More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1927 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1927  major facilitator transporter  100 
 
 		 408 aa  804    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2993  major facilitator superfamily MFS_1  38.38 
 
 		 394 aa  202  9e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0641153  normal  0.947318 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0314  major facilitator superfamily MFS_1  35.75 
 
 		 396 aa  192  7e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2020  major facilitator transporter  30.59 
 
 		 449 aa  178  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34408 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1499  major facilitator transporter  35.17 
 
 		 416 aa  178  1e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4959  major facilitator transporter  33.33 
 
 		 422 aa  172  1e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.592693  normal  0.327663 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03815  putative mfs transporter  30.85 
 
 		 406 aa  167  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2520  major facilitator transporter  31.46 
 
 		 427 aa  160  4e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0868  major facilitator transporter  30.28 
 
 		 442 aa  152  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201883 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1146  major facilitator superfamily permease  28.76 
 
 		 399 aa  146  6e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3283  major facilitator transporter  27.7 
 
 		 405 aa  144  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1570  major facilitator superfamily MFS_1  30.71 
 
 		 394 aa  139  8.999999999999999e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39850  putative MFS transporter  33.16 
 
 		 403 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.793748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3226  major facilitator superfamily MFS_1  32.81 
 
 		 392 aa  125  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000524014  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2897  major facilitator transporter  28.95 
 
 		 401 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0829  major facilitator transporter  32.66 
 
 		 426 aa  120  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.0000111783  unclonable  0.000000000756922 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2805  major facilitator transporter  28.69 
 
 		 401 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.438181 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2342  major facilitator superfamily MFS_1  31.79 
 
 		 427 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000352958  decreased coverage  0.00223229 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2885  major facilitator transporter  28.69 
 
 		 409 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.281553  normal  0.777233 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2388  major facilitator transporter  29.82 
 
 		 400 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4478  major facilitator transporter  33.43 
 
 		 428 aa  116  6e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000434229  decreased coverage  0.000716178 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3377  MFS family transporter  32.89 
 
 		 403 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0683308  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1853  major facilitator superfamily MFS_1  28.12 
 
 		 387 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000358317  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2764  major facilitator superfamily MFS_1  28.97 
 
 		 389 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1605  major facilitator transporter  25.93 
 
 		 440 aa  107  5e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.983244  normal  0.202214 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2277  major facilitator superfamily MFS_1  32.18 
 
 		 398 aa  105  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1028  multidrug resistance protein  27.94 
 
 		 408 aa  103  4e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0302699  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1354  multidrug-efflux transporter  27.75 
 
 		 370 aa  103  8e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4881  major facilitator superfamily MFS_1  32.73 
 
 		 408 aa  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0097  major facilitator transporter  26.18 
 
 		 440 aa  99.8  9e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6748  major facilitator superfamily MFS_1  30.19 
 
 		 426 aa  99.4  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0342  major facilitator superfamily permease  27.06 
 
 		 396 aa  99  1e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3394  major facilitator superfamily MFS_1  27.17 
 
 		 408 aa  98.2  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0796  major facilitator transporter  28.68 
 
 		 391 aa  97.1  5e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1956  major facilitator superfamily MFS_1  28.99 
 
 		 434 aa  96.7  7e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2504  tetracycline-efflux transporter, putative  27.22 
 
 		 411 aa  96.3  8e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00179141  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3378  major facilitator transporter  32.8 
 
 		 412 aa  95.9  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0191855  normal  0.504281 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2426  tetracycline resistance protein  26.76 
 
 		 411 aa  95.5  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0140  major facilitator superfamily MFS_1  29.53 
 
 		 398 aa  94  5e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1684  major facilitator transporter  31.05 
 
 		 412 aa  92.8  9e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.52444  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2904  tetracycline resistance protein  26.33 
 
 		 411 aa  92  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.316872  normal  0.10266 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2462  major facilitator superfamily MFS_1  26.84 
 
 		 411 aa  91.7  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000109307  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0133  major facilitator transporter  29.25 
 
 		 398 aa  91.3  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.456987  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0151  major facilitator superfamily MFS_1  29.53 
 
 		 398 aa  91.3  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0113  major facilitator superfamily permease  25.74 
 
 		 387 aa  91.3  3e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000201698  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2150  major facilitator superfamily MFS_1  28.49 
 
 		 406 aa  87.8  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.357257  normal  0.0705689 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0137  major facilitator transporter  28.45 
 
 		 386 aa  84.3  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0342299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2910  major facilitator transporter  27.94 
 
 		 405 aa  83.2  0.000000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1194  major facilitator transporter  27.11 
 
 		 416 aa  82.4  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3032  major facilitator transporter  28.66 
 
 		 428 aa  82  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1111  major facilitator transporter  37.93 
 
 		 444 aa  82  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2449  major facilitator transporter  28.7 
 
 		 424 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0110452  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29931  multidrug ABC transporter  31.03 
 
 		 435 aa  80.5  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.910726 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1149  drug resistance protein, putative  35.05 
 
 		 424 aa  78.6  0.0000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.488645  normal  0.633567 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1186  major facilitator superfamily MFS_1  34.42 
 
 		 402 aa  78.2  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.924769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0551  major facilitator transporter  29.75 
 
 		 407 aa  77.8  0.0000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000114988  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2280  major facilitator transporter  29 
 
 		 419 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.398896  normal  0.849447 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1215  major facilitator superfamily MFS_1  34.74 
 
 		 423 aa  77.4  0.0000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3044  major facilitator transporter  27.04 
 
 		 405 aa  77.4  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1649  major facilitator superfamily MFS_1  24.16 
 
 		 413 aa  76.6  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1657  major facilitator superfamily MFS_1  23.91 
 
 		 413 aa  76.3  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.992815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3004  major facilitator transporter  29.29 
 
 		 421 aa  76.3  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1625  major facilitator superfamily MFS_1  24.09 
 
 		 413 aa  75.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0979521  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0994  major facilitator superfamily MFS_1  25.38 
 
 		 424 aa  76.3  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4835  major facilitator transporter  28.06 
 
 		 419 aa  76.3  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0813  class H tetracycline resistance efflux protein  26.22 
 
 		 449 aa  74.7  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1716  major facilitator superfamily transporter  24.09 
 
 		 413 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.224446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1648  major facilitator transporter  27.67 
 
 		 415 aa  75.1  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0811808 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0999  multidrug resistance protein  25.28 
 
 		 400 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000493568  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1524  major facilitator superfamily MFS_1  36.81 
 
 		 425 aa  74.7  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03308  tetracycline-efflux transporter  29.7 
 
 		 434 aa  74.3  0.000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0389216  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2330  major facilitator transporter  26.5 
 
 		 411 aa  74.3  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0227  major facilitator superfamily MFS_1  26.94 
 
 		 390 aa  73.9  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000142544  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1678  major facilitator transporter  23.58 
 
 		 474 aa  74.3  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4444  multidrug resistance protein  25 
 
 		 400 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.239413 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0812  tetracycline resistance protein  26.22 
 
 		 397 aa  73.6  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0747  major facilitator transporter  25 
 
 		 400 aa  73.6  0.000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21761  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  25.26 
 
 		 414 aa  73.2  0.000000000007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.407538 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3727  cold shock protein  29.33 
 
 		 413 aa  73.6  0.000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.664331 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1303  major facilitator superfamily permease  25.26 
 
 		 414 aa  73.2  0.000000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2543  major facilitator superfamily MFS_1  27.16 
 
 		 396 aa  72.8  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.636273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1355  major facilitator superfamily MFS_1  27.85 
 
 		 400 aa  72.4  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.358064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1305  major facilitator superfamily MFS_1  32.98 
 
 		 421 aa  72.8  0.00000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4096  major facilitator transporter  28.07 
 
 		 416 aa  71.6  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.25734  normal  0.218815 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2032  multidrug-efflux transporter quinolene resistance protein NorA  26.59 
 
 		 396 aa  71.6  0.00000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.810377 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0075  major facilitator transporter  30.93 
 
 		 343 aa  72  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.884221  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2062  major facilitator transporter  34.32 
 
 		 436 aa  72  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.020715 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0353  quinolone resistance protein NorA  20.68 
 
 		 387 aa  71.6  0.00000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.390077  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3504  major facilitator superfamily MFS_1  27.49 
 
 		 428 aa  71.2  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0374275  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3778  putative tetracycline-efflux transporter  34.15 
 
 		 422 aa  71.2  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2247  major facilitator transporter  33.53 
 
 		 399 aa  70.1  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0047  major facilitator superfamily MFS_1  29.7 
 
 		 401 aa  70.1  0.00000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2358  major facilitator superfamily MFS_1  21.99 
 
 		 439 aa  70.1  0.00000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0923  major facilitator transporter  24.15 
 
 		 407 aa  69.3  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.462621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0735  major facilitator superfamily multidrug/H(+) antiporter  27.43 
 
 		 388 aa  69.3  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0719  major facilitator superfamily multidrug/H(+) antiporter  27.43 
 
 		 388 aa  69.3  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3850  major facilitator transporter  32.2 
 
 		 397 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.369274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1262  major facilitator transporter  24.5 
 
 		 421 aa  68.6  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0631224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0725  drug resistance protein, putative  36.42 
 
 		 417 aa  67.8  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3258  major facilitator transporter  25.44 
 
 		 392 aa  67.4  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0632671  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>