More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3898 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3898  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  622  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.522944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2032  LysR family transcriptional regulator  88.08 
 
 		 302 aa  537  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3902  LysR family transcriptional regulator  62.05 
 
 		 319 aa  397  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1772  LysR family transcriptional regulator  63.67 
 
 		 323 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.6565  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1152  LysR family transcriptional regulator  64.07 
 
 		 320 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1305  LysR family transcriptional regulator  62.46 
 
 		 320 aa  388  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764905  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0254  LysR family transcriptional regulator  63.67 
 
 		 323 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2081  LysR family transcriptional regulator  63.73 
 
 		 320 aa  387  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.11964  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1161  LysR family transcriptional regulator  63.67 
 
 		 323 aa  387  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0467249  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2065  LysR family transcriptional regulator  61.51 
 
 		 318 aa  390  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1144  LysR family transcriptional regulator  64.07 
 
 		 320 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1223  LysR family transcriptional regulator  60.53 
 
 		 318 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0770  LysR family transcriptional regulator  60.53 
 
 		 318 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.973031  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1683  LysR family transcriptional regulator  63.67 
 
 		 323 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0193555  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2533  LysR family transcriptional regulator  63.73 
 
 		 320 aa  387  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.732036  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1251  LysR family transcriptional regulator  60.53 
 
 		 318 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.392675  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0699  LysR family transcriptional regulator  63.39 
 
 		 320 aa  384  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4389  LysR family transcriptional regulator  59.87 
 
 		 318 aa  385  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1142  LysR family transcriptional regulator  60.53 
 
 		 318 aa  386  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.26532 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1130  LysR family transcriptional regulator  60.53 
 
 		 318 aa  386  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1101  LysR family transcriptional regulator  60.92 
 
 		 277 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0765049  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0325  LysR family transcriptional regulator  60.92 
 
 		 277 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0099  LysR family transcriptional regulator  60.92 
 
 		 277 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2847  LysR family transcriptional regulator  40.92 
 
 		 323 aa  240  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.109493  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2070  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 327 aa  236  3e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.83599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7812  transcriptional regulator, LysR family  40.74 
 
 		 317 aa  223  4e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4670  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 317 aa  205  8e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632106  hitchhiker  0.00186288 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1244  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0599  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 312 aa  125  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 323 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 299 aa  99  8e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  30.08 
 
 		 286 aa  98.2  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 296 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 289 aa  97.4  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 299 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 297 aa  95.9  8e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  27.31 
 
 		 299 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  27.31 
 
 		 299 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  26.89 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  26.89 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  26.89 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  28.03 
 
 		 301 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  28.03 
 
 		 301 aa  94.4  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1831  transcriptional regulator, LysR family  23.18 
 
 		 298 aa  94  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 315 aa  94  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 315 aa  92.8  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  27.17 
 
 		 297 aa  92.8  7e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 314 aa  92.4  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 296 aa  92.4  9e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1440  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 296 aa  92.4  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  27.73 
 
 		 305 aa  91.7  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  25.56 
 
 		 292 aa  92  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7143  transcriptional regulator, LysR family  28.98 
 
 		 295 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297032  normal  0.653171 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 306 aa  89.7  5e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0855  LysR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 308 aa  89.4  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.931414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  28.68 
 
 		 303 aa  89  9e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 297 aa  88.2  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 316 aa  88.6  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4645  transcriptional regulator, LysR family  29.06 
 
 		 300 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0270127  normal  0.686665 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2778  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 302 aa  87.4  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23055  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  27.5 
 
 		 307 aa  87.4  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 318 aa  87.8  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  20.55 
 
 		 294 aa  87.8  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 308 aa  87.4  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0927  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 302 aa  87  4e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  29.23 
 
 		 310 aa  87  4e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  25.78 
 
 		 291 aa  86.7  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 295 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3612  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 296 aa  86.3  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 297 aa  86.3  7e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1566  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  86.3  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 326 aa  86.3  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 301 aa  85.9  8e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 301 aa  85.9  8e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 301 aa  85.9  8e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 312 aa  85.9  9e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  25.1 
 
 		 316 aa  85.9  9e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 298 aa  85.5  9e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  28.98 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 299 aa  85.5  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1421  transcriptional regulator, LysR family  27.93 
 
 		 311 aa  85.5  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 319 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.15 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  26.15 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0620  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.37658  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  26.15 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  26.15 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  27.09 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>