetrahydrofolate deformylase  86.93 
 
 		 283 aa  519  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000262425  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4018  formyltetrahydrofolate deformylase  86.88 
 
 		 283 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0329939  normal  0.0297352 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4436  formyltetrahydrofolate deformylase  84.75 
 
 		 282 aa  510  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00849533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1020  formyltetrahydrofolate deformylase  73.67 
 
 		 284 aa  451  1.0000000000000001e-126  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1693  formyltetrahydrofolate deformylase  71.89 
 
 		 290 aa  432  1e-120  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2073  formyltetrahydrofolate deformylase  70 
 
 		 288 aa  424  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0345334  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2051  formyltetrahydrofolate deformylase  68.44 
 
 		 285 aa  414  9.999999999999999e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000424508  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1789  formyltetrahydrofolate deformylase  68.1 
 
 		 283 aa  410  1e-113  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0174  formyltetrahydrofolate deformylase  68.33 
 
 		 287 aa  406  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1740  formyltetrahydrofolate deformylase  66.9 
 
 		 286 aa  404  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5913  formyltetrahydrofolate deformylase  63.8 
 
 		 296 aa  388  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.779943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0584  formyltetrahydrofolate deformylase  64.34 
 
 		 291 aa  386  1e-106  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0056  formyltetrahydrofolate deformylase  63.48 
 
 		 289 aa  377  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.333172  normal  0.573023 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1352  formyltetrahydrofolate deformylase  61.79 
 
 		 282 aa  374  1e-102  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000782528  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4033  formyltetrahydrofolate deformylase  62.63 
 
 		 287 aa  372  1e-102  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.971472  hitchhiker  0.00329385 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0486  formyltetrahydrofolate deformylase  60.5 
 
 		 284 aa  372  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6765  formyltetrahydrofolate deformylase  56.64 
 
 		 291 aa  353  2.9999999999999997e-96  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0786  formyltetrahydrofolate deformylase  58.8 
 
 		 316 aa  348  8e-95  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02600  formyltetrahydrofolate deformylase  57.24 
 
 		 292 aa  345  4e-94  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.304695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2552  formyltetrahydrofolate deformylase  57.3 
 
 		 284 aa  335  3.9999999999999995e-91  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00445829 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4965  formyltetrahydrofolate deformylase  56.34 
 
 		 289 aa  330  2e-89  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00467  formyltetrahydrofolate deformylase  57.14 
 
 		 267 aa  328  6e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3654  formyltetrahydrofolate deformylase  56.18 
 
 		 290 aa  327  1.0000000000000001e-88  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0375  formyltetrahydrofolate deformylase  51.96 
 
 		 283 aa  315  7e-85  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2434  formyltetrahydrofolate deformylase  51.25 
 
 		 296 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2543  formyltetrahydrofolate deformylase  53.41 
 
 		 300 aa  300  2e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1488  formyltetrahydrofolate deformylase  55.63 
 
 		 296 aa  298  6e-80  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.973322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0556  formyltetrahydrofolate deformylase  50.18 
 
 		 297 aa  298  7e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1631  formyltetrahydrofolate deformylase  52.33 
 
 		 300 aa  297  1e-79  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043119  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1695  formyltetrahydrofolate deformylase  53.57 
 
 		 295 aa  297  1e-79  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0684131  normal  0.212705 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0323  formyltetrahydrofolate deformylase  54.26 
 
 		 286 aa  296  4e-79  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1837  formyltetrahydrofolate deformylase  50 
 
 		 290 aa  293  2e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.457824  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1522  formyltetrahydrofolate deformylase  53.38 
 
 		 287 aa  292  5e-78  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2099  formyltetrahydrofolate deformylase  51.24 
 
 		 289 aa  291  7e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.810337  normal  0.272125 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2012  formyltetrahydrofolate deformylase  50.35 
 
 		 287 aa  290  1e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0750038 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1110  formyltetrahydrofolate deformylase  51.07 
 
 		 303 aa  290  2e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.344472  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2419  formyltetrahydrofolate deformylase  51.61 
 
 		 287 aa  290  3e-77  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1795  formyltetrahydrofolate deformylase  50.71 
 
 		 286 aa  284  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1866  formyltetrahydrofolate deformylase  50.9 
 
 		 286 aa  283  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1951  formyltetrahydrofolate deformylase  50.9 
 
 		 286 aa  283  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2012  formyltetrahydrofolate deformylase  50.54 
 
 		 299 aa  282  4.0000000000000003e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.436066  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1977  formyltetrahydrofolate deformylase  48.56 
 
 		 284 aa  282  5.000000000000001e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0154  formyltetrahydrofolate deformylase  49.1 
 
 		 283 aa  280  2e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00603763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1008  formyltetrahydrofolate deformylase  48.57 
 
 		 284 aa  278  7e-74  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.394277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0189  formyltetrahydrofolate deformylase  47.14 
 
 		 284 aa  276  2e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00979575 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0523  formyltetrahydrofolate deformylase  49.29 
 
 		 289 aa  275  5e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4374  formyltetrahydrofolate deformylase  46.79 
 
 		 284 aa  275  5e-73  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4436  formyltetrahydrofolate deformylase  46.79 
 
 		 284 aa  275  5e-73  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.180137 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0706  formyltetrahydrofolate deformylase  49.29 
 
 		 282 aa  275  7e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0419  formyltetrahydrofolate deformylase  48.21 
 
 		 282 aa  273  2.0000000000000002e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0700542  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5709  formyltetrahydrofolate deformylase  48.56 
 
 		 287 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.506805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4352  formyltetrahydrofolate deformylase  50.88 
 
 		 299 aa  273  2.0000000000000002e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.157663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0428  formyltetrahydrofolate deformylase  48.21 
 
 		 282 aa  273  2.0000000000000002e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2613  formyltetrahydrofolate deformylase  48.94 
 
 		 294 aa  273  2.0000000000000002e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.705504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4904  formyltetrahydrofolate deformylase  48.94 
 
 		 294 aa  273  2.0000000000000002e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2544  formyltetrahydrofolate deformylase  48.75 
 
 		 282 aa  273  3e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.553017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0127  formyltetrahydrofolate deformylase  47.87 
 
 		 282 aa  273  3e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.236113  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1591  formyltetrahydrofolate deformylase  48.57 
 
 		 284 aa  272  4.0000000000000004e-72  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0638  formyltetrahydrofolate deformylase  46.76 
 
 		 287 aa  272  5.000000000000001e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2226  formyltetrahydrofolate deformylase  48.21 
 
 		 288 aa  270  1e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0326176  normal  0.659595 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1583  formyltetrahydrofolate deformylase  48.56 
 
 		 287 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1114  formyltetrahydrofolate deformylase  46.07 
 
 		 286 aa  270  1e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.851375  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3470  formyltetrahydrofolate deformylase  47.86 
 
 		 288 aa  270  2e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4234  formyltetrahydrofolate deformylase  46.26 
 
 		 284 aa  270  2e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.761125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2971  formyltetrahydrofolate deformylase  48.94 
 
 		 294 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.266607 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3457  formyltetrahydrofolate deformylase  47.7 
 
 		 284 aa  270  2e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0692  formyltetrahydrofolate deformylase  45.32 
 
 		 288 aa  270  2e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2454  formyltetrahydrofolate deformylase  47.86 
 
 		 288 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.160682  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1577  formyltetrahydrofolate deformylase  47.84 
 
 		 287 aa  269  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.621505 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0213  formyltetrahydrofolate deformylase  48.92 
 
 		 283 aa  269  4e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.543031 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2862  formyltetrahydrofolate deformylase  50 
 
 		 284 aa  267  1e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.413616  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4164  formyltetrahydrofolate deformylase  47.14 
 
 		 287 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.500211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0297  formyltetrahydrofolate deformylase  46.79 
 
 		 282 aa  267  1e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.338729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2326  formyltetrahydrofolate deformylase  45.94 
 
 		 284 aa  268  1e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0606  formyltetrahydrofolate deformylase  47.35 
 
 		 289 aa  266  2e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930988 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4704  formyltetrahydrofolate deformylase  46.79 
 
 		 289 aa  266  2.9999999999999995e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.452468  normal  0.348836 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4562  formyltetrahydrofolate deformylase  47.48 
 
 		 287 aa  265  4e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2382  formyltetrahydrofolate deformylase  48.21 
 
 		 285 aa  265  5e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0534  formyltetrahydrofolate deformylase  46.53 
 
 		 294 aa  265  5e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0414  formyltetrahydrofolate deformylase  47.7 
 
 		 294 aa  265  5e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175619 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1081  formyltetrahydrofolate deformylase  47.33 
 
 		 307 aa  265  5e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2891  formyltetrahydrofolate deformylase  47.33 
 
 		 283 aa  265  7e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.954133  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0944  formyltetrahydrofolate deformylase  47.87 
 
 		 294 aa  265  7e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2167  formyltetrahydrofolate deformylase  46.18 
 
 		 294 aa  265  7e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2781  formyltetrahydrofolate deformylase  46.18 
 
 		 294 aa  265  7e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.184484  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2603  formyltetrahydrofolate deformylase  47.87 
 
 		 294 aa  265  8e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426643  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00495  formyltetrahydrofolate deformylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G11620)  44.44 
 
 		 289 aa  265  8.999999999999999e-70  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.39908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2106  formyltetrahydrofolate deformylase  47.14 
 
 		 288 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.815168  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4112  formyltetrahydrofolate deformylase  47 
 
 		 289 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6004  formyltetrahydrofolate deformylase  46.95 
 
 		 293 aa  264  1e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.91162  normal  0.0315018 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3853  formyltetrahydrofolate deformylase  46.81 
 
 		 287 aa  264  1e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.565594  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1789  formyltetrahydrofolate deformylase  44.77 
 
 		 309 aa  264  1e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00390951  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>