More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1147 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1147  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 280 aa  563  1.0000000000000001e-159  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.421653 
 
 
-
 
NC_004310  BR1953  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  74.29 
 
 		 281 aa  436  1e-121  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450219  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1879  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  73.93 
 
 		 281 aa  435  1e-121  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02131  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  44.64 
 
 		 283 aa  227  2e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6090  extracellular solute-binding protein  38.2 
 
 		 285 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1295  extracellular solute-binding protein  35.54 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.914061  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4558  extracellular solute-binding protein  35.04 
 
 		 289 aa  155  9e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.776949 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6445  extracellular solute-binding protein family 3  35.88 
 
 		 275 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0216332 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4844  extracellular solute-binding protein family 3  34.51 
 
 		 275 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.732367  normal  0.095648 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5967  ABC-type amino acid transport/signal transduction periplasmic protein  35.66 
 
 		 275 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.594037  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1064  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.19 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00655066  normal  0.28594 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1819  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  34.87 
 
 		 275 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309777  normal  0.651618 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4637  extracellular solute-binding protein family 3  34.35 
 
 		 275 aa  148  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.350827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5110  extracellular solute-binding protein  34.55 
 
 		 279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.539737  hitchhiker  0.00536253 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2658  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.32 
 
 		 282 aa  145  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  31.52 
 
 		 257 aa  144  2e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0716  extracellular solute-binding protein  35.37 
 
 		 272 aa  140  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0156  extracellular solute-binding protein  31.11 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1330  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.41 
 
 		 282 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0415  ABC transporter extracellular solute-binding protein  32.05 
 
 		 276 aa  135  9e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.162998 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  31.18 
 
 		 260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0724  extracellular solute-binding protein  31.94 
 
 		 260 aa  123  3e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.531273  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  35.86 
 
 		 246 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1475  extracellular solute-binding protein  31.18 
 
 		 260 aa  121  9.999999999999999e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0984243  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4284  glutamine ABC transporter periplasmic protein  33.48 
 
 		 250 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3441  glutamine ABC transporter periplasmic protein  33.48 
 
 		 250 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4082  glutamine ABC transporter periplasmic protein  33.48 
 
 		 250 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  35.9 
 
 		 246 aa  118  9e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1044  extracellular solute-binding protein family 3  32.42 
 
 		 247 aa  116  3e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1961  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.62 
 
 		 250 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1093  extracellular solute-binding protein family 3  30.7 
 
 		 247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.253807  normal  0.019092 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  29.34 
 
 		 252 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1487  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.56 
 
 		 250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3158  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.56 
 
 		 250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0137955  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  32.18 
 
 		 247 aa  113  4.0000000000000004e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2855  extracellular solute-binding protein  35.86 
 
 		 249 aa  112  5e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2798  extracellular solute-binding protein family 3  32.16 
 
 		 254 aa  112  6e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3272  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.18 
 
 		 250 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2098  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.18 
 
 		 250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.230871  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1406  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.18 
 
 		 250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.584446  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.18 
 
 		 250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1126  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.18 
 
 		 250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2357  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.42 
 
 		 253 aa  109  6e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  29.52 
 
 		 281 aa  108  9.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  29.93 
 
 		 271 aa  108  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0168  extracellular solute-binding protein  32.02 
 
 		 247 aa  108  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1040  extracellular solute-binding protein  30.8 
 
 		 249 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0410821 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  29 
 
 		 263 aa  108  1e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3016  extracellular solute-binding protein  29.66 
 
 		 246 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.032906  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2391  extracellular solute-binding protein family 3  31.28 
 
 		 254 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1495  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.85 
 
 		 247 aa  106  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000566563  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4160  extracellular solute-binding protein  29.48 
 
 		 247 aa  105  7e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.757716  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0161  extracellular solute-binding protein family 3  28.3 
 
 		 246 aa  105  8e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  30.38 
 
 		 247 aa  105  9e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1773  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.82 
 
 		 247 aa  105  1e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000148695  normal  0.114873 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  28.14 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2600  extracellular solute-binding protein  29.41 
 
 		 252 aa  104  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2488  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.84 
 
 		 248 aa  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.405859  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1600  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.82 
 
 		 247 aa  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  32.33 
 
 		 246 aa  104  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1918  extracellular solute-binding protein family 3  33.19 
 
 		 248 aa  103  4e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  29.89 
 
 		 260 aa  102  5e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2878  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.82 
 
 		 248 aa  102  9e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0116852  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  30.3 
 
 		 251 aa  101  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  27.72 
 
 		 264 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.38 
 
 		 248 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0894  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.38 
 
 		 248 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0866  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.38 
 
 		 248 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.717155  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.38 
 
 		 248 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1531  extracellular solute-binding protein  29.11 
 
 		 260 aa  100  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0450484  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2350  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter amino acid-binding protein/permease  27.97 
 
 		 502 aa  99.8  4e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.140877  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1232  arginine-binding periplasmic protein 1  28.7 
 
 		 242 aa  100  4e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  27.97 
 
 		 502 aa  99.8  5e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  26.98 
 
 		 248 aa  99  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  26.94 
 
 		 264 aa  99  8e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.52 
 
 		 248 aa  98.6  9e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3136  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 		 257 aa  98.6  9e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598939  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1584  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.95 
 
 		 248 aa  98.2  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.118123  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0682  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.17 
 
 		 257 aa  97.8  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2050  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.07 
 
 		 251 aa  97.4  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241787  normal  0.446872 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0638  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.17 
 
 		 257 aa  97.8  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.890453  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00778  glutamine ABC transporter periplasmic protein  26.98 
 
 		 248 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2831  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.98 
 
 		 248 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0546212  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0867  glutamine ABC transporter periplasmic protein  26.98 
 
 		 248 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00795  hypothetical protein  26.98 
 
 		 248 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0960  glutamine ABC transporter periplasmic protein  26.98 
 
 		 248 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000163371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2832  glutamine ABC transporter periplasmic protein  26.98 
 
 		 248 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.220182  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0835  glutamine ABC transporter periplasmic protein  26.98 
 
 		 248 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000431676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0880  glutamine ABC transporter periplasmic protein  26.98 
 
 		 248 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  27.88 
 
 		 266 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0231  extracellular solute-binding protein family 3  28 
 
 		 255 aa  96.3  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0805  extracellular solute-binding protein family 3  30.57 
 
 		 247 aa  96.3  5e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.789569  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  25.83 
 
 		 264 aa  95.9  7e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0343  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 		 264 aa  95.1  1e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  24.37 
 
 		 277 aa  95.1  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1126  extracellular solute-binding protein  31.14 
 
 		 284 aa  95.5  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  27.44 
 
 		 265 aa  94.7  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2537  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.75 
 
 		 248 aa  94.7  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1692  extracellular solute-binding protein family 3  27.48 
 
 		 258 aa  94.4  2e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.350495 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3808  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 		 257 aa  94.7  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902335  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>