293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2885 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2885  major facilitator transporter  100 
 
 		 409 aa  790    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.281553  normal  0.777233 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2897  major facilitator transporter  97.01 
 
 		 401 aa  687    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2805  major facilitator transporter  99.75 
 
 		 401 aa  769    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.438181 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2388  major facilitator transporter  89.97 
 
 		 400 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39850  putative MFS transporter  55.61 
 
 		 403 aa  362  4e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.793748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3377  MFS family transporter  55.73 
 
 		 403 aa  351  1e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0683308  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1570  major facilitator superfamily MFS_1  41.82 
 
 		 394 aa  280  4e-74  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2277  major facilitator superfamily MFS_1  48.48 
 
 		 398 aa  255  9e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1684  major facilitator transporter  36.97 
 
 		 412 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.52444  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2993  major facilitator superfamily MFS_1  31.41 
 
 		 394 aa  144  2e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0641153  normal  0.947318 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0314  major facilitator superfamily MFS_1  31.01 
 
 		 396 aa  139  7.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1927  major facilitator transporter  29.22 
 
 		 408 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1146  major facilitator superfamily permease  25.69 
 
 		 399 aa  130  6e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3226  major facilitator superfamily MFS_1  29.49 
 
 		 392 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000524014  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0868  major facilitator transporter  28.57 
 
 		 442 aa  107  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201883 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2020  major facilitator transporter  25.78 
 
 		 449 aa  105  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34408 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1853  major facilitator superfamily MFS_1  29.69 
 
 		 387 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000358317  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4959  major facilitator transporter  28.37 
 
 		 422 aa  104  4e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.592693  normal  0.327663 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3283  major facilitator transporter  26.79 
 
 		 405 aa  103  7e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1499  major facilitator transporter  31.41 
 
 		 416 aa  101  3e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1354  multidrug-efflux transporter  29.34 
 
 		 370 aa  97.4  4e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2520  major facilitator transporter  27.82 
 
 		 427 aa  94.7  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4881  major facilitator superfamily MFS_1  25.81 
 
 		 408 aa  94  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03815  putative mfs transporter  24.56 
 
 		 406 aa  92.8  9e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2342  major facilitator superfamily MFS_1  30 
 
 		 427 aa  92.8  9e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000352958  decreased coverage  0.00223229 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2150  major facilitator superfamily MFS_1  30.09 
 
 		 406 aa  90.9  4e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.357257  normal  0.0705689 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2910  major facilitator transporter  29.91 
 
 		 405 aa  88.6  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0829  major facilitator transporter  29.51 
 
 		 426 aa  87.4  4e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.0000111783  unclonable  0.000000000756922 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0137  major facilitator transporter  30.79 
 
 		 386 aa  84.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0342299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1605  major facilitator transporter  25.42 
 
 		 440 aa  84  0.000000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.983244  normal  0.202214 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4478  major facilitator transporter  30 
 
 		 428 aa  79  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000434229  decreased coverage  0.000716178 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2462  major facilitator superfamily MFS_1  27.65 
 
 		 411 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000109307  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0097  major facilitator transporter  24.62 
 
 		 440 aa  77.8  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2280  major facilitator transporter  28.73 
 
 		 419 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.398896  normal  0.849447 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1186  major facilitator superfamily MFS_1  26.11 
 
 		 402 aa  77  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.924769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1194  major facilitator transporter  26.56 
 
 		 416 aa  76.6  0.0000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21761  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  27.84 
 
 		 414 aa  75.9  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.407538 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1303  major facilitator superfamily permease  27.4 
 
 		 414 aa  75.9  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3378  major facilitator transporter  27.89 
 
 		 412 aa  74.7  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0191855  normal  0.504281 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0796  major facilitator transporter  27.11 
 
 		 391 aa  73.2  0.000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3727  cold shock protein  29.24 
 
 		 413 aa  73.2  0.000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.664331 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2291  major facilitator superfamily permease  27.11 
 
 		 419 aa  72.8  0.00000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3394  major facilitator superfamily MFS_1  26.27 
 
 		 408 aa  72.4  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2764  major facilitator superfamily MFS_1  28.83 
 
 		 389 aa  71.6  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2032  multidrug-efflux transporter quinolene resistance protein NorA  28.24 
 
 		 396 aa  72  0.00000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.810377 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3307  major facilitator transporter  29.35 
 
 		 405 aa  71.2  0.00000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0906362  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6748  major facilitator superfamily MFS_1  27.3 
 
 		 426 aa  71.2  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3004  major facilitator transporter  28.37 
 
 		 421 aa  70.5  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0342  major facilitator superfamily permease  26.88 
 
 		 396 aa  70.5  0.00000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1028  multidrug resistance protein  22.51 
 
 		 408 aa  70.1  0.00000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0302699  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4029  major facilitator transporter  28.24 
 
 		 442 aa  69.7  0.00000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00530062  normal  0.0326348 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3032  major facilitator transporter  25.77 
 
 		 428 aa  67.4  0.0000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2662  major facilitator superfamily permease  27.49 
 
 		 417 aa  67  0.0000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19051  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  23.58 
 
 		 423 aa  67  0.0000000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0140  major facilitator superfamily MFS_1  27.87 
 
 		 398 aa  67  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0151  major facilitator superfamily MFS_1  27.93 
 
 		 398 aa  66.6  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4835  major facilitator transporter  27.18 
 
 		 419 aa  66.6  0.0000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0812  tetracycline resistance protein  28.07 
 
 		 397 aa  65.9  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0133  major facilitator transporter  28.07 
 
 		 398 aa  65.1  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.456987  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4724  tetracycline resistance protein, class B  24.61 
 
 		 401 aa  65.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0190  major facilitator transporter  28.87 
 
 		 388 aa  64.7  0.000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1788  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  23.3 
 
 		 422 aa  64.7  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1956  major facilitator superfamily MFS_1  26.71 
 
 		 434 aa  64.7  0.000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1648  major facilitator transporter  27.8 
 
 		 415 aa  64.3  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0811808 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0682  major facilitator superfamily MFS_1  26.48 
 
 		 397 aa  64.3  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.260378  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3504  major facilitator superfamily MFS_1  27.86 
 
 		 428 aa  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0374275  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18861  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  23.08 
 
 		 422 aa  63.5  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.899402  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1170  major facilitator superfamily MFS_1  23.68 
 
 		 417 aa  63.2  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000206614  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0530  major facilitator transporter  31.35 
 
 		 415 aa  63.5  0.000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.308388  normal  0.802988 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18291  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  24.86 
 
 		 417 aa  63.2  0.000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2449  major facilitator transporter  28.82 
 
 		 424 aa  63.2  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0110452  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3258  major facilitator transporter  28.73 
 
 		 392 aa  62.4  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0632671  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0353  quinolone resistance protein NorA  22.54 
 
 		 387 aa  61.2  0.00000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.390077  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0042  tetracycline repressor protein TetA, class A  27.27 
 
 		 424 aa  60.1  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3778  putative tetracycline-efflux transporter  28.42 
 
 		 422 aa  60.5  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0153  tetracycline resistance protein, class A  27.27 
 
 		 424 aa  60.1  0.00000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0032  tetracycline resistance protein, class A  27.27 
 
 		 399 aa  59.7  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.581594 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0873  major facilitator superfamily MFS_1  26.5 
 
 		 398 aa  59.7  0.00000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1931  major facilitator transporter  27.11 
 
 		 395 aa  58.9  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0709998  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2504  tetracycline-efflux transporter, putative  25.23 
 
 		 411 aa  57.4  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00179141  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1262  major facilitator transporter  26.63 
 
 		 421 aa  57.8  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0631224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1111  major facilitator transporter  25 
 
 		 444 aa  57.8  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0010  multidrug-efflux transporter  22.22 
 
 		 430 aa  57  0.0000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1787  major facilitator superfamily MFS_1  27.86 
 
 		 420 aa  57  0.0000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.406772 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3022  major facilitator transporter  28.78 
 
 		 472 aa  56.6  0.0000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.358015  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4096  major facilitator transporter  27.41 
 
 		 416 aa  56.6  0.0000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.25734  normal  0.218815 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4410  major facilitator superfamily MFS_1  27.03 
 
 		 419 aa  56.6  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2242  major facilitator transporter  32.17 
 
 		 432 aa  56.6  0.0000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0852  major facilitator transporter  31.18 
 
 		 410 aa  56.2  0.0000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.133449 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0551  major facilitator transporter  23.2 
 
 		 407 aa  55.8  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000114988  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2904  tetracycline resistance protein  24.09 
 
 		 411 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.316872  normal  0.10266 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1006  major facilitator superfamily MFS_1  24.01 
 
 		 407 aa  55.8  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29931  multidrug ABC transporter  25.75 
 
 		 435 aa  56.2  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.910726 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1621  tetracycline-efflux transporter  28.09 
 
 		 418 aa  56.2  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.651661 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2247  major facilitator transporter  26.81 
 
 		 399 aa  55.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3044  major facilitator transporter  26.83 
 
 		 405 aa  55.5  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0592  major facilitator superfamily MFS_1  24.6 
 
 		 383 aa  55.1  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0179102 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1774  major facilitator superfamily MFS_1  26.2 
 
 		 430 aa  54.7  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2319  major facilitator superfamily MFS_1  28.24 
 
 		 407 aa  54.7  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2146  major facilitator superfamily MFS_1  21.78 
 
 		 438 aa  54.3  0.000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>