More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2613 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2613  formyltetrahydrofolate deformylase  100 
 
 
294 aa  612  9.999999999999999e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.705504  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4904  formyltetrahydrofolate deformylase  100 
 
 
294 aa  612  9.999999999999999e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3310  formyltetrahydrofolate deformylase  77.89 
 
 
294 aa  500  1e-141  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2830  formyltetrahydrofolate deformylase  78.57 
 
 
294 aa  498  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.694192  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1628  formyltetrahydrofolate deformylase  79.79 
 
 
298 aa  497  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0459247  normal  0.542854 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6011  formyltetrahydrofolate deformylase  77.21 
 
 
294 aa  497  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4496  formyltetrahydrofolate deformylase  77.21 
 
 
294 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6579  formyltetrahydrofolate deformylase  75.17 
 
 
294 aa  489  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.4957  normal  0.0500835 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1458  formyltetrahydrofolate deformylase  75.51 
 
 
294 aa  489  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4206  formyltetrahydrofolate deformylase  75.85 
 
 
294 aa  488  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0944  formyltetrahydrofolate deformylase  76.19 
 
 
294 aa  486  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5642  formyltetrahydrofolate deformylase  75.17 
 
 
294 aa  484  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.60464  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2603  formyltetrahydrofolate deformylase  75.85 
 
 
294 aa  484  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426643  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0909  formyltetrahydrofolate deformylase  74.83 
 
 
294 aa  481  1e-135  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0852  formyltetrahydrofolate deformylase  74.83 
 
 
294 aa  481  1e-135  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631909  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6004  formyltetrahydrofolate deformylase  76.03 
 
 
293 aa  483  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.91162  normal  0.0315018 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2971  formyltetrahydrofolate deformylase  75.51 
 
 
294 aa  483  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.266607 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2094  formyltetrahydrofolate deformylase  76.79 
 
 
298 aa  480  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0689957  normal  0.0344586 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0648  formyltetrahydrofolate deformylase  59.29 
 
 
282 aa  351  8e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.101006  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0297  formyltetrahydrofolate deformylase  56.83 
 
 
282 aa  346  3e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.338729  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2544  formyltetrahydrofolate deformylase  56.63 
 
 
282 aa  340  1e-92  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.553017  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0609  formyltetrahydrofolate deformylase  56.47 
 
 
282 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0154  formyltetrahydrofolate deformylase  56.03 
 
 
283 aa  334  9e-91  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00603763  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0438  formyltetrahydrofolate deformylase  55.76 
 
 
282 aa  334  1e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0428  formyltetrahydrofolate deformylase  57.91 
 
 
282 aa  332  4e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1591  formyltetrahydrofolate deformylase  57.35 
 
 
284 aa  332  5e-90  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0419  formyltetrahydrofolate deformylase  57.91 
 
 
282 aa  332  5e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0700542  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0706  formyltetrahydrofolate deformylase  56.43 
 
 
282 aa  328  8e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4789  formyltetrahydrofolate deformylase  56.47 
 
 
285 aa  327  1.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.284642  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3290  formyltetrahydrofolate deformylase  56.47 
 
 
282 aa  327  1.0000000000000001e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.38752 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2106  formyltetrahydrofolate deformylase  55 
 
 
288 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.815168  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0189  formyltetrahydrofolate deformylase  54.48 
 
 
284 aa  327  2.0000000000000001e-88  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00979575 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2211  formyltetrahydrofolate deformylase  56.03 
 
 
288 aa  326  2.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.308703  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1883  formyltetrahydrofolate deformylase  57.24 
 
 
291 aa  327  2.0000000000000001e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0189555 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1081  formyltetrahydrofolate deformylase  57.86 
 
 
307 aa  326  3e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3590  formyltetrahydrofolate deformylase  57.14 
 
 
298 aa  326  3e-88  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2236  formyltetrahydrofolate deformylase  56.03 
 
 
288 aa  326  4.0000000000000003e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.0525619 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0411  formyltetrahydrofolate deformylase  54.98 
 
 
295 aa  325  4.0000000000000003e-88  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.789305  normal  0.762078 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4704  formyltetrahydrofolate deformylase  55.71 
 
 
289 aa  324  9e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.452468  normal  0.348836 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4112  formyltetrahydrofolate deformylase  56.74 
 
 
289 aa  323  3e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2074  formyltetrahydrofolate deformylase  56.03 
 
 
288 aa  322  5e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437396  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7341  formyltetrahydrofolate deformylase  57.14 
 
 
284 aa  322  6e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0997377  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0690  formyltetrahydrofolate deformylase  56.47 
 
 
286 aa  321  9.000000000000001e-87  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1873  formyltetrahydrofolate deformylase  56.03 
 
 
288 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00824927  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1752  formyltetrahydrofolate deformylase  56.03 
 
 
288 aa  320  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2111  formyltetrahydrofolate deformylase  54.68 
 
 
301 aa  319  3e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229424  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0606  formyltetrahydrofolate deformylase  56.03 
 
 
289 aa  318  5e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00930988 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5200  formyltetrahydrofolate deformylase  53.93 
 
 
281 aa  318  6e-86  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.569737 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3699  formyltetrahydrofolate deformylase  54.64 
 
 
303 aa  318  9e-86  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0127  formyltetrahydrofolate deformylase  54.45 
 
 
282 aa  318  9e-86  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.236113  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0213  formyltetrahydrofolate deformylase  53.99 
 
 
283 aa  317  1e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.543031 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0336  formyltetrahydrofolate deformylase  55.36 
 
 
287 aa  317  2e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1110  formyltetrahydrofolate deformylase  54.29 
 
 
303 aa  315  5e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.344472  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3457  formyltetrahydrofolate deformylase  53 
 
 
284 aa  315  5e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3621  formyltetrahydrofolate deformylase  52.14 
 
 
284 aa  315  6e-85  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.155921  normal  0.0233728 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0534  formyltetrahydrofolate deformylase  53.47 
 
 
294 aa  314  9e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232127  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3470  formyltetrahydrofolate deformylase  52.31 
 
 
288 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2862  formyltetrahydrofolate deformylase  56.68 
 
 
284 aa  313  1.9999999999999998e-84  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.413616  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8736  formyltetrahydrofolate deformylase  54.39 
 
 
294 aa  313  1.9999999999999998e-84  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.52802  normal  0.356392 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6111  formyltetrahydrofolate deformylase  53.31 
 
 
294 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.481987  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0777  formyltetrahydrofolate deformylase  54.9 
 
 
293 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0496  formyltetrahydrofolate deformylase  53.85 
 
 
293 aa  311  1e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.275042  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0607  formyltetrahydrofolate deformylase  54.9 
 
 
293 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0591  formyltetrahydrofolate deformylase  54.9 
 
 
293 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.232311  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2376  formyltetrahydrofolate deformylase  54.15 
 
 
293 aa  310  2e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0552536 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2167  formyltetrahydrofolate deformylase  52.61 
 
 
294 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2781  formyltetrahydrofolate deformylase  52.61 
 
 
294 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.184484  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2792  formyltetrahydrofolate deformylase  52.61 
 
 
294 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.329734 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3097  formyltetrahydrofolate deformylase  54.55 
 
 
293 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0066  formyltetrahydrofolate deformylase  54.55 
 
 
293 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2952  formyltetrahydrofolate deformylase  54.55 
 
 
293 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.855251  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1524  formyltetrahydrofolate deformylase  54.55 
 
 
293 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2226  formyltetrahydrofolate deformylase  52.5 
 
 
288 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0326176  normal  0.659595 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5709  formyltetrahydrofolate deformylase  53.38 
 
 
287 aa  307  1.0000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.506805  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3717  formyltetrahydrofolate deformylase  52.86 
 
 
309 aa  307  2.0000000000000002e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2699  formyltetrahydrofolate deformylase  52.61 
 
 
294 aa  306  3e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.622702  normal  0.252245 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2841  formyltetrahydrofolate deformylase  52.61 
 
 
294 aa  306  3e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0643  formyltetrahydrofolate deformylase  54.51 
 
 
284 aa  305  5.0000000000000004e-82  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2454  formyltetrahydrofolate deformylase  51.79 
 
 
288 aa  305  6e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.160682  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5203  formyltetrahydrofolate deformylase  52.88 
 
 
285 aa  305  6e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0645708 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3853  formyltetrahydrofolate deformylase  54.61 
 
 
287 aa  304  1.0000000000000001e-81  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.565594  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0452  formyltetrahydrofolate deformylase  51.79 
 
 
286 aa  304  1.0000000000000001e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2356  formyltetrahydrofolate deformylase  55.87 
 
 
285 aa  303  2.0000000000000002e-81  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3292  formyltetrahydrofolate deformylase  51.41 
 
 
292 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.68244  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28050  formyltetrahydrofolate deformylase  54.29 
 
 
302 aa  303  3.0000000000000004e-81  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0961827  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2891  formyltetrahydrofolate deformylase  51.96 
 
 
283 aa  301  6.000000000000001e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.954133  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00495  formyltetrahydrofolate deformylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G11620)  51.05 
 
 
289 aa  301  8.000000000000001e-81  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.39908  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0456  formyltetrahydrofolate deformylase  52.52 
 
 
285 aa  300  1e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4812  formyltetrahydrofolate deformylase  53.19 
 
 
290 aa  301  1e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896795  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0941  formyltetrahydrofolate deformylase  53.6 
 
 
283 aa  301  1e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.417344  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1188  formyltetrahydrofolate deformylase  52.5 
 
 
286 aa  300  1e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000131662 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2993  formyltetrahydrofolate deformylase  55.52 
 
 
280 aa  300  2e-80  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5913  formyltetrahydrofolate deformylase  53.93 
 
 
296 aa  300  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.779943  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0585  formyltetrahydrofolate deformylase  52.98 
 
 
294 aa  300  2e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6208  formyltetrahydrofolate deformylase  53.24 
 
 
285 aa  300  2e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1157  formyltetrahydrofolate deformylase  53.74 
 
 
284 aa  300  2e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.604603  normal  0.183465 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5699  formyltetrahydrofolate deformylase  53.17 
 
 
287 aa  300  2e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1303  formyltetrahydrofolate deformylase  52.43 
 
 
295 aa  300  2e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.154885 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5211  formyltetrahydrofolate deformylase  52.8 
 
 
294 aa  300  3e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.63387  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5074  formyltetrahydrofolate deformylase  52.8 
 
 
294 aa  300  3e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>