More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3921 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2699  serine-glyoxylate aminotransferase  79.29 
 
 		 396 aa  646    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.734695  normal  0.425338 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3308  serine-glyoxylate aminotransferase  81.31 
 
 		 398 aa  683    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.662608  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3921  Serine--glyoxylate transaminase  100 
 
 		 396 aa  813    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2602  serine-glyoxylate aminotransferase  77.12 
 
 		 396 aa  626  1e-178  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0190637  normal  0.923656 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6210  Serine--glyoxylate transaminase  75 
 
 		 396 aa  595  1e-169  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.164021 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1388  serine-glyoxylate aminotransferase  63.05 
 
 		 391 aa  530  1e-149  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0887  serine--glyoxylate transaminase  62.37 
 
 		 396 aa  526  1e-148  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.894708 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0981  aminotransferase, class V  62.79 
 
 		 391 aa  525  1e-148  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1714  aminotransferase class V  57.58 
 
 		 396 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.280776 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7112  aminotransferase class V  56.78 
 
 		 417 aa  455  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103015  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3261  serine-glyoxylate aminotransferase  56.42 
 
 		 415 aa  451  1e-125  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.491157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6552  Serine--glyoxylate transaminase  55.5 
 
 		 417 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.323999 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5929  Serine--glyoxylate transaminase  54.91 
 
 		 421 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.293616  normal  0.115656 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1406  serine--glyoxylate aminotransferase  55.58 
 
 		 395 aa  444  1e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.600675  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3670  aminotransferase class V  53.73 
 
 		 402 aa  421  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.569732 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2489  putative serine--glyoxylate aminotransferase  55.59 
 
 		 400 aa  421  1e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2131  aminotransferase class V  52.3 
 
 		 402 aa  409  1e-113  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.404443 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1795  Serine--glyoxylate transaminase  52.3 
 
 		 402 aa  409  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.307754 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1747  aminotransferase class V  52.19 
 
 		 402 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.223279 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6959  Serine--glyoxylate transaminase  47.96 
 
 		 406 aa  369  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.987633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3001  Serine--glyoxylate transaminase  46.68 
 
 		 406 aa  359  4e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000231297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0923  aminotransferase, class V  47.03 
 
 		 401 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000440044  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3022  aminotransferase, class V  46.82 
 
 		 406 aa  350  2e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.376021 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5630  Serine-glyoxylate aminotransferase (SGAT)  46.65 
 
 		 401 aa  350  2e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5140  aminotransferase, class V  46.32 
 
 		 406 aa  349  5e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2753  aminotransferase, class V  45.41 
 
 		 406 aa  348  1e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.320291 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5729  Serine-glyoxylate aminotransferase  46.32 
 
 		 401 aa  346  3e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4253  Serine--glyoxylate transaminase  45.55 
 
 		 406 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.340668  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2906  aminotransferase class V  44.9 
 
 		 414 aa  343  2e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2804  Serine--glyoxylate transaminase  43.8 
 
 		 399 aa  343  4e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.19938  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0602  Serine--glyoxylate transaminase  43.34 
 
 		 394 aa  342  9e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2413  aminotransferase, class V  42.39 
 
 		 415 aa  340  4e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0849168 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3325  serine--glyoxylate aminotransferase  44.88 
 
 		 422 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3052  Serine--glyoxylate transaminase  44.47 
 
 		 413 aa  336  3.9999999999999995e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160259 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0548  Serine--glyoxylate transaminase  45.55 
 
 		 403 aa  336  3.9999999999999995e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3524  Serine--glyoxylate transaminase  44.72 
 
 		 398 aa  331  1e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.119567  normal  0.298821 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4717  Serine--glyoxylate transaminase  44.68 
 
 		 391 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393654 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5728  serine-glyoxylate aminotransferase  42.53 
 
 		 395 aa  325  1e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.474874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3418  Serine--glyoxylate transaminase  45.91 
 
 		 400 aa  324  2e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3400  Serine--glyoxylate transaminase  44.85 
 
 		 402 aa  323  3e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4200  aminotransferase class V  44.42 
 
 		 391 aa  323  3e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.357141 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4570  Serine--glyoxylate transaminase  44.16 
 
 		 391 aa  320  3e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0189325 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2767  aminotransferase class V  45.55 
 
 		 397 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169864  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3486  Serine--glyoxylate transaminase  45.84 
 
 		 397 aa  319  6e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.415302  normal  0.243284 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1162  aminotransferase, class V  42.74 
 
 		 398 aa  318  7.999999999999999e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000700049  normal  0.406686 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4911  aminotransferase class V  45.05 
 
 		 397 aa  297  3e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4373  Serine--glyoxylate transaminase  44.77 
 
 		 397 aa  291  2e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.150786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1383  aminotransferase, class V  39.73 
 
 		 384 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000831703  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1369  Serine--glyoxylate transaminase  43.12 
 
 		 397 aa  285  8e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1429  aminotransferase class V  39.2 
 
 		 384 aa  278  9e-74  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.126435  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4341  aminotransferase class V  42.15 
 
 		 382 aa  275  8e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.182025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0019  Serine--glyoxylate transaminase  38.56 
 
 		 388 aa  275  1.0000000000000001e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000322298  hitchhiker  0.00000185369 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3167  Serine--glyoxylate transaminase  39.67 
 
 		 385 aa  270  2.9999999999999997e-71  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.131097 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0103  class V aminotransferase  39.95 
 
 		 382 aa  267  2.9999999999999995e-70  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2630  aminotransferase class V  38.85 
 
 		 382 aa  266  4e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3486  aminotransferase class V  38.85 
 
 		 382 aa  266  4e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0013  aminotransferase, class V  39.01 
 
 		 385 aa  266  5e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00141675  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0945  Serine--pyruvate transaminase  40.06 
 
 		 386 aa  265  8.999999999999999e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0754728  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0008  serine--glyoxylate transaminase  36.55 
 
 		 383 aa  264  2e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0160251  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00351  soluble hydrogenase small subunit  36.98 
 
 		 385 aa  263  4e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.269173 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3803  aminotransferase class V  36.6 
 
 		 384 aa  260  3e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0836  phosphoserine aminotransferase / L-aspartate aminotransferase  37.4 
 
 		 400 aa  258  1e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.259424  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0011  aminotransferase, class V  38.18 
 
 		 384 aa  255  1.0000000000000001e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000196245  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1188  aminotransferase class V  36.62 
 
 		 383 aa  254  2.0000000000000002e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.26379  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0191  Serine--glyoxylate transaminase  38.32 
 
 		 382 aa  254  2.0000000000000002e-66  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.746637 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0111  aminotransferase, class V  36.62 
 
 		 380 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11530  L-aspartate aminotransferase;phosphoserine aminotransferase  36.32 
 
 		 384 aa  251  2e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000426602  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00331  soluble hydrogenase small subunit  34.83 
 
 		 384 aa  249  5e-65  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.417582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1361  soluble hydrogenase small subunit  34.83 
 
 		 384 aa  248  1e-64  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0009  aminotransferase class V  39.37 
 
 		 383 aa  247  2e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00341  soluble hydrogenase small subunit  35.54 
 
 		 387 aa  245  9.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1504  aminotransferase class V  34.92 
 
 		 379 aa  245  9.999999999999999e-64  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0257  response regulator receiver protein  34.36 
 
 		 382 aa  244  1.9999999999999999e-63  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00341  soluble hydrogenase small subunit  37.1 
 
 		 387 aa  244  3e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0040  soluble hydrogenase small subunit  38.68 
 
 		 397 aa  243  5e-63  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1351  aminotransferase class V  38.26 
 
 		 363 aa  243  6e-63  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2693  aminotransferase class V  34.97 
 
 		 381 aa  241  1e-62  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00390195  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00341  soluble hydrogenase small subunit  35.25 
 
 		 387 aa  241  1e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0104  aminotransferase class V  34.55 
 
 		 380 aa  241  1e-62  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0035  soluble hydrogenase small subunit  34.81 
 
 		 387 aa  239  9e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2460  Serine--glyoxylate transaminase  34.03 
 
 		 379 aa  238  2e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0857  aminotransferase class V  34.78 
 
 		 395 aa  236  6e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0044  soluble hydrogenase small subunit  37.13 
 
 		 382 aa  234  2.0000000000000002e-60  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2126  aminotransferase class V  36.26 
 
 		 386 aa  233  3e-60  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000896436  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0040  aminotransferase class V  34.9 
 
 		 385 aa  233  3e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0119169  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4629  Serine--glyoxylate transaminase  35.43 
 
 		 395 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00431  soluble hydrogenase small subunit  36.48 
 
 		 382 aa  231  1e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1378  Serine--pyruvate transaminase  33.42 
 
 		 382 aa  228  2e-58  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0780  Serine--glyoxylate transaminase  33.51 
 
 		 395 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0155  Serine--glyoxylate transaminase  33.16 
 
 		 380 aa  226  5.0000000000000005e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.686638 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2300  Serine--glyoxylate transaminase  33.42 
 
 		 379 aa  226  6e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000212673  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0217  Serine--glyoxylate transaminase  32.63 
 
 		 379 aa  225  9e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0575  phosphoserine aminotransferase / L-aspartate aminotransferase  36.26 
 
 		 362 aa  225  1e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2307  alanine--glyoxylate transaminase  34.77 
 
 		 360 aa  223  4e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0544  putative aminotransferase, class V  32.63 
 
 		 395 aa  222  7e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.155819  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0600  soluble hydrogenase, tritium exchange subunit  35.38 
 
 		 362 aa  219  5e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00706485  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_540  aminotransferase, class V  35.38 
 
 		 362 aa  219  7.999999999999999e-56  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0499245  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0106  aminotransferase, class V  33.16 
 
 		 379 aa  215  9.999999999999999e-55  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1389  alanine--glyoxylate transaminase  32.12 
 
 		 382 aa  212  1e-53  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2405  aminotransferase class V  34.05 
 
 		 395 aa  211  2e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.134118 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>