More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0302 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0302  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
236 aa  476  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186456  normal  0.262092 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80.51 
 
 
236 aa  397  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.235673  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.27 
 
 
236 aa  383  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.281414  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.27 
 
 
236 aa  378  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.27 
 
 
236 aa  377  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.330644  normal  0.646383 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5126  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.69 
 
 
236 aa  370  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.32 
 
 
236 aa  367  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.823656 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75 
 
 
236 aa  365  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.34 
 
 
237 aa  350  1e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4885  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.51 
 
 
235 aa  349  2e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0155643  normal  0.460753 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8438  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.19 
 
 
236 aa  346  2e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3948  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.76 
 
 
236 aa  344  7e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.206698  normal  0.50217 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.8 
 
 
235 aa  340  9e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1615  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.64 
 
 
235 aa  338  4e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.25 
 
 
236 aa  329  3e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.96 
 
 
237 aa  328  4e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.23 
 
 
237 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.138862 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.68 
 
 
236 aa  325  3e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.345333 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3892  putative oxidoreductase  47.95 
 
 
244 aa  230  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.300054  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.75 
 
 
241 aa  226  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0818645 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.21 
 
 
241 aa  226  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.32 
 
 
241 aa  225  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.682168  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.51 
 
 
241 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.183827 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase, putative  47.93 
 
 
243 aa  222  3e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.64 
 
 
246 aa  215  4e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.596846  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3414  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.53 
 
 
247 aa  215  4e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.47 
 
 
244 aa  210  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.626733  normal  0.253561 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.64 
 
 
244 aa  204  9e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.977766  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3225  bacilysin biosynthesis oxidoreductase BacC  45.38 
 
 
242 aa  203  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.15 
 
 
248 aa  196  3e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.58 
 
 
244 aa  181  1e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
253 aa  177  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.92 
 
 
244 aa  176  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.202963  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0908  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.25 
 
 
257 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.117831  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7850  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
256 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
260 aa  149  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
252 aa  148  8e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
255 aa  146  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1589  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.8 
 
 
243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.511722  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.95 
 
 
263 aa  143  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
253 aa  142  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
269 aa  142  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.95 
 
 
263 aa  142  4e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.1 
 
 
250 aa  141  8e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0348  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.33 
 
 
244 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.708158  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 
247 aa  139  4.999999999999999e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.62 
 
 
255 aa  137  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185948  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
274 aa  137  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.446578 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.02 
 
 
247 aa  137  2e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.37 
 
 
249 aa  137  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
269 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1936  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39 
 
 
245 aa  135  4e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000245701  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.74 
 
 
254 aa  135  5e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  36 
 
 
254 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
265 aa  135  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
254 aa  135  8e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
262 aa  134  9e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
255 aa  134  9e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  36.44 
 
 
256 aa  134  9.999999999999999e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
247 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0433  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.47 
 
 
244 aa  134  9.999999999999999e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00087459  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.76 
 
 
245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
260 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.98 
 
 
244 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0392  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  34.57 
 
 
258 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1744  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.67 
 
 
245 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000000109109  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.41 
 
 
246 aa  133  3e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
258 aa  133  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  35.08 
 
 
247 aa  133  3e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0396  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  34.57 
 
 
258 aa  133  3e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
255 aa  132  5e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.25 
 
 
246 aa  132  5e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
264 aa  132  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
255 aa  132  5e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
248 aa  132  6e-30  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  34.68 
 
 
247 aa  132  6e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.41 
 
 
246 aa  132  6e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.84 
 
 
246 aa  131  9e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
262 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.1 
 
 
245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1531  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.47 
 
 
249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.356437 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  34.44 
 
 
249 aa  129  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.92 
 
 
247 aa  129  3e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
253 aa  129  3e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  33.47 
 
 
258 aa  130  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1384  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
257 aa  129  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.981738  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
246 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0313  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.51 
 
 
243 aa  129  4.0000000000000003e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0118  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  32.78 
 
 
256 aa  129  5.0000000000000004e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
246 aa  129  5.0000000000000004e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3969  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
253 aa  128  6e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.71 
 
 
239 aa  128  6e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
283 aa  128  8.000000000000001e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.419965  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
253 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0345  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.05 
 
 
248 aa  127  1.0000000000000001e-28  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07016  oxidoreductase  32.94 
 
 
256 aa  127  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
253 aa  127  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.237012  normal  0.451819 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>