More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4249 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_1181  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  76.11 
 
 
676 aa  1019    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.169829 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1163  oxidoreductase, FAD-binding  89.38 
 
 
678 aa  1229    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.832333  normal  0.0131556 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1197  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  88.64 
 
 
678 aa  1223    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.870844  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4249  oxidoreductase FAD-binding subunit  100 
 
 
678 aa  1382    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5689  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-like, FMN-binding  57.94 
 
 
676 aa  734    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4685  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  53.81 
 
 
687 aa  679    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2763  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  52.46 
 
 
675 aa  645    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0926  putative oxidoreductase  51.89 
 
 
691 aa  669    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.217257  normal  0.217739 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1346  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  53.53 
 
 
686 aa  638    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.806534  normal  0.147049 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3326  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  52.84 
 
 
687 aa  648    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5567  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  52.56 
 
 
690 aa  675    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.749864  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3223  oxidoreductase FAD-binding subunit  70.93 
 
 
681 aa  987    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.578797  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3322  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  51.3 
 
 
691 aa  633  1e-180  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.102774  normal  0.138588 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0662  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  51.46 
 
 
668 aa  621  1e-176  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.935867  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1127  oxidoreductase FAD-binding region  41.7 
 
 
711 aa  532  1e-150  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5080  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  42.25 
 
 
682 aa  489  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.644036  decreased coverage  0.000684551 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5418  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  42.48 
 
 
684 aa  475  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3434  oxidoreductase, FAD-binding  37.15 
 
 
674 aa  469  1.0000000000000001e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000581743 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1107  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  40.73 
 
 
700 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3850  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  42.86 
 
 
689 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.587017  normal  0.619403 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3574  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  43.19 
 
 
684 aa  464  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.323016  hitchhiker  0.00626441 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4692  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  43.19 
 
 
692 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3671  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  43.19 
 
 
692 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1058  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  53.51 
 
 
310 aa  313  9e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0300031  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4730  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  52.7 
 
 
311 aa  311  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.115122  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0911  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  51.49 
 
 
317 aa  310  5e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.902577 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8512  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  51.85 
 
 
307 aa  310  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261217  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4961  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  51.24 
 
 
323 aa  305  2.0000000000000002e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4050  hypothetical protein  50.96 
 
 
330 aa  300  8e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.604915 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4951  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  53.36 
 
 
306 aa  298  2e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.869389  normal  0.245203 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4488  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  52.53 
 
 
305 aa  289  1e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5004  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  49.49 
 
 
308 aa  280  9e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.746781  normal  0.460279 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1905  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  45.51 
 
 
321 aa  270  7e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.203473  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4124  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  46.78 
 
 
306 aa  267  5e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43312  predicted protein  33.33 
 
 
627 aa  266  8.999999999999999e-70  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0408  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein  47.19 
 
 
820 aa  265  3e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0646  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  46.82 
 
 
316 aa  263  8.999999999999999e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5039  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  46.89 
 
 
321 aa  253  7e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.418907 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2438  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  41.93 
 
 
713 aa  253  1e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.145248  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2103  hypothetical protein  45.39 
 
 
310 aa  243  7e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3093  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  45.29 
 
 
304 aa  238  2e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0622009 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0798  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  43.55 
 
 
307 aa  236  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.412829 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24820  hypothetical protein  45.07 
 
 
310 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.447452  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1070  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein  46.23 
 
 
714 aa  231  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.598361  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2668  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein  45.54 
 
 
399 aa  229  9e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2815  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein  45.54 
 
 
414 aa  229  1e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0108  hypothetical protein  45.67 
 
 
410 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1269  hypothetical protein  45.67 
 
 
419 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1138  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  38.04 
 
 
412 aa  213  7.999999999999999e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1307  hypothetical protein  41.7 
 
 
305 aa  204  5e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.350589  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1915  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  34.9 
 
 
353 aa  198  3e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.850882 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2815  MOSC domain-containing protein  40.06 
 
 
596 aa  194  5e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431802  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1434  nitric oxide dioxygenase  35.64 
 
 
586 aa  192  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0387765  hitchhiker  0.00142823 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4441  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  37.11 
 
 
445 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2244  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  37.91 
 
 
313 aa  189  1e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.856574  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6656  MOSC domain containing protein  32.47 
 
 
586 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.184916  normal  0.101753 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1223  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN- binding protein  40 
 
 
314 aa  186  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.821608  normal  0.0162302 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6438  MOSC domain containing protein  35.07 
 
 
586 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2660  MOSC ferredoxin--oxidoreductase  31.17 
 
 
581 aa  179  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.841081  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3827  MOSC domain containing protein  35.68 
 
 
590 aa  178  3e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0143963  normal  0.074311 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0497  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  32.87 
 
 
390 aa  178  3e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3068  MOSC domain containing protein  32.12 
 
 
588 aa  173  1e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001340  ferredoxin-NADPH reductase  34.23 
 
 
605 aa  171  5e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05229  ferredoxin/oxidoreductase  33.63 
 
 
605 aa  163  9e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1874  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  39.86 
 
 
284 aa  163  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4621  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN- binding  34.75 
 
 
305 aa  160  6e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.07038 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2468  oxidoreductase FAD-binding region  33.42 
 
 
625 aa  159  1e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.82591  normal  0.524788 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1914  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN- binding  34.63 
 
 
293 aa  156  1e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0315  hypothetical protein  33.43 
 
 
662 aa  153  8.999999999999999e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2337  hypothetical protein  31.5 
 
 
627 aa  152  2e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5615  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  36.73 
 
 
403 aa  151  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06023  oxidoreductase, FAD-binding, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G07600)  27.33 
 
 
640 aa  151  4e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0324685 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1504  nitric oxide dioxygenase  32.71 
 
 
402 aa  151  5e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.266079  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3841  nitric oxide dioxygenase  33.08 
 
 
402 aa  150  7e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0504612  hitchhiker  0.000000000204687 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0856  nitric oxide dioxygenase  35.85 
 
 
409 aa  150  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0598047 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1085  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  32.58 
 
 
702 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2334  oxidoreductase FAD-binding subunit  30.95 
 
 
669 aa  149  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.896317 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2770  nitric oxide dioxygenase  32.52 
 
 
394 aa  146  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1892  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  34.86 
 
 
294 aa  146  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.955311  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4186  ferredoxin  33.14 
 
 
346 aa  145  3e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0195  oxidoreductase  32.21 
 
 
597 aa  144  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2544  nitric oxide dioxygenase  36.25 
 
 
411 aa  144  4e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5761  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:molybdopterin oxidoreductase:molydopterin dinucleotide-binding region:molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region:oxidoreductase FAD-binding region  30.46 
 
 
1142 aa  144  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3639  nitric oxide dioxygenase  35.63 
 
 
396 aa  144  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.994278 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0093  putative NADH oxidoreductase; putative nitric oxide dioxygenase  31.48 
 
 
670 aa  144  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.303734 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2905  fused nitric oxide dioxygenase and dihydropteridine reductase  33.78 
 
 
396 aa  144  7e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.690195 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1571  nitric oxide dioxygenase  32.45 
 
 
402 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0701214  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1540  nitric oxide dioxygenase  32.45 
 
 
402 aa  141  3e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000194856 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3397  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  30.6 
 
 
375 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00340  putative NADH oxidoreductase; putative nitric oxide dioxygenase  29.57 
 
 
585 aa  140  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1610  nitric oxide dioxygenase  32.45 
 
 
402 aa  139  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000147718  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0756  flavohemoprotein  31.43 
 
 
248 aa  140  1e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000736085  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1372  nitric oxide dioxygenase  31.7 
 
 
402 aa  139  2e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0901987  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1174  nitric oxide dioxygenase  32.33 
 
 
402 aa  139  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.631492  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0780  oxidoreductase, FAD-binding  31.43 
 
 
248 aa  139  2e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00269433  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1331  nitric oxide dioxygenase  32.08 
 
 
402 aa  138  3.0000000000000003e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1330  nitric oxide dioxygenase  32.08 
 
 
402 aa  138  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3770  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  32.01 
 
 
585 aa  139  3.0000000000000003e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708524  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0757  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  30.75 
 
 
358 aa  137  6.0000000000000005e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.123298  normal  0.178298 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1895  nitric oxide dioxygenase  38.75 
 
 
419 aa  137  7.000000000000001e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00231107  normal  0.14211 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>