More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1163 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1163  oxidoreductase, FAD-binding  100 
 
 
678 aa  1384    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.832333  normal  0.0131556 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1181  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  76.99 
 
 
676 aa  1032    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.169829 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3223  oxidoreductase FAD-binding subunit  71.22 
 
 
681 aa  994    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.578797  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5689  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-like, FMN-binding  58.97 
 
 
676 aa  759    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4685  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  53.36 
 
 
687 aa  680    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0926  putative oxidoreductase  51.3 
 
 
691 aa  664    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.217257  normal  0.217739 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1197  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  97.2 
 
 
678 aa  1333    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.870844  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4249  oxidoreductase FAD-binding subunit  89.38 
 
 
678 aa  1210    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5567  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  51.65 
 
 
690 aa  661    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.749864  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3326  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  52.4 
 
 
687 aa  640    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2763  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  51.34 
 
 
675 aa  633  1e-180  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1346  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  53.2 
 
 
686 aa  629  1e-179  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.806534  normal  0.147049 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3322  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  51.4 
 
 
691 aa  628  1e-179  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.102774  normal  0.138588 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0662  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  49.92 
 
 
668 aa  609  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.935867  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1127  oxidoreductase FAD-binding region  41.99 
 
 
711 aa  520  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5080  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  43.51 
 
 
682 aa  504  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.644036  decreased coverage  0.000684551 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5418  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  43.34 
 
 
684 aa  474  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3850  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  43.15 
 
 
689 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.587017  normal  0.619403 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4692  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  43.4 
 
 
692 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3671  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  43.4 
 
 
692 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3574  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  43.78 
 
 
684 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.323016  hitchhiker  0.00626441 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1107  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  39.89 
 
 
700 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3434  oxidoreductase, FAD-binding  36.85 
 
 
674 aa  463  1e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000581743 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1058  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  52.48 
 
 
310 aa  318  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0300031  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8512  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  52.53 
 
 
307 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261217  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4730  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  52.03 
 
 
311 aa  310  4e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.115122  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4951  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  53.36 
 
 
306 aa  300  5e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.869389  normal  0.245203 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0911  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  49.5 
 
 
317 aa  300  6e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.902577 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4961  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  50.62 
 
 
323 aa  297  3e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4488  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  53.54 
 
 
305 aa  296  1e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4050  hypothetical protein  48.55 
 
 
330 aa  294  4e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.604915 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5004  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  49.51 
 
 
308 aa  283  9e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.746781  normal  0.460279 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43312  predicted protein  34.38 
 
 
627 aa  271  2e-71  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4124  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  47.46 
 
 
306 aa  271  2.9999999999999997e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1905  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  45.48 
 
 
321 aa  269  1e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.203473  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0646  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  47.6 
 
 
316 aa  268  2.9999999999999995e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5039  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  47.7 
 
 
321 aa  262  2e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.418907 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0408  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein  46.51 
 
 
820 aa  259  9e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2438  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  43.1 
 
 
713 aa  256  8e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.145248  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3093  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  46.81 
 
 
304 aa  249  1e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0622009 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24820  hypothetical protein  46.38 
 
 
310 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.447452  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2103  hypothetical protein  45.07 
 
 
310 aa  242  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0798  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  44.01 
 
 
307 aa  240  5e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.412829 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1070  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein  46.2 
 
 
714 aa  229  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.598361  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2668  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein  46.2 
 
 
399 aa  228  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2815  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein  46.2 
 
 
414 aa  228  4e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1269  hypothetical protein  46.39 
 
 
419 aa  220  6e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0108  hypothetical protein  46.39 
 
 
410 aa  220  6e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1138  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  38.04 
 
 
412 aa  211  4e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4441  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  37.93 
 
 
445 aa  200  7e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1307  hypothetical protein  40.68 
 
 
305 aa  200  7.999999999999999e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.350589  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1915  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  35.09 
 
 
353 aa  197  4.0000000000000005e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.850882 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2815  MOSC domain-containing protein  40.47 
 
 
596 aa  192  1e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431802  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2244  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  38.93 
 
 
313 aa  189  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.856574  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1434  nitric oxide dioxygenase  35.2 
 
 
586 aa  185  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0387765  hitchhiker  0.00142823 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0497  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  32.67 
 
 
390 aa  183  8.000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1223  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN- binding protein  40.27 
 
 
314 aa  182  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.821608  normal  0.0162302 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2660  MOSC ferredoxin--oxidoreductase  31.77 
 
 
581 aa  177  6e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.841081  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6438  MOSC domain containing protein  35.06 
 
 
586 aa  176  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6656  MOSC domain containing protein  36.21 
 
 
586 aa  173  7.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.184916  normal  0.101753 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3827  MOSC domain containing protein  36.76 
 
 
590 aa  173  9e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0143963  normal  0.074311 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1874  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  39.5 
 
 
284 aa  169  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1914  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN- binding  37.1 
 
 
293 aa  168  2.9999999999999998e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001340  ferredoxin-NADPH reductase  34.82 
 
 
605 aa  168  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3068  MOSC domain containing protein  32.29 
 
 
588 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06023  oxidoreductase, FAD-binding, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G07600)  28.33 
 
 
640 aa  164  4.0000000000000004e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0324685 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4621  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN- binding  35.41 
 
 
305 aa  163  8.000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.07038 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05229  ferredoxin/oxidoreductase  34.13 
 
 
605 aa  161  3e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4186  ferredoxin  34.78 
 
 
346 aa  154  5e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1892  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  36.49 
 
 
294 aa  153  8.999999999999999e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.955311  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2770  nitric oxide dioxygenase  33.8 
 
 
394 aa  152  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0315  hypothetical protein  33.73 
 
 
662 aa  153  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2468  oxidoreductase FAD-binding region  33.42 
 
 
625 aa  153  1e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.82591  normal  0.524788 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3841  nitric oxide dioxygenase  33.46 
 
 
402 aa  151  4e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0504612  hitchhiker  0.000000000204687 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1504  nitric oxide dioxygenase  32.71 
 
 
402 aa  150  9e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.266079  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5615  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  35.92 
 
 
403 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5247  nitric oxide dioxygenase  35.62 
 
 
403 aa  148  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0560073  normal  0.479596 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2337  hypothetical protein  31.43 
 
 
627 aa  147  7.0000000000000006e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1085  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  32.72 
 
 
702 aa  146  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0856  nitric oxide dioxygenase  33.33 
 
 
409 aa  145  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0598047 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2905  fused nitric oxide dioxygenase and dihydropteridine reductase  34.01 
 
 
396 aa  145  3e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.690195 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1571  nitric oxide dioxygenase  32.83 
 
 
402 aa  144  6e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0701214  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0093  putative NADH oxidoreductase; putative nitric oxide dioxygenase  30.86 
 
 
670 aa  144  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.303734 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0757  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  31.73 
 
 
358 aa  144  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.123298  normal  0.178298 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0195  oxidoreductase  31.53 
 
 
597 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2468  ferredoxin  33.24 
 
 
344 aa  142  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1540  nitric oxide dioxygenase  32.83 
 
 
402 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000194856 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2544  nitric oxide dioxygenase  36.08 
 
 
411 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1610  nitric oxide dioxygenase  32.83 
 
 
402 aa  140  6e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000147718  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3639  nitric oxide dioxygenase  35.39 
 
 
396 aa  140  6e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.994278 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1895  nitric oxide dioxygenase  38.87 
 
 
419 aa  140  7e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00231107  normal  0.14211 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1331  nitric oxide dioxygenase  32.45 
 
 
402 aa  139  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1330  nitric oxide dioxygenase  32.45 
 
 
402 aa  139  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2334  oxidoreductase FAD-binding subunit  31.17 
 
 
669 aa  139  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.896317 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0190  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  40.23 
 
 
393 aa  139  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5531  nitric oxide dioxygenase  35.66 
 
 
403 aa  139  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.313163 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3770  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  32.29 
 
 
585 aa  138  3.0000000000000003e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708524  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5128  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  32.19 
 
 
351 aa  138  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.243235  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1174  nitric oxide dioxygenase  32.33 
 
 
402 aa  138  3.0000000000000003e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.631492  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1372  nitric oxide dioxygenase  31.7 
 
 
402 aa  138  3.0000000000000003e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0901987  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>