More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2897 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2885  major facilitator transporter  97.01 
 
 		 409 aa  687    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.281553  normal  0.777233 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2897  major facilitator transporter  100 
 
 		 401 aa  773    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2805  major facilitator transporter  97.26 
 
 		 401 aa  691    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.438181 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2388  major facilitator transporter  89.72 
 
 		 400 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39850  putative MFS transporter  56.12 
 
 		 403 aa  362  6e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.793748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3377  MFS family transporter  56.23 
 
 		 403 aa  351  2e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0683308  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1570  major facilitator superfamily MFS_1  42.34 
 
 		 394 aa  280  2e-74  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2277  major facilitator superfamily MFS_1  49.86 
 
 		 398 aa  261  1e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1684  major facilitator transporter  36.94 
 
 		 412 aa  180  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.52444  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2993  major facilitator superfamily MFS_1  32.64 
 
 		 394 aa  146  5e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0641153  normal  0.947318 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0314  major facilitator superfamily MFS_1  31.84 
 
 		 396 aa  142  1.9999999999999998e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1927  major facilitator transporter  29.76 
 
 		 408 aa  138  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1146  major facilitator superfamily permease  26.45 
 
 		 399 aa  134  3e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3226  major facilitator superfamily MFS_1  30.51 
 
 		 392 aa  117  3e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000524014  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0868  major facilitator transporter  28.57 
 
 		 442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201883 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1853  major facilitator superfamily MFS_1  30.21 
 
 		 387 aa  108  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000358317  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4959  major facilitator transporter  28.27 
 
 		 422 aa  105  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.592693  normal  0.327663 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2020  major facilitator transporter  25.78 
 
 		 449 aa  105  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34408 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1499  major facilitator transporter  31.99 
 
 		 416 aa  103  5e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3283  major facilitator transporter  26.79 
 
 		 405 aa  102  9e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4881  major facilitator superfamily MFS_1  26.98 
 
 		 408 aa  100  6e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1354  multidrug-efflux transporter  29.43 
 
 		 370 aa  99.8  8e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2520  major facilitator transporter  28.07 
 
 		 427 aa  97.8  3e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2150  major facilitator superfamily MFS_1  31.35 
 
 		 406 aa  95.5  1e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.357257  normal  0.0705689 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2342  major facilitator superfamily MFS_1  31.14 
 
 		 427 aa  95.9  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000352958  decreased coverage  0.00223229 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0829  major facilitator transporter  31.15 
 
 		 426 aa  92  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.0000111783  unclonable  0.000000000756922 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2910  major facilitator transporter  31.41 
 
 		 405 aa  92  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0137  major facilitator transporter  32.06 
 
 		 386 aa  89.4  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0342299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1605  major facilitator transporter  26.26 
 
 		 440 aa  87.4  4e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.983244  normal  0.202214 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03815  putative mfs transporter  22.54 
 
 		 406 aa  85.9  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2462  major facilitator superfamily MFS_1  27.53 
 
 		 411 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000109307  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4478  major facilitator transporter  30.77 
 
 		 428 aa  81.6  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000434229  decreased coverage  0.000716178 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1194  major facilitator transporter  25.95 
 
 		 416 aa  81.6  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0097  major facilitator transporter  25.58 
 
 		 440 aa  79.7  0.00000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2032  multidrug-efflux transporter quinolene resistance protein NorA  31.47 
 
 		 396 aa  79  0.0000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.810377 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21761  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  28.08 
 
 		 414 aa  78.2  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.407538 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1303  major facilitator superfamily permease  26.93 
 
 		 414 aa  78.6  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3378  major facilitator transporter  27.97 
 
 		 412 aa  78.2  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0191855  normal  0.504281 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1186  major facilitator superfamily MFS_1  27.04 
 
 		 402 aa  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.924769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0796  major facilitator transporter  28.13 
 
 		 391 aa  78.2  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1028  multidrug resistance protein  22.54 
 
 		 408 aa  77.8  0.0000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0302699  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2764  major facilitator superfamily MFS_1  29.78 
 
 		 389 aa  76.6  0.0000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3307  major facilitator transporter  30.65 
 
 		 405 aa  76.3  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0906362  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3394  major facilitator superfamily MFS_1  27.08 
 
 		 408 aa  75.1  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2280  major facilitator transporter  29.01 
 
 		 419 aa  75.5  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.398896  normal  0.849447 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3004  major facilitator transporter  29.67 
 
 		 421 aa  73.9  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2291  major facilitator superfamily permease  27.7 
 
 		 419 aa  73.9  0.000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3032  major facilitator transporter  26.94 
 
 		 428 aa  73.2  0.000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6748  major facilitator superfamily MFS_1  27.61 
 
 		 426 aa  72.4  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0342  major facilitator superfamily permease  27.5 
 
 		 396 aa  72.8  0.00000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1956  major facilitator superfamily MFS_1  27.89 
 
 		 434 aa  72  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3727  cold shock protein  29.74 
 
 		 413 aa  72  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.664331 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4029  major facilitator transporter  28.12 
 
 		 442 aa  71.2  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00530062  normal  0.0326348 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2662  major facilitator superfamily permease  28.07 
 
 		 417 aa  69.7  0.00000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0140  major facilitator superfamily MFS_1  29.46 
 
 		 398 aa  69.3  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4835  major facilitator transporter  26.86 
 
 		 419 aa  69.3  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0151  major facilitator superfamily MFS_1  28.77 
 
 		 398 aa  68.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3504  major facilitator superfamily MFS_1  29.04 
 
 		 428 aa  67.8  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0374275  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2449  major facilitator transporter  29.71 
 
 		 424 aa  67.4  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0110452  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0530  major facilitator transporter  32.39 
 
 		 415 aa  67.4  0.0000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.308388  normal  0.802988 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0133  major facilitator transporter  28.88 
 
 		 398 aa  67  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.456987  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3258  major facilitator transporter  29.32 
 
 		 392 aa  66.6  0.0000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0632671  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0812  tetracycline resistance protein  28.65 
 
 		 397 aa  67  0.0000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0153  tetracycline resistance protein, class A  28.53 
 
 		 424 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4724  tetracycline resistance protein, class B  24.61 
 
 		 401 aa  66.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19051  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  23.58 
 
 		 423 aa  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0042  tetracycline repressor protein TetA, class A  28.53 
 
 		 424 aa  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0032  tetracycline resistance protein, class A  28.53 
 
 		 399 aa  65.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.581594 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1648  major facilitator transporter  28.12 
 
 		 415 aa  65.1  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0811808 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18291  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  26.29 
 
 		 417 aa  65.5  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0353  quinolone resistance protein NorA  22.54 
 
 		 387 aa  64.3  0.000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.390077  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0190  major facilitator transporter  29.74 
 
 		 388 aa  64.3  0.000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1788  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  23.3 
 
 		 422 aa  63.9  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0682  major facilitator superfamily MFS_1  26.79 
 
 		 397 aa  64.3  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.260378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0010  multidrug-efflux transporter  23.12 
 
 		 430 aa  63.2  0.000000007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1111  major facilitator transporter  25.54 
 
 		 444 aa  63.2  0.000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2504  tetracycline-efflux transporter, putative  25.76 
 
 		 411 aa  63.2  0.000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00179141  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1170  major facilitator superfamily MFS_1  23.98 
 
 		 417 aa  62.8  0.000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000206614  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4096  major facilitator transporter  28.61 
 
 		 416 aa  62.4  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.25734  normal  0.218815 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3778  putative tetracycline-efflux transporter  28.95 
 
 		 422 aa  62.4  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0873  major facilitator superfamily MFS_1  26.74 
 
 		 398 aa  62.4  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29931  multidrug ABC transporter  27.25 
 
 		 435 aa  61.6  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.910726 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18861  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  23.08 
 
 		 422 aa  62  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.899402  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1931  major facilitator transporter  28.31 
 
 		 395 aa  62  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0709998  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2904  tetracycline resistance protein  24.85 
 
 		 411 aa  61.2  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.316872  normal  0.10266 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2247  major facilitator transporter  28.79 
 
 		 399 aa  61.2  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0502  major facilitator transporter  26.67 
 
 		 387 aa  60.5  0.00000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1262  major facilitator transporter  26.63 
 
 		 421 aa  60.1  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0631224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2242  major facilitator transporter  33.57 
 
 		 432 aa  59.7  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3022  major facilitator transporter  28.78 
 
 		 472 aa  59.3  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.358015  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0994  major facilitator superfamily MFS_1  25.64 
 
 		 424 aa  58.2  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1621  tetracycline-efflux transporter  28.4 
 
 		 418 aa  58.2  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.651661 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1149  drug resistance protein, putative  26.53 
 
 		 424 aa  58.5  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.488645  normal  0.633567 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4054  major facilitator transporter  33.57 
 
 		 437 aa  58.2  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0519542 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2776  major facilitator transporter  37.29 
 
 		 412 aa  58.2  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.978343 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1368  major facilitator superfamily permease  23.82 
 
 		 402 aa  58.9  0.0000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1774  major facilitator superfamily MFS_1  27.41 
 
 		 430 aa  58.2  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1524  major facilitator superfamily MFS_1  23.42 
 
 		 425 aa  58.2  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1006  major facilitator superfamily MFS_1  25.36 
 
 		 407 aa  58.2  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0551  major facilitator transporter  24.06 
 
 		 407 aa  57.8  0.0000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000114988  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>