More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3223 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_4685  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  56.09 
 
 
687 aa  720    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1163  oxidoreductase, FAD-binding  71.22 
 
 
678 aa  985    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.832333  normal  0.0131556 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3326  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  55.39 
 
 
687 aa  683    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3322  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  51.75 
 
 
691 aa  644    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.102774  normal  0.138588 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5689  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-like, FMN-binding  62.04 
 
 
676 aa  799    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1181  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  69.6 
 
 
676 aa  934    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.169829 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5567  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  54.39 
 
 
690 aa  701    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.749864  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2763  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  52.28 
 
 
675 aa  644    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0926  putative oxidoreductase  54 
 
 
691 aa  693    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.217257  normal  0.217739 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3223  oxidoreductase FAD-binding subunit  100 
 
 
681 aa  1385    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.578797  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1197  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  70.63 
 
 
678 aa  982    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.870844  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4249  oxidoreductase FAD-binding subunit  70.93 
 
 
678 aa  959    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0662  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  51.83 
 
 
668 aa  633  1e-180  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.935867  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1346  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  53.1 
 
 
686 aa  634  1e-180  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.806534  normal  0.147049 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1127  oxidoreductase FAD-binding region  44.9 
 
 
711 aa  569  1e-161  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5080  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  44.3 
 
 
682 aa  503  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.644036  decreased coverage  0.000684551 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5418  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  43.66 
 
 
684 aa  487  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3574  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  44.14 
 
 
684 aa  480  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.323016  hitchhiker  0.00626441 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3850  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  43.83 
 
 
689 aa  481  1e-134  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.587017  normal  0.619403 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4692  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  45.02 
 
 
692 aa  478  1e-133  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3671  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  45.02 
 
 
692 aa  478  1e-133  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1107  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  40.03 
 
 
700 aa  475  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3434  oxidoreductase, FAD-binding  36.8 
 
 
674 aa  444  1e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000581743 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8512  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  55.03 
 
 
307 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261217  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0911  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  53.72 
 
 
317 aa  315  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.902577 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1058  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  53.59 
 
 
310 aa  314  2.9999999999999996e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0300031  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4730  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  54.18 
 
 
311 aa  311  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.115122  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4050  hypothetical protein  51.59 
 
 
330 aa  303  9e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.604915 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4951  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  55.07 
 
 
306 aa  297  4e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.869389  normal  0.245203 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4488  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  55.07 
 
 
305 aa  292  1e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4961  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  49.85 
 
 
323 aa  293  1e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43312  predicted protein  35.09 
 
 
627 aa  280  6e-74  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5004  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  50.33 
 
 
308 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.746781  normal  0.460279 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0646  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  49.37 
 
 
316 aa  273  6e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1905  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  45.71 
 
 
321 aa  265  2e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.203473  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2438  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  44.32 
 
 
713 aa  265  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.145248  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5039  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  48.53 
 
 
321 aa  263  6e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.418907 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4124  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  47.47 
 
 
306 aa  262  1e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0408  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein  48.22 
 
 
820 aa  258  3e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2103  hypothetical protein  45 
 
 
310 aa  234  5e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24820  hypothetical protein  44.03 
 
 
310 aa  231  4e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.447452  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3093  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  42.81 
 
 
304 aa  225  2e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0622009 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0798  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  42.39 
 
 
307 aa  224  4.9999999999999996e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.412829 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1070  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein  44.51 
 
 
714 aa  217  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.598361  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2668  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein  44.51 
 
 
399 aa  217  7e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2815  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein  44.51 
 
 
414 aa  216  9e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0108  hypothetical protein  43.93 
 
 
410 aa  209  1e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1269  hypothetical protein  43.93 
 
 
419 aa  209  1e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1307  hypothetical protein  42.86 
 
 
305 aa  207  4e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.350589  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1138  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  36.24 
 
 
412 aa  202  1.9999999999999998e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2815  MOSC domain-containing protein  39.31 
 
 
596 aa  200  7e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431802  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2660  MOSC ferredoxin--oxidoreductase  32.37 
 
 
581 aa  199  2.0000000000000003e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.841081  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4441  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  36.9 
 
 
445 aa  198  3e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1915  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  35.52 
 
 
353 aa  192  2e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.850882 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0497  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  33.24 
 
 
390 aa  188  3e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6438  MOSC domain containing protein  35.67 
 
 
586 aa  187  5e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2244  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  39.08 
 
 
313 aa  181  4e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.856574  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6656  MOSC domain containing protein  36.15 
 
 
586 aa  181  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.184916  normal  0.101753 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001340  ferredoxin-NADPH reductase  34.8 
 
 
605 aa  179  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3827  MOSC domain containing protein  35.5 
 
 
590 aa  177  5e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0143963  normal  0.074311 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1434  nitric oxide dioxygenase  33.51 
 
 
586 aa  174  5.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0387765  hitchhiker  0.00142823 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1223  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN- binding protein  39.6 
 
 
314 aa  172  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.821608  normal  0.0162302 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3068  MOSC domain containing protein  36.06 
 
 
588 aa  171  5e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1874  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  40.79 
 
 
284 aa  166  9e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05229  ferredoxin/oxidoreductase  34.1 
 
 
605 aa  164  7e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1914  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN- binding  36.04 
 
 
293 aa  160  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2337  hypothetical protein  33.13 
 
 
627 aa  158  3e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0315  hypothetical protein  33.94 
 
 
662 aa  155  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4621  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN- binding  35.18 
 
 
305 aa  154  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.07038 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1504  nitric oxide dioxygenase  37.8 
 
 
402 aa  153  1e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.266079  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3841  nitric oxide dioxygenase  37.01 
 
 
402 aa  151  3e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0504612  hitchhiker  0.000000000204687 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2544  nitric oxide dioxygenase  37.6 
 
 
411 aa  151  3e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06023  oxidoreductase, FAD-binding, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G07600)  26.59 
 
 
640 aa  151  4e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0324685 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5761  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:molybdopterin oxidoreductase:molydopterin dinucleotide-binding region:molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region:oxidoreductase FAD-binding region  31.08 
 
 
1142 aa  149  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1085  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  31.65 
 
 
702 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1372  nitric oxide dioxygenase  37.94 
 
 
402 aa  147  6e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0901987  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2468  oxidoreductase FAD-binding region  31.13 
 
 
625 aa  147  7.0000000000000006e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.82591  normal  0.524788 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3770  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  31.94 
 
 
585 aa  146  1e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708524  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1174  nitric oxide dioxygenase  34.84 
 
 
402 aa  146  1e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.631492  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3338  flavohemoprotein  37.41 
 
 
402 aa  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3293  flavohemoprotein  37.41 
 
 
402 aa  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3326  flavohemoprotein  37.41 
 
 
399 aa  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000871976  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1571  nitric oxide dioxygenase  36.11 
 
 
402 aa  144  4e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0701214  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2634  hypothetical protein  33.02 
 
 
616 aa  144  7e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.982432 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1294  flavohemoprotein  36.84 
 
 
402 aa  144  8e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5615  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  35.89 
 
 
403 aa  143  8e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51090  nitric oxide dioxygenase  43.33 
 
 
393 aa  143  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.901992  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3639  nitric oxide dioxygenase  36.78 
 
 
396 aa  143  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.994278 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0404  oxidoreductase, NAD/FAD/2Fe-2S iron-sulfur cluster binding protein  29.06 
 
 
373 aa  142  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363299  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2605  flavohemoprotein  37.04 
 
 
402 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1331  nitric oxide dioxygenase  35.71 
 
 
402 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2417  flavohemoprotein  37.04 
 
 
402 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0334  flavohemoprotein  37.04 
 
 
402 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1195  flavohemoprotein  37.04 
 
 
402 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.699532  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1330  nitric oxide dioxygenase  35.71 
 
 
402 aa  142  3e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6878  molybdopterin oxidoreductase  31.61 
 
 
1148 aa  141  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0354139  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1892  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  35.92 
 
 
294 aa  141  3e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.955311  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1540  nitric oxide dioxygenase  35.71 
 
 
402 aa  142  3e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000194856 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1610  nitric oxide dioxygenase  35.71 
 
 
402 aa  141  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000147718  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0756  flavohemoprotein  31.98 
 
 
248 aa  140  7e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000736085  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>